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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7r09 | ||||||
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タイトル | Amine Dehydrogenase MATOUAmDH2 in complex with NADP+ and Cyclohexylamine | ||||||
![]() | Amine Dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Amine / NADP | ||||||
機能・相同性 | CYCLOHEXYLAMMONIUM ION / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE![]() | ||||||
生物種 | metagenome (メタゲノム) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bennett, M. / Ducrot, L. / Vaxelaire-Vergne, C. / Grogan, G. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structure and Mutation of the Native Amine Dehydrogenase MATOUAmDH2. 著者: Bennett, M. / Ducrot, L. / Vergne-Vaxelaire, C. / Grogan, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 81.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 59.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7zboC ![]() 6iauS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38249.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#3: 化合物 | ChemComp-HAI / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.81 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M bis-Tris pH 6.5, 25% (w/v) PEG 3350 0.2 M MgCl2, 10 mM NADP, 10 mM n-pentylamine |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.08→55.4 Å / Num. obs: 23365 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.2 % / Biso Wilson estimate: 48 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 24.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.08→2.13 Å / 冗長度: 20.7 % / Rmerge(I) obs: 1.28 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1768 / CC1/2: 0.94 / Rpim(I) all: 0.41 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6IAU 解像度: 2.08→55.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 8.784 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 105.88 Å2 / Biso mean: 54.816 Å2 / Biso min: 28.35 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.08→55.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.08→2.134 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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