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万見
- PDB-7r2z: Carbon regulatory PII-like protein SbtB from Synechocystis sp. 68... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r2z
タイトルCarbon regulatory PII-like protein SbtB from Synechocystis sp. 6803 in complex with ATP and ADP resulting from long ATP soak
要素Membrane-associated protein slr1513
キーワードSIGNALING PROTEIN / CARBON SENSING / PII-LIKE / CYANOBACTERIA
機能・相同性Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / plasma membrane-derived thylakoid membrane / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Membrane-associated protein slr1513
機能・相同性情報
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Selim, K.A. / Albrecht, R. / Hartmann, M.D.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Carbon signaling protein SbtB possesses atypical redox-regulated apyrase activity to facilitate regulation of bicarbonate transporter SbtA.
著者: Selim, K.A. / Haffner, M. / Mantovani, O. / Albrecht, R. / Zhu, H. / Hagemann, M. / Forchhammer, K. / Hartmann, M.D.
履歴
登録2022年2月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_initial_refinement_model.accession_code / _pdbx_initial_refinement_model.source_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane-associated protein slr1513
B: Membrane-associated protein slr1513
C: Membrane-associated protein slr1513
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0286
ポリマ－39,6663
非ポリマー1,3623
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7710 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area11950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.802, 60.802, 78.435
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Membrane-associated protein slr1513 / SbtB protein


分子量: 13222.110 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
遺伝子: slr1513 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P73954
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.71 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M SODIUM ACETATE, 0.1 M HEPES PH 7.5, 20 % (W/V) PEG3000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→31.45 Å / Num. obs: 12684 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.23 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.784 / Num. unique obs: 2032 / CC1/2: 0.863 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5O3P

5o3p


解像度: 2.4→31.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 17.241 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.443 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21331 636 5 %RANDOM
Rwork0.18615 ---
obs0.18756 12048 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.327 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.88 Å20.44 Å2-0 Å2
2--0.88 Å2-0 Å2
3----2.84 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→31.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2242 0 85 38 2365
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.022388
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.022277
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0842.0163240
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.13635260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0555297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.8625.23884
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.25515415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.371156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2372
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022586
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02481
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.984.391194
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9814.3871193
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3536.591486
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.3526.5931487
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5854.8521194
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.5854.8531195
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.6537.1671754
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.4437.4843110
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.4437.4893111
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A59470.1
12B59470.1
21A57690.1
22C57690.1
31B59430.11
32C59430.11
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.481 47 -
Rwork0.449 847 -
obs--96.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.00170.710.1445.65111.20874.7968-0.14980.27540.3144-0.35980.22570.3982-0.496-0.409-0.0760.17020.1431-0.03770.20220.00330.1265-14.082421.9976-1.9262
24.2151-2.0465-1.02166.39340.42755.2964-0.016-0.23290.06130.20510.09940.4424-0.2288-0.3262-0.08340.0374-0.00220.00490.06240.01550.0544-6.33587.36287.7756
31.7250.4647-1.32864.4492-2.6418.4276-0.0315-0.10110.07440.0124-0.1076-0.3551-0.3130.43870.13910.0677-0.03290.01440.039-0.02760.10574.862517.1798-4.3361
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 112
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 113
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 114

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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