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- PDB-7r27: Crystal structure of the L. plantarum D-alanine ligase DltA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r27
タイトルCrystal structure of the L. plantarum D-alanine ligase DltA
要素D-alanine--D-alanyl carrier protein ligase
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / D-alanine ligase / D-alanylation / AMP intermediate / teichoic acids
機能・相同性
機能・相同性情報


D-alanine-[D-alanyl-carrier protein] ligase / D-alanine [D-alanyl carrier protein] ligase activity / lipoteichoic acid biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
D-alanine--D-alanyl carrier protein ligase / D-alanine:D-alanyl carrier protein ligase-like / Amino acid adenylation domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / D-ALANINE / D-alanine--D-alanyl carrier protein ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactiplantibacillus plantarum subsp. plantarum NC8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Nikolopoulos, N. / Ravaud, S. / Simorre, J.P. / Grangeasse, C.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)18-CE15-0011-03 フランス
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: DltC acts as an interaction hub for AcpS, DltA and DltB in the teichoic acid D-alanylation pathway of Lactiplantibacillus plantarum.
著者: Nikolopoulos, N. / Matos, R.C. / Courtin, P. / Ayala, I. / Akherraz, H. / Simorre, J.P. / Chapot-Chartier, M.P. / Leulier, F. / Ravaud, S. / Grangeasse, C.
履歴
登録2022年2月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-alanine--D-alanyl carrier protein ligase
B: D-alanine--D-alanyl carrier protein ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,1566
ポリマ－112,2832
非ポリマー8734
水9,188510
1
A: D-alanine--D-alanyl carrier protein ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5783
ポリマ－56,1421
非ポリマー4362
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: D-alanine--D-alanyl carrier protein ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5783
ポリマ－56,1421
非ポリマー4362
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.522, 53.573, 102.072
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.780, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 D-alanine--D-alanyl carrier protein ligase / DCL / D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit 1 / D-alanine-activating enzyme / DAE


分子量: 56141.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactiplantibacillus plantarum subsp. plantarum NC8 (バクテリア)
遺伝子: dltA, AYO51_00800 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A151G8K4, D-alanine-[D-alanyl-carrier protein] ligase
#2: 化合物 ChemComp-DAL / D-ALANINE / D-アラニン


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 510 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350, KCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→47.36 Å / Num. obs: 49012 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.1713 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.01→2.06 Å / Rmerge(I) obs: 1.452 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 3478

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DHV

3dhv


解像度: 2.01→47.36 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 1806 4.08 %
Rwork0.2092 42477 -
obs0.2115 44283 89.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 71.56 Å2 / Biso mean: 31.2965 Å2 / Biso min: 15.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.01→47.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6076 0 54 510 6640
Biso mean--46.18 33.83 -
残基数----792
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.01-2.070.39681190.31352692281174
2.07-2.130.31151250.28812890301580
2.13-2.20.35481260.25832961308783
2.2-2.270.33241310.25043113324486
2.27-2.360.2651320.25143197332988
2.36-2.470.33731380.24913203334189
2.47-2.60.3481420.25213262340491
2.6-2.770.28881410.2383397353893
2.77-2.980.29261450.25493444358994
2.98-3.280.33281460.23673445359195
3.28-3.750.23721500.18453557370798
3.75-4.730.18841520.14973610376298
4.73-47.360.20691590.16183706386598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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