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- PDB-7r0f: Crystal structure of a flavodiiron protein D52K mutant in the oxi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r0f
タイトルCrystal structure of a flavodiiron protein D52K mutant in the oxidized state from Escherichia coli
要素Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE / flavodiiron / nitrosative stress / ROS / FMN / iron
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide reductase activity / oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors / nitric oxide catabolic process / response to nitric oxide / FMN binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / iron ion binding / protein-containing complex / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin / Rubredoxin-oxygen oxidoreductase / ODP domain / ODP family beta lactamase / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase ...Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin / Rubredoxin-oxygen oxidoreductase / ODP domain / ODP family beta lactamase / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Flavoprotein-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / OXYGEN ATOM / OXYGEN MOLECULE / Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.978 Å
データ登録者Borges, P.T. / Teixeira, M. / Romao, C.V. / Frazao, C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Foundation for Science and Technology (FCT) 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a flavodiiron protein D52K mutant in the oxidized state from Escherichia coli
著者: Borges, P.T. / Teixeira, M. / Romao, C.V. / Frazao, C.
履歴
登録2022年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
B: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,84612
ポリマ－108,6142
非ポリマー1,23210
水9,242513
1
A: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
ヘテロ分子

A: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,84612
ポリマ－108,6142
非ポリマー1,23210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area6900 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area28920 Å2
手法PISA
2
B: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
ヘテロ分子

B: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,84612
ポリマ－108,6142
非ポリマー1,23210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area6890 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area28730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.958, 64.051, 146.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.140, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-793-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: HOH / End label comp-ID: HOH / Auth seq-ID: 1 - 603 / Label seq-ID: 1

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA - M
2chain BBB - N

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin / FlRd / FlavoRb


分子量: 54307.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: norV, flrD, ygaI, ygaJ, ygaK, b2710, JW2680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q46877

-
非ポリマー , 5種, 523分子

#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-O / OXYGEN ATOM


分子量: 15.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#5: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 513 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.21 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.6, 20-23% w/v PEG 4000 and 23-25% v/v 2-propanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.978→76.81 Å / Num. obs: 56529 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 23.63 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rpim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 1.98→2.07 Å / Num. unique obs: 8571 / CC1/2: 0.67

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1436精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: FlRD

