PDB-7r1p: X-ray structure of the adduct formed upon reaction of the gold(I)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r1p

タイトル

X-ray structure of the adduct formed upon reaction of the gold(I) N-heterocyclic carbene complex Au1 with RNase A

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / metallodrug / protein-metal interaction / gold / carbene / anticancer

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

Merlino, A. / Ferraro, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Dalton Trans / 年: 2022
タイトル: Halo complexes of gold(I) containing glycoconjugate carbene ligands: synthesis, characterization, cytotoxicity and interaction with proteins and DNA model systems.
著者: Annunziata, A. / Ferraro, G. / Cucciolito, M.E. / Imbimbo, P. / Tuzi, A. / Monti, D.M. / Merlino, A. / Ruffo, F.

履歴

登録	2022年2月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年7月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7r1p.cif.gz	71.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7r1p.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7r1p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7r1p_validation.pdf.gz	904.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7r1p_full_validation.pdf.gz	906.4 KB	表示
XML形式データ	7r1p_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	7r1p_validation.cif.gz	20.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/7r1p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/7r1p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7r1qC 1jvtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9) #107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (1) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Ribonuclease pancreatic

BBB: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

27.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14 kDa, 1 ポリマー

2

BBB: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.9 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.720, 32.720, 72.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.261, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	BBB-371- HOH

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease
#2: 化合物	ChemComp-AU / GOLD ION 分子量: 196.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 / 詳細: 22% PEG4K 10 mM sodium citrate pH 5.1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.96 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→50.36 Å / Num. obs: 43467 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 1.42→1.45 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.599 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 2063 / CC_1/2: 0.807 / R_pim(I) all: 0.248 / R_rim(I) all: 0.661 / % possible all: 94.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1JVT

1jvt

解像度: 1.42→50.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 1.309 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.075 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.219	-	4.905 %
R_work	0.1893	41335	-
all	0.191	-	-
obs	-	43467	96.068 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.39 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.019 Å²	-0 Å²	0.084 Å²
2-	-	-0.063 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.043 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.42→50.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1902	0	7	257	2166

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2050
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	1749
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.791	1.654	2789
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.544	1.58	4126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.061	5	268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.161	24.216	102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.492	15	359
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.836	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	279
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2376
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	396
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	401
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	1641
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	994
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	931
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	176
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.221	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.219	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.338	2.303	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.338	2.302	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.594	3.441	1322
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.593	3.441	1323
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.987	2.537	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.964	2.535	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.526	3.675	1467
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.504	3.673	1461
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.924	28.32	2308
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.852	27.699	2247

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.457-1.497	0.312	158	0.249	2908	X-RAY DIFFRACTION	94.8345
1.497-1.54	0.258	150	0.227	2820	X-RAY DIFFRACTION	94.9185
1.54-1.588	0.248	129	0.219	2769	X-RAY DIFFRACTION	94.9853
1.588-1.64	0.247	134	0.203	2727	X-RAY DIFFRACTION	95.6536
1.64-1.697	0.242	127	0.206	2621	X-RAY DIFFRACTION	95.8828
1.697-1.761	0.25	108	0.214	2553	X-RAY DIFFRACTION	96.065
1.761-1.833	0.224	133	0.196	2433	X-RAY DIFFRACTION	96.1769
1.833-1.914	0.266	117	0.199	2335	X-RAY DIFFRACTION	95.3715
1.914-2.008	0.234	125	0.2	2216	X-RAY DIFFRACTION	95.3564
2.008-2.116	0.253	118	0.197	2142	X-RAY DIFFRACTION	97.3299
2.116-2.245	0.253	108	0.2	2032	X-RAY DIFFRACTION	97.1844
2.245-2.399	0.214	113	0.186	1927	X-RAY DIFFRACTION	97.0043
2.399-2.591	0.224	96	0.182	1803	X-RAY DIFFRACTION	97.8362
2.591-2.838	0.215	95	0.187	1648	X-RAY DIFFRACTION	97.8664
2.838-3.173	0.179	72	0.168	1543	X-RAY DIFFRACTION	97.8195
3.173-3.662	0.185	70	0.166	1343	X-RAY DIFFRACTION	98.0569
3.662-4.483	0.168	54	0.159	1141	X-RAY DIFFRACTION	97.3127
4.483-6.328	0.188	34	0.17	918	X-RAY DIFFRACTION	97.541

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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