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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qzp
タイトルIdentification and characterization of an RRM-containing, ELAV-like, RNA binding protein in Acinetobacter Baumannii
要素Hypothetical RNA binding protein from Acinetobacter baumannii
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA / Acinetobacter / RRM / HUR
機能・相同性: / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / RNA binding / RRM domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Ciani, C. / Perez-Rafols, A. / Bonomo, I. / Micaelli, M. / Esposito, A. / Zucal, C. / Belli, R. / D'Agostino, V.G. / Bianconi, I. / Calderone, V. ...Ciani, C. / Perez-Rafols, A. / Bonomo, I. / Micaelli, M. / Esposito, A. / Zucal, C. / Belli, R. / D'Agostino, V.G. / Bianconi, I. / Calderone, V. / Cerofolini, L. / Fragai, M. / Provenzani, A.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionH2020-MSCA-ITN-2018European Union
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2022
タイトル: Identification and Characterization of an RRM-Containing, RNA Binding Protein in Acinetobacter baumannii .
著者: Ciani, C. / Perez-Rafols, A. / Bonomo, I. / Micaelli, M. / Esposito, A. / Zucal, C. / Belli, R. / D'Agostino, V.G. / Bianconi, I. / Calderone, V. / Cerofolini, L. / Massidda, O. / Whalen, M.B. ...著者: Ciani, C. / Perez-Rafols, A. / Bonomo, I. / Micaelli, M. / Esposito, A. / Zucal, C. / Belli, R. / D'Agostino, V.G. / Bianconi, I. / Calderone, V. / Cerofolini, L. / Massidda, O. / Whalen, M.B. / Fragai, M. / Provenzani, A.
履歴
登録2022年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical RNA binding protein from Acinetobacter baumannii


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9751
ポリマ－10,9751
非ポリマー00
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4650 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)69.560, 69.560, 32.460
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical RNA binding protein from Acinetobacter baumannii


分子量: 10975.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: HMPREF0022_00746 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A828SWT5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M sodium acetate trihydrate, 3 M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→19 Å / Num. obs: 8220 / % possible obs: 87.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.7 % / CC1/2: 0.99 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 18.76
反射 シェル解像度: 1.65→1.75 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 857 / CC1/2: 0.53 / Rsym value: 0.85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20rc1_4392精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1fxl

1fxl


解像度: 1.65→18.87 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 411 5 %
Rwork0.2122 7803 -
obs0.2131 8214 87.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 106.02 Å2 / Biso mean: 36.745 Å2 / Biso min: 16.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→18.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数601 0 0 46 647
Biso mean---36.72 -
残基数----78
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.65-1.890.2685990.26791889198864
1.89-2.380.24721520.22982879303197
2.39-18.870.22091600.200630353195100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 31.3397 Å / Origin y: 25.2325 Å / Origin z: -7.0562 Å
111213212223313233
T0.19 Å2-0.0321 Å2-0.0155 Å2-0.2232 Å2-0.0026 Å2--0.1877 Å2
L4.1903 °20.3817 °2-0.3457 °2-4.0087 °2-0.278 °2--1.6959 °2
S0.0597 Å °-0.2113 Å °0.0735 Å °0.278 Å °-0.065 Å °-0.395 Å °-0.105 Å °0.3988 Å °0.016 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA19 - 96
2X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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