解像度: 1.978→73.32 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 15.46 / 位相誤差: 19.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2054 54918 100 %
Rwork0.2054 54918 -
obs0.2054 54918 94.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 118.87 Å2 / Biso mean: 28.61 Å2 / Biso min: 9.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.978→73.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6446 0 72 513 7031
Biso mean--21.5 35.23 -
残基数----802
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016702
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.589082
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.023988
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021174
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2392432
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3909X-RAY DIFFRACTION3.83TORSIONAL
12B3909X-RAY DIFFRACTION3.83TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9781-2.00060.36353110.363531116
2.0006-2.02410.293118350.2931183596
2.0241-2.04880.270218730.2702187398
2.0488-2.07470.266518800.2665188098
2.0747-2.1020.270818580.2708185897
2.102-2.13080.252518700.2525187097
2.1308-2.16130.252818910.2528189197
2.1613-2.19350.236118640.2361186497
2.1935-2.22780.241718480.2417184897
2.2278-2.26430.238818730.2388187397
2.2643-2.30340.247118600.2471186097
2.3034-2.34530.231618710.2316187197
2.3453-2.39040.231118460.2311184696
2.3904-2.43920.213918780.2139187898
2.4392-2.49220.228919090.2289190998
2.4922-2.55020.221318520.2213185298
2.5502-2.6140.217318850.2173188598
2.614-2.68460.216718880.2167188898
2.6846-2.76360.20818920.208189298
2.7636-2.85290.209118660.2091186698
2.8529-2.95480.212219190.2122191999
2.9548-3.07310.210718870.2107188797
3.0731-3.2130.19218790.192187997
3.213-3.38240.184618910.1846189198
3.3824-3.59430.177219160.1772191699
3.5943-3.87180.17119090.171190998
3.8718-4.26140.165718950.1657189597
4.2614-4.87790.160118770.1601187796
4.8779-6.14520.184119470.1841194798
6.1452-73.320.212319480.2123194897
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.01970.0554-0.05360.1887-0.03160.23030.1218-0.1057-0.234-0.10040.0558-0.05590.2708-0.07070.00270.17980.0262-0.01380.15420.00740.2365-28.6682-36.6644-9.9989
20.0223-0.0029-0.0317-0.0076-0.0010.03720.526-0.3492-0.1446-0.2498-0.0196-0.07480.1029-0.015900.2078-0.02370.02080.23530.03510.3115-11.125-25.763-4.7356
30.05490.083-0.08570.2781-0.01340.452-0.0391-0.2665-0.18680.02080.1907-0.0643-0.1651-0.35840.04670.11380.0352-0.01890.12350.01580.1739-29.8534-31.0993-14.1358
40.0752-0.05580.05410.1769-0.03890.11810.2723-0.0245-0.5624-0.25670.0275-0.12270.25350.25330.0030.27760.0155-0.02890.1887-0.02580.2499-25.2037-37.6643-21.9889
50.2408-0.1561-0.26680.19950.03630.31560.1145-0.0435-0.1824-0.09380.0077-0.02890.29110.19630.00020.19250.02060.02840.18360.01330.1969-26.6923-26.4152-20.9251
60.25850.1192-0.20080.1142-0.19750.5486-0.05140.18940.0901-0.05750.0045-0.050.006-0.0455-0.01240.12450.0217-0.00930.15360.00960.1058-28.0035-19.165-25.0493
70.33030.1037-0.22720.08410.09990.3674-0.0003-0.0485-0.09150.05180.01570.0103-0.0048-0.0181-00.1211-0.0054-0.00150.15510.03150.1409-32.1453-25.3206-7.2125
80.0094-0.0039-0.0070.10020.03660.03410.14320.0885-0.19630.3058-0.3432-0.1507-0.09870.00690.00040.1483-0.0074-0.04330.2366-0.00310.2214-21.7694-26.60614.5733
90.21650.06490.2548-0.01020.16720.1677-0.0216-0.0626-0.03470.0501-0.005-0.00280.0031-0.084400.10520.03240.01580.1605-0.00110.1591-32.1774-19.6811-1.2648
100.01790.07170.11570.90840.42211.05790.038-0.27570.2783-0.4349-0.1680.1992-0.1442-0.5302-0.1372-0.5260.18430.23770.37710.0010.1557-26.4695-16.11678.8139
110.38040.2440.45740.60830.15850.52670.2201-0.3268-0.37440.06390.0034-0.0750.1686-0.18070.09740.1424-0.0245-0.01720.18260.01870.1457-4.8178-19.858619.4859
120.24170.22020.0020.00950.14480.2838-0.253-0.102-0.0128-0.10190.1718-0.11240.0279-0.00970.02060.11910.04070.02810.138-0.0330.1592-4.1692-17.52298.4228
130.27720.0894-0.20660.0677-0.11210.1528-0.02640.28140.3898-0.02640.0359-0.14390.0736-0.02380.00670.16550.047-0.00730.12420.04280.1538-12.7491-9.96486.2299
140.1772-0.07130.21310.1707-0.02170.1611-0.0775-0.1460.4030.0126-0.0385-0.135-0.172-0.1466-0.0230.17660.03120.00750.098-0.00520.21641.7228-7.971813.5782
150.84710.9003-0.41831.1842-0.11790.68290.093-0.76660.19990.0698-0.1668-0.2622-0.0617-0.3168-0.33190.16620.06280.00490.3929-0.11020.1035-2.818-12.884226.9496
