PDB-7r1o: p62-ZZ domain of the human sequestosome in complex with dusquetide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r1o

タイトル

p62-ZZ domain of the human sequestosome in complex with dusquetide

要素

Dusquetide
Sequestosome-1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / dusquetide / p62 / ZZ domain / IDR / innate immune response / signalling protein

機能・相同性

機能・相同性情報

brown fat cell proliferation / protein localization to perinuclear region of cytoplasm / protein targeting to vacuole involved in autophagy / regulation of Ras protein signal transduction / response to mitochondrial depolarisation / aggrephagy / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / Lewy body / amphisome / regulation of protein complex stability ...brown fat cell proliferation / protein localization to perinuclear region of cytoplasm / protein targeting to vacuole involved in autophagy / regulation of Ras protein signal transduction / response to mitochondrial depolarisation / aggrephagy / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / Lewy body / amphisome / regulation of protein complex stability / endosome organization / pexophagy / autophagy of mitochondrion / membraneless organelle assembly / phagophore assembly site / ubiquitin-modified protein reader activity / regulation of mitochondrion organization / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear events mediated by NFE2L2 / aggresome / endosomal transport / intracellular membraneless organelle / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / negative regulation of ferroptosis / temperature homeostasis / cellular response to stress / autolysosome / molecular sequestering activity / immune system process / mitophagy / energy homeostasis / sperm midpiece / signaling adaptor activity / inclusion body / negative regulation of protein ubiquitination / ionotropic glutamate receptor binding / positive regulation of autophagy / SH2 domain binding / p75NTR recruits signalling complexes / NF-kB is activated and signals survival / Pexophagy / NRIF signals cell death from the nucleus / autophagosome / protein sequestering activity / protein kinase C binding / sarcomere / response to ischemia / ubiquitin binding / positive regulation of long-term synaptic potentiation / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / positive regulation of protein localization to plasma membrane / macroautophagy / P-body / protein catabolic process / molecular condensate scaffold activity / PML body / receptor tyrosine kinase binding / autophagy / Interleukin-1 signaling / protein import into nucleus / KEAP1-NFE2L2 pathway / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / intracellular protein localization / late endosome / signaling receptor activity / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation / intracellular signal transduction / positive regulation of apoptotic process / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.202 Å

データ登録者

Hakansson, M. / Hansson, M. / Logan, D.T. / Rozek, A. / Donini, O.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Dusquetide modulates innate immune response through binding to p62.
著者: Zhang, Y. / Towers, C.G. / Singh, U.K. / Liu, J. / Hakansson, M. / Logan, D.T. / Donini, O. / Kutateladze, T.G.

履歴

登録	2022年2月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年8月17日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.3	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7r1o_validation.pdf.gz	412.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7r1o_full_validation.pdf.gz	413.3 KB	表示
XML形式データ	7r1o_validation.xml.gz	5.9 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/7r1o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/7r1o	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (7)
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ユビキチン (Ubiquitin)
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EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers)
類似性 (2)
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神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (3)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (5)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Sequestosome-1

BBB: Sequestosome-1

CCC: Sequestosome-1

DDD: Sequestosome-1

EEE: Dusquetide

FFF: Dusquetide

ヘテロ分子

24.6 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Sequestosome-1

BBB: Sequestosome-1

FFF: Dusquetide

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

CCC: Sequestosome-1

DDD: Sequestosome-1

EEE: Dusquetide

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.070, 25.150, 77.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 124.915, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Sequestosome-1 / EBI3-associated protein of 60 kDa / EBIAP / p60 / Phosphotyrosine-independent ligand for the Lck ...EBI3-associated protein of 60 kDa / EBIAP / p60 / Phosphotyrosine-independent ligand for the Lck SH2 domain of 62 kDa / Ubiquitin-binding protein p62 分子量: 5731.634 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SQSTM1, ORCA, OSIL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13501
#2: タンパク質・ペプチド	Dusquetide 分子量: 555.690 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 14.4% PEG 8000, 0.08 M Na-cacodylate pH 6.5, 0.16 M Ca acetate. 200 nl 18 mg/ml p62-ZZ-dusquetide complex + 100 nl seed solution + 300 nl reservoir solution.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.0403 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月7日 / 詳細: focusing mirrors
放射	モノクロメーター: bent single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0403 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 10270 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / R_merge(I) obs: 0.366 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 1487 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
SCALA	3.3.16	データスケーリング
XSCALE		データスケーリング
SHELXDE	2006/3	位相決定
BUCCANEER	1.4.0	位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.202→24.628 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 12.577 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.306 / ESU R Free: 0.228 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.243	491	4.784 %
R_work	0.1782	9773	-
all	0.181	-	-
obs	-	10264	98.892 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.717 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.9 Å²	0 Å²	1.283 Å²
2-	-	-4.494 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.913 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.202→24.628 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1594	0	8	102	1704

