PDB-7r1m: Crystal structure of ExsFA, a Bacillus cereus spore exosporium protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r1m

タイトル

Crystal structure of ExsFA, a Bacillus cereus spore exosporium protein

要素

Exosporium protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / ExsFA / BxpB / Bacillus cereus / exosporium / endospore

機能・相同性

metal ion binding / : / Exosporium protein

機能・相同性情報

生物種

Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Brear, P. / Schack, S. / Christie, G.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of ExsFA, a Bacillus cereus spore exosporium protein"
著者: Brear, P. / Schack, S. / Christie, G.

履歴

登録	2022年2月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7r1m.cif.gz	105 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7r1m.ent.gz	79.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7r1m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7r1m_validation.pdf.gz	465.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7r1m_full_validation.pdf.gz	471.6 KB	表示
XML形式データ	7r1m_validation.xml.gz	22.2 KB	表示
CIF形式データ	7r1m_validation.cif.gz	32 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/7r1m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/7r1m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7r5iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (1) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Exosporium protein

B: Exosporium protein

C: Exosporium protein

ヘテロ分子

58.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.298, 95.298, 117.183
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Exosporium protein / Exosporium protein ExsF 分子量: 18674.137 Da / 分子数: 3 / 変異: C5S, C12S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア) 遺伝子: exsF, AT268_09550, COC69_11355, COK98_01700, COM79_21560, D0437_05965, FC702_13950, NCTC7464_04016 プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7WTL3

#1: タンパク質

Exosporium protein / Exosporium protein ExsF

分子量: 18674.137 Da / 分子数: 3 / 変異: C5S, C12S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)
遺伝子: exsF, AT268_09550, COC69_11355, COK98_01700, COM79_21560, D0437_05965, FC702_13950, NCTC7464_04016
プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7WTL3

-
非ポリマー , 5種, 321分子

#2: 化合物	ChemComp-AU / GOLD ION 分子量: 196.967 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.3 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 22.5% (v/v) PEGSH, 0.2 M KCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.64→67.39 Å / Num. obs: 66528 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 86.7 % / B_iso Wilson estimate: 29.51 Å² / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.199 / Net I/σ(I): 19.2 / Num. measured all: 5766918

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.64-1.67	86.1	0.5	278365	3233	1.996	18.564	99.1
4.45-67.44	82.5	107.7	300419	3640	0.008	0.073	100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.64→67.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 0.003 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.235	3279	4.9 %	RANDOM
R_work	0.209	-	-	-
obs	0.2103	63159	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 157.65 Å² / B_iso mean: 39.245 Å² / B_iso min: 20.91 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.41 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.64→67.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3392	0	30	306	3728
B_iso mean	-	-	54.01	44.08	-
残基数	-	-	-	-	460

LS精密化シェル

解像度: 1.641→1.683 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.431	252	-
R_work	0.447	4535	-
all	-	4787	-
obs	-	-	99.23 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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