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- PDB-7r2o: Crystal structure of a flavodiiron protein S262Y mutant in the ox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r2o
タイトルCrystal structure of a flavodiiron protein S262Y mutant in the oxidized state from Escherichia coli
要素Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE / flavodiiron / nitrosative stress / ROS / FMN / iron
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide reductase activity / nitric oxide catabolic process / oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors / response to nitric oxide / FMN binding / electron transfer activity / iron ion binding / protein-containing complex / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin / Rubredoxin-oxygen oxidoreductase / ODP domain / ODP family beta lactamase / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase ...Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin / Rubredoxin-oxygen oxidoreductase / ODP domain / ODP family beta lactamase / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Flavoprotein-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
MU-OXO-DIIRON / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Borges, P.T. / Teixeira, M. / Romao, C.V. / Frazao, C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Foundation for Science and Technology (FCT) 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a flavodiiron protein S262Y mutant in the oxidized state from Escherichia coli
著者: Borges, P.T. / Teixeira, M. / Romao, C.V. / Frazao, C.
履歴
登録2022年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
B: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,9987
ポリマ－108,7382
非ポリマー1,2605
水10,305572
1
A: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
B: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
ヘテロ分子

A: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
B: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,99714
ポリマ－217,4764
非ポリマー2,52010
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5130 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area29950 Å2
3
A: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
ヘテロ分子

A: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,0908
ポリマ－108,7382
非ポリマー1,3526
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area7100 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area28130 Å2
手法PISA
4
B: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
ヘテロ分子

B: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,9066
ポリマ－108,7382
非ポリマー1,1684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area6560 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area28360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.968, 64.019, 88.882
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 120.420, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-608-

HOH

21A-853-

HOH

31A-871-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin / FlRd / FlavoRb


分子量: 54369.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: norV, flrD, ygaI, ygaJ, ygaK, b2710, JW2680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q46877
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FEO / MU-OXO-DIIRON


分子量: 127.689 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2O
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 572 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.85 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.6, 20-23% w/v PEG 4000 and 23-25% v/v 2-propanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→58.67 Å / Num. obs: 70227 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 5.68
反射 シェル解像度: 1.85→1.96 Å / Num. unique obs: 70227 / CC1/2: 0.385