160.1593-0.20280.1470.2367-0.18320.09090.0409-0.02810.07690.0143-0.0108-0.1673-0.5787-0.00320.00130.2520.0184-0.00570.20930.01420.183-5.3412-30.701429.95
170.0406-0.00010.0197-0.00110.00520.0147-0.31810.2106-0.7968-0.036-0.21760.0180.0405-0.1754-0.00010.34830.08950.07250.27290.01360.2879-1.334-41.574511.9917
180.379-0.3597-0.06290.3920.04350.00740.1205-0.07890.0065-0.01610.0874-0.00090.007-0.151200.2223-0.01630.00130.14170.01540.1475-2.2916-36.275332.9526
190.1158-0.09940.04920.1102-0.04320.0643-0.08870.13090.0325-0.05970.014-0.264-0.6660.06310.00010.3348-0.0259-0.07070.1994-0.00740.23826.7865-29.700432.7021
200.25020.0717-0.1770.3097-0.12920.12020.08040.11050.3013-0.03560.0168-0.0804-0.0989-0.031-00.2024-0.00810.03140.18310.03010.20165.1756-40.96533.4875
210.5388-0.40950.17030.35720.04640.3667-0.0636-0.14030.0322-0.04610.0951-0.05850.12540.07690.01710.1913-0.0232-0.04330.17180.04560.16438.1509-48.211636.6384
220.53790.06280.2370.07630.25520.47010.0577-0.001-0.0473-0.02870.03480.1366-0.0272-0.21630.0010.19830.04110.00530.22750.0310.1794-9.4642-42.001731.5646
230.0452-0.0182-0.02010.02770.02620.04060.19010.0957-0.1884-0.2102-0.1523-0.0657-0.4912-0.09740.00010.2237-0.0147-0.0270.26870.01930.1714-14.6655-40.614716.7565
240.08530.13250.14130.2093-0.14840.3530.0766-0.1314-0.05450.0324-0.00930.00250.0839-0.15990.0080.1416-0.04840.00450.18160.04560.1212-14.7636-47.562428.7123
251.2364-1.35250.30172.9759-0.25250.1006-0.3946-0.4671-0.06980.67210.0432-0.39420.3482-0.479-0.02050.1533-0.02330.06930.29830.06580.1752-20.7952-51.035418.7391
260.262-0.39460.13820.57340.1930.91080.00620.0590.0944-0.09220.05860.0362-0.2718-0.26510.08380.15590.0077-0.01960.14890.0360.1209-19.383-47.4134-5.36
270.1355-0.0956-0.0733-0.00940.07390.17830.00790.03220.00260.01110.0903-0.02860.0348-0.147500.1769-0.0337-0.01230.15380.01460.1719-9.4045-49.7717-0.4875
280.22230.0195-0.17490.57180.33950.38280.0589-0.2566-0.3319-0.01120.0132-0.33430.51720.03210.12850.2741-0.0658-0.07650.22260.10960.2121-11.7457-57.31238.0949
290.3246-0.0640.46420.0172-0.03031.028-0.0947-0.219-0.1405-0.2048-0.0259-0.02550.3189-0.3549-0.13940.2605-0.0241-0.0337-0.0280.0150.179-11.0343-59.338-8.0991
300.1971-0.0948-0.12750.47210.08470.25640.0940.1288-0.2669-0.2787-0.1295-0.02130.3061-0.65710.00750.1977-0.1011-0.01870.30450.05790.2074-24.9963-54.3409-10.7317
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:20)A2 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 21:28)A21 - 28
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 29:52)A29 - 52
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 53:69)A53 - 69
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 70:91)A70 - 91
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 92:131)A92 - 131
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 132:186)A132 - 186
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 187:194)A187 - 194
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 195:239)A195 - 239
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 240:251)A240 - 251
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 252:291)A252 - 291
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 292:327)A292 - 327
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 328:340)A328 - 340
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 341:375)A341 - 375
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 376:400)A376 - 400
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 2:20)B2 - 20
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 21:28)B21 - 28
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 29:52)B29 - 52
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 53:69)B53 - 69
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 70:91)B70 - 91
21X-RAY DIFFRACTION21(chain B and resid 92:131)B92 - 131
22X-RAY DIFFRACTION22(chain B and resid 132:186)B132 - 186
23X-RAY DIFFRACTION23(chain B and resid 187:194)B187 - 194
24X-RAY DIFFRACTION24(chain B and resid 195:239)B195 - 239
25X-RAY DIFFRACTION25(chain B and resid 240:251)B240 - 251
26X-RAY DIFFRACTION26(chain B and resid 252:291)B252 - 291
27X-RAY DIFFRACTION27(chain B and resid 292:327)B292 - 327
28X-RAY DIFFRACTION28(chain B and resid 328:340)B328 - 340
29X-RAY DIFFRACTION29(chain B and resid 341:375)B341 - 375
30X-RAY DIFFRACTION30(chain B and resid 376:400)B376 - 400

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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