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Yorodumi- PDB-7r2o: Crystal structure of a flavodiiron protein S262Y mutant in the ox... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7r2o | ||||||
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Title | Crystal structure of a flavodiiron protein S262Y mutant in the oxidized state from Escherichia coli | ||||||
Components | Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / flavodiiron / nitrosative stress / ROS / FMN / iron | ||||||
Function / homology | Function and homology information nitric oxide reductase activity / nitric oxide catabolic process / oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors / response to nitric oxide / FMN binding / electron transfer activity / iron ion binding / protein-containing complex / identical protein binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli K-12 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Borges, P.T. / Teixeira, M. / Romao, C.V. / Frazao, C. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of a flavodiiron protein S262Y mutant in the oxidized state from Escherichia coli Authors: Borges, P.T. / Teixeira, M. / Romao, C.V. / Frazao, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7r2o.cif.gz | 349.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7r2o.ent.gz | 282.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7r2o.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7r2o_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7r2o_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 7r2o_validation.xml.gz | 36.1 KB | Display | |
Data in CIF | 7r2o_validation.cif.gz | 53 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/7r2o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/7r2o | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 54369.098 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli K-12 (bacteria) / Strain: K12 / Gene: norV, flrD, ygaI, ygaJ, ygaK, b2710, JW2680 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q46877 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.92 Å3/Da / Density % sol: 35.85 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 0.1 M sodium citrate pH 5.6, 20-23% w/v PEG 4000 and 23-25% v/v 2-propanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.9762 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 10, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9762 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→58.67 Å / Num. obs: 70227 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 3.4 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 5.68 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.96 Å / Num. unique obs: 70227 / CC1/2: 0.385 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: FlRd Resolution: 1.85→58.67 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 19.94 / Stereochemistry target values: LS_WUNIT_K1 Details: THE REFINEMENT CONVERGED TO R-WORK AND R-FREE OF 0.187 AND 0.221, RESPECTIVELY. THE FINAL MODEL WAS THEN REFINED VERSUS THE FULL DATA SET.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 119.47 Å2 / Biso mean: 33.0748 Å2 / Biso min: 16.75 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.85→58.67 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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