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万見
- PDB-7r2u: CRYSTAL STRUCTURE OF AS-ISOLATED Q262N MUTANT OF THREE-DOMAIN HEM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r2u
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AS-ISOLATED Q262N MUTANT OF THREE-DOMAIN HEME-CU NITRITE REDUCTASE FROM RALSTONIA PICKETTII
要素Copper-containing nitrite reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / HAEM AND CU CONTAINING NITRITE REDUCTASE / ELECTRON TRANSFER / REDOX REACTIONS / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Nitrite reductase, copper-type / Cytochrome c / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / HEME C / Copper-containing nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia pickettii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Petchyam, N. / Antonyuk, S. / Hasnain, S.S.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
UK Research and Innovation (UKRI)BB/N013972/1 英国
UK Research and Innovation (UKRI)BB/L006960/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and biochemical studies of three-domain haem CuNiR from Ralstonia pickettii mutants
著者: Petchyam, N. / Antonyuk, S. / Hasnain, S.S.
履歴
登録2022年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6804
ポリマ－49,9341
非ポリマー7463
水11,043613
1
A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,04012
ポリマ－149,8033
非ポリマー2,2379
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area18100 Å2
ΔGint-211 kcal/mol
Surface area44520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.650, 127.650, 86.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1142-

HOH

21A-1208-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Copper-containing nitrite reductase


分子量: 49934.488 Da / 分子数: 1 / 変異: Q262N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia pickettii (バクテリア)
遺伝子: RP6297_03937 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I6NAW4, nitrite reductase (NO-forming)
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 613 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.08 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: 100 mM bis-tris propane pH 7.7, 200 mM sodium citrate, and 22% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月10日 / 詳細: Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→37.63 Å / Num. obs: 83956 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 5 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.5-1.531.3241.241610.4310.6591.481100
8.22-37.610.06723.75140.9930.0330.07599.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
AutoProcess位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3ZIY

3ziy


解像度: 1.5→37.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.988 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 3.455 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1528 4134 4.9 %RANDOM
Rwork0.1054 ---
obs0.1076 79820 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.43 Å2 / Biso mean: 24.346 Å2 / Biso min: 10.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.41 Å20.71 Å2-0 Å2
2--1.41 Å2-0 Å2
3----4.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→37.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3439 0 77 639 4155
Biso mean--17.92 42.24 -
残基数----457
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0124109
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0163912
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0521.6625693
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6911.5749126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.115588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.1423.4200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.40315692
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3591519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2529
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.024909
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02934
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.52338020
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 335 -
Rwork0.267 5901 -
all-6236 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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