PDB-7r2x: Paradendryphiella salina PL8 mannuronate-specific alginate lyase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r2x

タイトル

Paradendryphiella salina PL8 mannuronate-specific alginate lyase

要素

Mannuronic acid specific lyase

キーワード

LYASE / Alginate lyase / polysaccharide lyase / (alpha/alpha)6 barrel + anti-parallel beta-sheet / secreated

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Paradendryphiella salina (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.35 Å

データ登録者

Fredslung, F. / Welner, D.H. / Wilkens, C.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Paradendryphiella salina PL8 mannuronate-specific alginate lyase
著者: Fredslung, F. / Welner, D.H. / Wilkens, C.

履歴

登録	2022年2月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7r2x.cif.gz	733.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7r2x.ent.gz	517.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7r2x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7r2x_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7r2x_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	7r2x_validation.xml.gz	51.7 KB	表示
CIF形式データ	7r2x_validation.cif.gz	68.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/7r2x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/7r2x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (2) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (2) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mannuronic acid specific lyase

B: Mannuronic acid specific lyase

ヘテロ分子

172 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mannuronic acid specific lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
86 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Mannuronic acid specific lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
86.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.890, 108.890, 150.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁
Space group name Hall	P3₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	chain "A"
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 25 through 786 or resid 787 through 789))

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	ASP	SER	A	1 - 762
d_1	2	ens_1	NAG	NAG	B
d_1	3	ens_1	NAG	NAG	C
d_1	4	ens_1	NAG	NAG	D
d_2	1	ens_1	ASP	SER	E	1 - 762
d_2	2	ens_1	NAG	NAG	F
d_2	3	ens_1	NAG	NAG	G
d_2	4	ens_1	NAG	NAG	H

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.3750982172, -0.926444488576, -0.0316533890861), (-0.447202344056, -0.210762113178, 0.869246452463), (-0.811979920271, -0.31189732483, -0.493364639836)ベクター: 83. ...

#1: タンパク質

Mannuronic acid specific lyase

分子量: 85372.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal EFQ and C-teminal VDHHHHHH are from the vector.
由来: (組換発現)

Paradendryphiella salina (菌類) / 遺伝子: PsMan8A / 発現宿主:

Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A5Q5AD67

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 25% PEG3350 and 0.1 M Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.35→47.15 Å / Num. obs: 28559 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 133.66 Å² / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 0.99
反射シェル	解像度: 3.35→3.47 Å / Num. unique obs: 2833 / CC_1/2: 0.42

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ISOLDE		精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
MxCuBE	3	データ収集
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
REFMAC	5	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Alpha Fold model

解像度: 3.35→47.15 Å / SU ML: 0.5298 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 32.1865
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2453	1429	5 %
R_work	0.2072	27126	-
obs	0.2092	28555	99.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 133.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.35→47.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11830	0	98	2	11930

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0016	12210
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4315	16647
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0418	1839
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0036	2185
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.0435	4282

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 4.01856586199 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.35-3.47	0.391	137	0.3621	2603	X-RAY DIFFRACTION	95.54
3.47-3.6	0.392	145	0.3344	2745	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.6-3.77	0.3499	144	0.296	2746	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.77-3.97	0.2779	144	0.2586	2733	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.97-4.21	0.2803	144	0.2195	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.76
4.22-4.54	0.2283	144	0.1978	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.72
4.54-5	0.233	144	0.1681	2744	X-RAY DIFFRACTION	99.65
5-5.72	0.2274	144	0.1917	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.72
5.72-7.19	0.2834	142	0.2284	2697	X-RAY DIFFRACTION	98.95
7.2-47.15	0.1941	141	0.1693	2688	X-RAY DIFFRACTION	98.33

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.71474812827	0.371878717536	0.931946711297	1.83020604937	-0.491733499906	4.800158931	0.17441110547	-0.288306191461	-0.199707511314	-0.197910438564	0.191844069981	0.281677632024	0.728485618492	-0.37839336045	-0.32881481545	0.933006683664	-0.0135351682144	-0.174906123911	1.0442183287	0.139753378045	1.18501701818	-1.7966307928	36.4066707698	10.6354484549
2	3.78281794052	1.71939512281	-0.759375974645	3.97298929001	-1.52178641562	6.72653489497	0.125042956363	0.951358664459	-0.174158209917	-1.33457431778	0.276884729958	0.126072726334	1.83435380614	0.148528014906	-0.326886947526	1.61747574923	0.215448614937	-0.280139116803	1.41034978709	-0.180264807583	1.0695752392	1.37841882959	35.6165106838	-23.6737117737
3	2.75660452529	-3.8262072903	4.17815323616	5.43464416643	-5.56266025527	6.62573798855	0.798590387193	0.954742843438	0.188832779246	-0.151292654477	-0.496047537814	-0.317700127183	-1.80350433859	3.24040191743	-0.330811093543	1.4354803198	0.132833716688	0.0958893736949	2.3111277987	-0.0914690946624	1.67829533095	17.1960533337	49.6103509631	-26.251406569
4	3.09607921016	0.418290302562	0.539114537063	4.36132147288	-0.971202703084	3.90774642812	-0.351907136355	0.142434999861	-0.108099488028	-1.04650944577	0.0954689978292	0.313113179178	0.819874774856	-0.412689390223	0.245812073788	1.34265223761	0.0324166814171	0.180463584759	1.2179621486	-0.0502144471643	1.02659709044	48.782202168	57.8821877174	-9.42965757624
5	0.492060613963	0.934880554313	-0.717992293698	3.70623151538	-3.14824057939	2.67182581974	-0.0338833668879	0.933185856664	-1.23147057631	-2.59211295035	0.0821301026295	0.158786768997	0.368707214103	0.423371650413	0.111535062143	3.66640970772	-0.40261357141	0.0158746539677	1.0777765615	-0.192921813046	1.95967377616	44.409073472	20.1993424535	-13.6287190253

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 26 through 602 )	A	A	26 - 602	2 - 578
2	2	chain 'A' and (resid 603 through 739 )	A	A	603 - 739	579 - 715
3	3	chain 'A' and (resid 740 through 786 )	A	A	740 - 786	716 - 762
4	4	chain 'B' and (resid 26 through 739 )	B	E	26 - 739	2 - 715
5	5	chain 'B' and (resid 740 through 786 )	B	E	740 - 786	716 - 762

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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