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- PDB-7r0s: Structure of a cytosolic sulfotransferase of Anopheles gambiae (A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r0s
タイトルStructure of a cytosolic sulfotransferase of Anopheles gambiae (AGAP001425) in complex with vanillin
要素AGAP001425-PA
キーワードTRANSFERASE / Anopheles gambiae / Cytosolic Sulfotransferase / Sulfation / Vanillin.
機能・相同性sulfation / sulfotransferase activity / Sulfotransferase domain / Sulfotransferase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / cytoplasm / 4-hydroxy-3-methoxybenzaldehyde / AGAP001425-PA
機能・相同性情報
生物種Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Esposito Verza, A. / Miggiano, R. / Rizzi, R. / Rossi, F.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Fondazione CARIPLO イタリア
引用ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Biochemical and structural analysis of a cytosolic sulfotransferase of the malaria vector Anopheles gambiae overexpressed in the reproductive tissues.
著者: Esposito Verza, A. / Miggiano, R. / Lombardo, F. / Fiorillo, C. / Arca, B. / Purghe, B. / Del Grosso, E. / Galli, U. / Rizzi, M. / Rossi, F.
履歴
登録2022年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AGAP001425-PA
B: AGAP001425-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,1998
ポリマ－85,6402
非ポリマー5596
水3,189177
1
A: AGAP001425-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0083
ポリマ－42,8201
非ポリマー1882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: AGAP001425-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1925
ポリマ－42,8201
非ポリマー3724
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.933, 92.135, 102.462
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 337 / Label seq-ID: 23 - 358

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 AGAP001425-PA / Sulfotransferase (Sult)


分子量: 42820.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: In both polypeptide chains residues belonging to N-terminal his tag are not defined in the electron density. The same holds true for the last 2 residues at the C-terminus.
由来: (組換発現) Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
遺伝子: 1281751, AgaP_AGAP001425 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7PXJ0
#2: 化合物 ChemComp-V55 / 4-hydroxy-3-methoxybenzaldehyde / p-vanillin / バニリン


分子量: 152.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 25% w/v PEG 3,350, 0.3 M NaCl and Bis/Tris 0.1 M at pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→59.94 Å / Num. obs: 44293 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1147 / Net I/σ(I): 9.11
反射 シェル解像度: 2.1→2.175 Å / Rmerge(I) obs: 0.3665 / Num. unique obs: 4363

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7R0O

7r0o


解像度: 2.1→59.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 4.525 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.222 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2181 2199 5 %RANDOM
Rwork0.1854 ---
obs0.187 42100 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 89.3 Å2 / Biso mean: 26.884 Å2 / Biso min: 10.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.89 Å20 Å20 Å2
2---2.08 Å20 Å2
3---3.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→59.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5642 0 36 177 5855
Biso mean--44.67 28.14 -
残基数----672
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0135838
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175184
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6621.6527892
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3831.57512032
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0265670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.15522.022366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.40915992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3871544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2712
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.026528
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021380
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 11812 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.153 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 166 -
Rwork0.22 3013 -
obs--98.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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