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- PDB-7qz8: Transcriptional regulator LmrR with bound daunomycin and with Trp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qz8
タイトルTranscriptional regulator LmrR with bound daunomycin and with Trp-67 and Trp-96 replaced by the unnatural amino acid 5,6-difluoroTrp
要素Transcriptional regulator, PadR-like family
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Transcriptional regulator / PadR / fluorinated tryptophan / daunomycin / pi-pi interactions
機能・相同性Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / DAUNOMYCIN / Transcriptional regulator, PadR-like family
機能・相同性情報
生物種Lactococcus cremoris (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Thunnissen, A.M.W.H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: The Role of Tryptophan in pi Interactions in Proteins: An Experimental Approach.
著者: Shao, J. / Kuiper, B.P. / Thunnissen, A.W.H. / Cool, R.H. / Zhou, L. / Huang, C. / Dijkstra, B.W. / Broos, J.
履歴
登録2022年1月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, PadR-like family
B: Transcriptional regulator, PadR-like family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2863
ポリマ－28,7582
非ポリマー5281
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area12330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.146, 35.744, 71.154
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.690, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 5 through 66 or resid 77 through 112))
21(chain B and resid 5 through 112)

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROTYRTYR(chain A and (resid 5 through 66 or resid 77 through 112))AA5 - 665 - 66
12LYSLYSSERSER(chain A and (resid 5 through 66 or resid 77 through 112))AA77 - 11277 - 112
21PROPROSERSER(chain B and resid 5 through 112)BB5 - 1125 - 112

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, PadR-like family


分子量: 14379.216 Da / 分子数: 2 / 変異: W67 and W96 are replaced by 5,6-difluoroTrp / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus cremoris (乳酸菌) / 株: MG1363 / 遺伝子: llmg_0323 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2RI36
#2: 化合物 ChemComp-DM1 / DAUNOMYCIN / DAUNORUBICIN / ダウノルビシン


分子量: 527.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H29NO10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: Protein solution: 6 mg/ml in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 300 mM NaCl. Reservoir solution: 100 mM SPG buffer, pH 6.1, 25% PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→70.51 Å / Num. obs: 14279 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 57.12 Å2 / CC1/2: 0.978 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 44105 / Scaling rejects: 246
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.15-2.213.11.132361811780.4310.7711.3760.799
9.12-70.512.70.0445432020.9530.0370.05823.695.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F8B

3f8b


解像度: 2.3→70.51 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 34.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3172 581 4.98 %
Rwork0.2408 11086 -
obs0.2443 11667 98.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 177.37 Å2 / Biso mean: 79.9476 Å2 / Biso min: 37.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→70.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1703 0 66 11 1780
Biso mean--100.57 57.36 -
残基数----206
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A960X-RAY DIFFRACTION6.369TORSIONAL
12B960X-RAY DIFFRACTION6.369TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.530.32741480.29232713286198
2.53-2.90.34581640.31482747291199
2.9-3.650.38641380.282763290199
3.65-70.510.27171310.20422863299498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.6224-0.0768-2.57199.426-2.37246.12060.2921-0.79240.34770.1768-0.34030.5399-0.909-0.51790.11220.4205-0.0369-0.01290.5737-0.11020.5113.90775.97411.3273
24.8558-1.2972-1.66523.52610.89535.19240.27491.10820.0484-0.5238-0.43810.3049-0.2721-1.16660.2060.46240.1001-0.08370.5948-0.03250.439910.57076.1957-0.264
34.4306-1.7309-0.90015.2483-2.1265.97890.00860.18451.27140.3628-0.2419-0.7924-0.61820.25970.20540.4426-0.0038-0.03910.39560.04190.50523.295610.44576.2366
47.7438-4.07121.79714.3341-1.04189.9470.39440.62230.105-0.7109-0.4877-0.48190.88170.2210.04470.46440.01420.03530.34480.0030.576625.79531.8539-1.8948
52.05310.2348-1.98550.01530.19942.1323-0.6056-0.048-1.95730.1314-0.72770.340.125-0.04671.42450.68890.05440.11420.5331-0.02590.770912.145-5.63524.85
63.9345-3.3681-0.02116.63633.70353.28480.06460.1241-0.0063-0.5439-0.0713-0.7521-0.89370.66910.06930.47490.00120.02690.54030.00470.68513.34193.869228.9106
74.2199-2.4211-3.37458.64793.29695.7998-1.2958-0.9156-0.58352.45870.733-0.16780.78590.61910.36850.97280.2824-0.06010.71060.07550.595211.8501-0.661540.3867
87.2471-0.5817-0.1865.23061.05198.0963-0.7063-1.0550.46561.99430.4461-1.5236-1.25360.30190.10471.01880.1875-0.18710.6075-0.15130.71859.598213.973438.4832
90.6629-1.7937-2.40493.23934.4645.9901-0.44690.0748-0.45250.0943-0.39520.84370.2518-0.64450.7990.4751-0.0703-0.0180.84330.01250.7053.25923.707914.6858
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 23 )A5 - 23
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 24 through 46 )A24 - 46
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 47 through 59 )A47 - 59
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 60 through 82 )A60 - 82
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 83 through 112 )A83 - 112
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 3 through 23 )B3 - 23
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 24 through 46 )B24 - 46
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 47 through 82 )B47 - 82
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 83 through 112 )B83 - 112

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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