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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7r25 | |||||||||
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タイトル | Bacillus pumilus Lipase A | |||||||||
要素 | Lipase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / lipase / esterase / apo | |||||||||
機能・相同性 | Lipase EstA/Esterase EstB / Lipase (class 2) / lipid catabolic process / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / CITRIC ACID / PHOSPHATE ION / PROPANOIC ACID / Lipase 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Bacillus pumilus (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.87 Å | |||||||||
データ登録者 | Lund, B.A. | |||||||||
資金援助 | ノルウェー, 2件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022 タイトル: Structure and Mechanism of a Cold-Adapted Bacterial Lipase 著者: Lund, B.A. / Svalberg, L. / Purg, M. / Chukwu, G. / Widersten, M. / Isaksen, G.V. / Brandsdal, B.O. / Aqvist, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7r25.cif.gz | 149.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7r25.ent.gz | 103.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7r25.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/7r25 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/7r25 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7r1kC 1ispS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20483.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus pumilus (バクテリア) / 遺伝子: L5 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Nico21(DE3) / 参照: UniProt: W8FKE7 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CIT / |
#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#4: 化合物 | ChemComp-PPI / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.88 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES pH 6.5 18-22 % PEG 4000 0.1-0.5 M lithium citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.87→35.07 Å / Num. obs: 103387 / % possible obs: 81.78 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 7.03 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.028 / Net I/σ(I): 30.45 |
反射 シェル | 解像度: 0.87→0.9013 Å / Rmerge(I) obs: 0.4447 / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / Num. unique obs: 1919 / CC1/2: 0.786 / % possible all: 3.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1isp 解像度: 0.87→35.07 Å / SU ML: 0.0492 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 13.8355 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1.3 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.66 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.87→35.07 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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