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: FlRd

解像度: 1.85→58.67 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.94 / 立体化学のターゲット値: LS_WUNIT_K1
詳細: THE REFINEMENT CONVERGED TO R-WORK AND R-FREE OF 0.187 AND 0.221, RESPECTIVELY. THE FINAL MODEL WAS THEN REFINED VERSUS THE FULL DATA SET.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1837 70199 100 %
Rwork0.1837 70199 -
obs0.1837 70199 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 119.47 Å2 / Biso mean: 33.0748 Å2 / Biso min: 16.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→58.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6439 0 97 572 7108
Biso mean--39.91 39.21 -
残基数----800
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.870.346222810.34622281456299
1.87-1.890.334123520.334123524704100
1.89-1.920.328322880.328322884576100
1.92-1.940.316923390.316923394678100
1.94-1.970.311323370.311323374674100
1.97-1.990.306123090.306123094618100
1.99-2.020.298223350.298223354670100
2.02-2.050.286723480.286723484696100
2.05-2.080.276923080.276923084616100
2.08-2.120.272323420.272323424684100
2.12-2.150.251123380.251123384676100
2.15-2.190.244423450.244423454690100
2.19-2.240.236123280.236123284656100
2.24-2.280.23323230.23323234646100
2.28-2.330.221123540.221123544708100
2.33-2.390.226523180.226523184636100
2.39-2.440.213223420.213223424684100
2.45-2.510.204723090.204723094618100
2.51-2.590.198423480.198423484696100
2.59-2.670.190223770.190223774754100
2.67-2.760.18723050.18723054610100
2.76-2.870.176423640.176423644728100
2.87-3.010.171923320.171923324664100
3.01-3.160.158823360.15882336467299
3.16-3.360.151823640.151823644728100
3.36-3.620.1323320.1323324664100
3.62-3.990.122323640.122323644728100
3.99-4.560.113723820.113723824764100
4.56-5.750.136923650.13692365473099
5.75-58.670.17824340.1782434486899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8940.3936-2.3251.42590.54233.7436-0.26950.2004-0.4490.08330.1960.04050.5223-0.31930.19530.2554-0.0109-0.00640.2643-0.01680.27465.0444-14.62314.7862
21.6493-1.4499-0.45882.13870.79961.964-0.1367-0.1803-0.13890.3797-0.08040.0426-0.0253-0.05020.19360.3174-0.04110.02240.2384-0.01980.294-12.1728-9.381828.4651
31.49710.0081-0.03911.16740.13861.3849-0.09850.1472-0.02360.02730.0429-0.02880.0619-0.0260.06590.2084-0.00120.00840.19380.01840.19948.9489-8.71718.6633
48.1923-0.7684-0.26564.6672-0.72912.6782-0.1252-0.7265-0.86830.27730.17690.13730.4288-0.0008-0.05660.3450.004-0.00650.2510.05640.35328.9388-15.589827.8388
50.9213-0.38140.09482.0383-0.11661.4249-0.0727-0.09240.01050.21740.121-0.2420.14520.068-0.06020.227-0.0015-0.02370.22670.01040.211611.3803-3.0426.3185
61.38680.2304-0.07050.86230.17221.5893-0.0522-0.17710.16330.0692-0.0002-0.0027-0.18040.230.04230.2076-0.0094-0.01550.2266-0.01240.227911.90864.676528.1629
73.6224-1.9047-1.26463.89381.90755.18450.21670.54530.2176-0.52810.0795-0.9459-0.36810.1099-0.18950.2556-0.01960.04080.30520.00570.352716.5508-2.16828.7297
81.1825-0.0808-0.28510.6070.09221.1834-0.0562-0.0331-0.1321-0.0297-0.02960.04660.1026-0.09730.09680.2094-0.0116-0.00410.21950.00150.1929-3.2528-3.892915.1617
91.68820.3994-0.88151.09310.01530.8452-0.0430.1290.14460.086-0.0260.0601-0.0478-0.10310.04010.21240.0018-0.02290.26050.02080.2214-7.68336.798714.3681
101.08550.3175-0.0510.71480.03590.8380.04090.125-0.0747-0.01350.02630.14520.19750.02850.00980.233-0.01410.00060.2187-0.02380.2018-3.9026-5.55138.8272
116.0869-1.826-1.26922.0142-0.01520.65630.18010.6957-0.06010.0016-0.1712-0.1033-0.0129-0.10490.05380.247-0.01830.00670.26180.01110.1876-16.67235.729711.14
123.145-0.366-0.74841.0926-0.35511.6215-0.13180.3545-0.2563-0.08090.02410.10180.128-0.18720.09040.2275-0.0440.00980.2424-0.04240.2433-34.88211.043925.0772
131.45870.0620.82210.437-0.17611.559-0.033-0.0125-0.03070.0463-0.01590.0037-0.0361-0.06770.02330.205-0.0043-0.01450.19030.01070.1892-28.13986.573731.1104
144.3706-0.70920.01541.44930.29033.75090.16830.27590.3265-0.11230.0419-0.1566-0.07980.1579-0.07370.2577-0.02840.00330.22710.030.2708-22.114311.948723.4292
152.56410.7035-1.27291.1451-0.99221.97550.22190.04380.28240.2359-0.08310.1576-0.4655-0.0475-0.07920.2481-0.01170.01330.24550.00540.2828-37.454412.392737.566
164.33460.4829-0.5582.35740.80232.12680.1132-0.08230.5047-0.0590.0105-0.0486-0.1366-0.2002-0.02630.2784-0.0072-0.01040.1780.03250.3013-28.916616.649427.6884
172.02830.1083-0.80031.0706-1.19993.2582-0.01270.69210.1783-0.04210.03560.1923-0.1533-0.6398-0.04270.25810.0206-0.01920.40710.03140.2758-44.07459.496623.1329
182.7004-0.05441.77991.5011-0.45593.5644-0.17410.46850.5826-0.03340.15950.1793-0.44990.31020.03990.2862-0.0562-0.03960.3290.06890.3165-50.0027-9.233314.5475
