PDB-7r1q: X-ray structure of the adduct formed upon reaction of the gold(I)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r1q

タイトル

X-ray structure of the adduct formed upon reaction of the gold(I) N-heterocyclic carbene complex Au2 with lysozyme

要素

Lysozyme

キーワード

HYDROLASE / metallodrug / protein-metal interaction / gold / carbene / anticancer

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Merlino, A. / Ferraro, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Dalton Trans / 年: 2022
タイトル: Halo complexes of gold(I) containing glycoconjugate carbene ligands: synthesis, characterization, cytotoxicity and interaction with proteins and DNA model systems.
著者: Annunziata, A. / Ferraro, G. / Cucciolito, M.E. / Imbimbo, P. / Tuzi, A. / Monti, D.M. / Merlino, A. / Ruffo, F.

履歴

登録	2022年2月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年7月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7r1q.cif.gz	79.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7r1q.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7r1q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7r1q_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7r1q_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7r1q_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	7r1q_validation.cif.gz	15.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/7r1q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/7r1q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7r1pC 193lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3) #107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (1) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (3)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (3)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (3)
#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (3)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (3)
#107 - 2008年11月
機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels)
類似性 (1)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Lysozyme

ヘテロ分子

15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.000, 77.000, 37.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-329- HOH
2	1	AAA-355- HOH
3	1	AAA-363- HOH
4	1	AAA-484- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-AU / GOLD ION 分子量: 196.967 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2.0 M sodium formate 0.1 M hepes buffer pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.96 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→34.43 Å / Num. obs: 44982 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 17.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_pim(I) all: 0.013 / R_rim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 28.4
反射シェル	解像度: 1.1→1.11 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.551 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1372 / CC_1/2: 0.635 / R_pim(I) all: 0.318 / R_rim(I) all: 0.637 / % possible all: 58.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 193L

193l

解像度: 1.1→34.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 0.972 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.035 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.17	2238	5.04 %
R_work	0.1322	42171	-
all	0.134	-	-
obs	-	44409	96.541 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.618 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.579 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.579 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.159 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→34.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	7	213	1221

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.037	0.012	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.018	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.708	1.639	1624
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.876	1.593	2431
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	14.328	5.219	160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.254	20	73
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.987	15	199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	28.186	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.801	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.158	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.017	0.02	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	295
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.245	0.2	304
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.217	0.2	1018
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	569
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.105	0.2	483
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.232	0.2	124
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.111	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.009	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.243	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.258	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.259	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	8.002	1.351	592
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.953	1.349	592
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.938	2.018	764
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.965	2.021	765
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.591	1.78	591
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.585	1.779	592
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.983	2.521	860
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.979	2.52	861
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.478	18.348	1526
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.467	17.27	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	17.524	3	2232

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.129-1.159	0.198	133	0.168	2687	X-RAY DIFFRACTION	86.8762
1.159-1.193	0.171	155	0.137	2953	X-RAY DIFFRACTION	97.9206
1.193-1.23	0.17	167	0.126	2887	X-RAY DIFFRACTION	99.1558
1.23-1.27	0.141	158	0.113	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
1.27-1.315	0.163	147	0.113	2754	X-RAY DIFFRACTION	99.9655
1.315-1.364	0.131	135	0.11	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
1.364-1.42	0.146	146	0.11	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
1.42-1.483	0.133	110	0.108	2482	X-RAY DIFFRACTION	100
1.483-1.555	0.153	130	0.112	2380	X-RAY DIFFRACTION	100
1.555-1.639	0.118	129	0.105	2230	X-RAY DIFFRACTION	100
1.639-1.739	0.144	122	0.11	2126	X-RAY DIFFRACTION	100
1.739-1.859	0.152	110	0.116	2029	X-RAY DIFFRACTION	100
1.859-2.007	0.166	94	0.12	1859	X-RAY DIFFRACTION	100
2.007-2.199	0.166	88	0.122	1771	X-RAY DIFFRACTION	100
2.199-2.458	0.141	84	0.127	1577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.458-2.837	0.198	70	0.14	1426	X-RAY DIFFRACTION	100
2.837-3.472	0.185	61	0.139	1215	X-RAY DIFFRACTION	100
3.472-4.9	0.2	52	0.15	960	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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