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- PDB-7r0t: Crystal structure of exonuclease ExnV1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r0t
タイトルCrystal structure of exonuclease ExnV1
要素Exonuclease ExnV1
キーワードVIRAL PROTEIN / exonuclease
機能・相同性TERBIUM(III) ION / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種Thermus phage TSP4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.194 Å
データ登録者Welin, M. / Svensson, A. / Hakansson, M. / Al-Karadaghi, S. / Jasilionis, A. / Linares-Pasten, J.A. / Wang, L. / Nordberg Karlsson, E. / Ahlqvist, J.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)685778European Union
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of DNA polymerase I from Thermus phage G20c.
著者: Ahlqvist, J. / Linares-Pasten, J.A. / Jasilionis, A. / Welin, M. / Hakansson, M. / Svensson, L.A. / Wang, L. / Watzlawick, H. / Aevarsson, A. / Fridjonsson, O.H. / Hreggvidsson, G.O. / ...著者: Ahlqvist, J. / Linares-Pasten, J.A. / Jasilionis, A. / Welin, M. / Hakansson, M. / Svensson, L.A. / Wang, L. / Watzlawick, H. / Aevarsson, A. / Fridjonsson, O.H. / Hreggvidsson, G.O. / Ketelsen Striberny, B. / Glomsaker, E. / Lanes, O. / Al-Karadaghi, S. / Nordberg Karlsson, E.
履歴
登録2022年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exonuclease ExnV1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4579
ポリマ－36,7861
非ポリマー6728
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1420 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area14270 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)42.279, 54.11, 171.732
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Exonuclease ExnV1


分子量: 36785.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus phage TSP4 (ファージ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 5種, 54分子

#2: 化合物 ChemComp-TMP / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / TMP


分子量: 322.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-TB / TERBIUM(III) ION


分子量: 158.925 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tb
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.3 / 詳細: 0.1 M Bicine pH 9.3 30 % PEG Smear Low

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.6488 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.6488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→45.78 Å / Num. obs: 20566 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.19→2.26 Å / Rmerge(I) obs: 3.187 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1650 / CC1/2: 0.792 / Rpim(I) all: 0.935 / Rrim(I) all: 3.325

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.194→45.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU R Cruickshank DPI: 0.244 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.244 / SU Rfree Blow DPI: 0.209 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.21
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2784 1005 -RANDOM
Rwork0.2345 ---
obs0.2366 20538 97.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 62.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.111 Å20 Å20 Å2
2---11.0649 Å20 Å2
3---16.1759 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.194→45.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2341 0 28 46 2415
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0082419HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.93286HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d832SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes405HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2419HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion303SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance10HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1931SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.09
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.12
LS精密化 シェル解像度: 2.194→2.21 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.5311 18 -
Rwork0.4326 --
obs--82.22 %
精密化 TLSOrigin x: 20.2496 Å / Origin y: 16.6061 Å / Origin z: 142.517 Å
111213212223313233
T0.2896 Å20.0166 Å20.0379 Å2--0.1859 Å2-0.0021 Å2---0.3091 Å2
L0.9158 °20.1919 °2-0.6192 °2-0 °2-0.1983 °2--3.5524 °2
S-0.0476 Å °0.1349 Å °0.4071 Å °0.1349 Å °-0.0404 Å °0.015 Å °0.4071 Å °0.015 Å °0.088 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|0 - 296 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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