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	1644
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	1514
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.858	1.658	2234
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.294	1.589	3528
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.604	5	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.855	20.845	71
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.724	15	249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	7.608	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	207
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	343
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.188	0.2	320
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	1334
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.157	0.2	752
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	744
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.099	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.117	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.128	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.199	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.548	2.057	853
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.545	2.055	852
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.653	3.06	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.653	3.063	1058
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.285	2.128	791
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.284	2.131	792
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.142	3.168	1175
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.141	3.171	1176
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.157	24.312	1721
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.125	24.215	1713

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.202-2.259	0.253	42	0.225	715	0.227	772	0.884	0.897	98.057	0.191
2.259-2.32	0.254	26	0.189	690	0.192	716	0.851	0.922	100	0.157
2.32-2.387	0.229	36	0.196	661	0.198	700	0.93	0.914	99.5714	0.16
2.387-2.46	0.244	29	0.185	661	0.187	691	0.887	0.925	99.8553	0.162
2.46-2.539	0.266	26	0.181	659	0.183	689	0.889	0.93	99.4194	0.152
2.539-2.628	0.275	28	0.189	597	0.193	628	0.88	0.924	99.5223	0.164
2.628-2.726	0.271	32	0.188	588	0.192	622	0.874	0.929	99.6785	0.162
2.726-2.835	0.267	28	0.184	592	0.188	622	0.905	0.928	99.6785	0.16
2.835-2.96	0.251	18	0.183	541	0.186	559	0.931	0.937	100	0.165
2.96-3.102	0.186	33	0.155	538	0.157	574	0.949	0.953	99.4773	0.143
3.102-3.267	0.243	30	0.174	507	0.178	539	0.932	0.95	99.6289	0.16
3.267-3.461	0.226	27	0.165	468	0.168	497	0.941	0.959	99.5976	0.159
3.461-3.695	0.208	19	0.185	462	0.186	483	0.943	0.951	99.5859	0.178
3.695-3.984	0.181	19	0.163	419	0.164	444	0.94	0.955	98.6487	0.162
3.984-4.352	0.242	19	0.165	393	0.169	417	0.939	0.958	98.801	0.165
4.352-4.847	0.205	13	0.13	363	0.132	383	0.95	0.972	98.1723	0.132
4.847-5.561	0.269	23	0.179	304	0.185	333	0.936	0.958	98.1982	0.188
5.561-6.726	0.238	21	0.202	269	0.205	299	0.955	0.941	96.99	0.213
6.726-9.176	0.372	15	0.206	214	0.212	237	0.8	0.944	96.6245	0.216
9.176-24.628	0.382	7	0.217	132	0.224	162	0.906	0.955	85.8025	0.237

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5541	0.0583	-0.5743	3.1721	-0.0977	0.6062	-0.0467	-0.0183	-0.0204	-0.016	0.0367	-0.0479	0.0241	-0.0125	0.01	0.0916	0.0133	0.0475	0.1938	0.0003	0.0283	28.3006	-10.3096	10.0504
2	1.1605	0.0296	0.4033	5.5708	-0.5827	0.7608	-0.1094	0.4389	-0.1454	0.8962	0.0528	-0.7203	-0.2615	-0.1365	0.0566	0.1848	0.0278	-0.1076	0.312	-0.0736	0.1117	35.9218	-0.5104	21.1671
3	2.0014	2.8804	0.1357	6.3168	-0.226	0.1142	-0.1877	0.0548	0.5512	-0.5485	0.2141	1.1948	0.0562	0.0438	-0.0264	0.0656	0.019	-0.0841	0.1997	0.0753	0.2721	-0.8194	13.0221	12.4758
4	0.2477	-0.3518	-0.4181	2.3956	-0.0491	0.9745	-0.0101	-0.0182	-0.0244	0.0401	0.0012	0.2313	0.0556	0.1243	0.009	0.1403	-0.0031	0.1027	0.1809	0.0026	0.0937	9.2769	3.3973	21.3794
5	11.6782	2.929	-1.3976	1.1418	0.3121	1.2462	-0.2631	-0.3348	0.1069	0.0912	0.1293	0.1091	0.2874	0.3726	0.1338	0.1405	0.0555	0.0233	0.1479	0.0129	0.057	18.9198	-1.1118	27.9685
6	3.7007	2.2405	4.0861	10.716	-0.0974	5.2197	-0.2237	-0.3936	-0.0731	-0.4831	0.5251	0.7301	-0.1369	-0.6345	-0.3014	0.1093	-0.0266	-0.0034	0.2076	0.0715	0.0713	20.8908	-13.8134	2.3977

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	120 - 172
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	124 - 171
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CCC	121 - 171
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DDD	120 - 172
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	EEE	1 - 5
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	FFF	1 - 4

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
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