191.446-1.06180.41262.3869-0.3881.7379-0.0378-0.08880.21810.4128-0.2192-0.06840.05550.02550.29090.3372-0.0487-0.04460.25080.02120.3365-32.7997-14.280328.3782
201.4148-0.2768-0.02941.1019-0.0951.898-0.07930.16020.1057-0.0850.06920.0658-0.1349-0.02090.0150.2499-0.0252-0.06070.25660.01340.2854-53.9057-15.051518.5018
212.5309-0.3447-0.67932.71470.48781.2257-0.0064-0.09250.35660.05470.0980.0279-0.30150.0659-0.12270.2614-0.0008-0.00970.2263-0.01940.3028-54.2978-13.297925.8574
220.9933-0.057-0.18671.1609-0.33831.79640.0363-0.14410.03150.10030.06470.0627-0.1889-0.1301-0.09350.2096-0.019-0.00420.2353-0.02450.2336-57.1342-23.990929.6297
234.366-2.1857-0.92044.94971.49451.70110.00590.5817-0.3923-0.1955-0.30580.85840.2154-0.41350.09970.2622-0.0663-0.00020.4193-0.09090.3378-58.7151-30.751613.0818
240.9635-0.1356-0.33251.47790.00220.9145-0.0230.3024-0.0178-0.1342-0.04790.08890.0620.03290.03930.201-0.0262-0.03170.2636-0.02510.2154-50.9096-25.848213.9943
251.41860.19640.2861.728-0.23611.8208-0.07670.30210.3619-0.14920.0744-0.1013-0.18970.30890.0340.2348-0.0769-0.01470.33820.04970.2717-35.0765-13.149614.5667
261.59670.43020.64291.24290.13360.7702-0.03780.0012-0.152-0.1131-0.1082-0.06040.0385-0.15330.18920.2288-0.01850.0110.3035-0.07470.2667-36.4518-30.878215.0998
271.90880.1817-0.17460.6992-0.16511.29130.03410.35740.095-0.16350.0362-0.02380.15470.12350.02360.27-0.0254-0.02870.36460.02410.2358-42.2119-18.74747.9161
283.1455-0.62020.66180.9078-0.27640.4111-0.0390.4948-0.01460.01690.00840.23220.03010.240.01190.2596-0.0337-0.01420.392-0.02680.23-27.1499-28.461411.1006
292.32020.06641.13631.210.261.7045-0.12220.17830.1434-0.0120.0438-0.0618-0.12510.25720.09560.1987-0.031-0.00920.23410.03130.2306-9.7255-24.477325.9065
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313.216-0.57942.52581.15170.4583.1110.2010.004-0.39020.04620.00170.12590.1761-0.0144-0.31530.1982-0.040.03060.1983-0.00470.2853-13.255-35.82929.0802
322.17390.70591.49081.6525-0.69322.50170.1139-0.0478-0.2875-0.1375-0.0019-0.20370.250.0028-0.05510.2404-0.01080.020.1714-0.02110.3023-16.1785-39.531131.1451
331.51090.07640.72840.72070.85322.18730.02280.0914-0.07830.0748-0.01720.00250.03460.4542-0.01650.23620.00060.00040.25380.01210.28750.2511-32.724931.6731
341.1381-0.47580.81221.70340.65834.63010.12820.9202-0.1061-0.0417-0.1418-0.29420.43020.7605-0.04780.28010.00980.04650.4724-0.04740.3406-3.2809-34.536516.7694
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:15)A2 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 16:33)A16 - 33
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 34:52)A34 - 52
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 53:69)A53 - 69
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 70:106)A70 - 106
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 107:129)A107 - 129
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 130:138)A130 - 138
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 139:190)A139 - 190
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 191:218)A191 - 218
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 219:239)A219 - 239
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 240:251)A240 - 251
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 252:298)A252 - 298
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 299:328)A299 - 328
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 329:341)A329 - 341
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 342:356)A342 - 356
16X-RAY DIFFRACTION16(chain A and resid 357:370)A357 - 370
17X-RAY DIFFRACTION17(chain A and resid 371:402)A371 - 402
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 2:15)B2 - 15
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 16:33)B16 - 33
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 34:52)B34 - 52
21X-RAY DIFFRACTION21(chain B and resid 53:83)B53 - 83
22X-RAY DIFFRACTION22(chain B and resid 84:124)B84 - 124
23X-RAY DIFFRACTION23(chain B and resid 125:131)B125 - 131
24X-RAY DIFFRACTION24(chain B and resid 132:164)B132 - 164
25X-RAY DIFFRACTION25(chain B and resid 165:191)B165 - 191
26X-RAY DIFFRACTION26(chain B and resid 192:216)B192 - 216
27X-RAY DIFFRACTION27(chain B and resid 217:237)B217 - 237
28X-RAY DIFFRACTION28(chain B and resid 238:253)B238 - 253
29X-RAY DIFFRACTION29(chain B and resid 254:298)B254 - 298
30X-RAY DIFFRACTION30(chain B and resid 299:333)B299 - 333
31X-RAY DIFFRACTION31(chain B and resid 334:350)B334 - 350
32X-RAY DIFFRACTION32(chain B and resid 351:366)B351 - 366
33X-RAY DIFFRACTION33(chain B and resid 367:382)B367 - 382
34X-RAY DIFFRACTION34(chain B and resid 383:402)B383 - 402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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