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- PDB-7qz7: Transcriptional regulator LmrR with bound daunomycin and with Trp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qz7
タイトルTranscriptional regulator LmrR with bound daunomycin and with Trp-67 and Trp-96 replaced by 5,6,7-trifluoroTrp
要素Transcriptional regulator, PadR-like familyTranscriptional regulation
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Transcriptional regulator / PadR (PPPoE) / Fluorinated tryptophan / daunomycin (ダウノルビシン) / pi-pi interactions
機能・相同性Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ダウノルビシン / Transcriptional regulator, PadR-like family
機能・相同性情報
生物種Lactococcus cremoris (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Thunnissen, A.M.W.H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: The Role of Tryptophan in pi Interactions in Proteins: An Experimental Approach.
著者: Shao, J. / Kuiper, B.P. / Thunnissen, A.W.H. / Cool, R.H. / Zhou, L. / Huang, C. / Dijkstra, B.W. / Broos, J.
履歴
登録2022年1月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, PadR-like family
B: Transcriptional regulator, PadR-like family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7003
ポリマ－27,1732
非ポリマー5281
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area12290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.495, 35.091, 68.074
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.010, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 4 through 108)
21(chain B and resid 4 through 108)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth seq-ID: 4 - 108 / Label seq-ID: 4 - 108

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1(chain A and resid 4 through 108)AA
2(chain B and resid 4 through 108)BB

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, PadR-like family / Transcriptional regulation


分子量: 13586.316 Da / 分子数: 2 / 変異: W67 and W96 are replaced by 5,6,7-trifluoroTrp / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus cremoris (乳酸菌) / 株: MG1363 / 遺伝子: llmg_0323 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2RI36
#2: 化合物 ChemComp-DM1 / DAUNOMYCIN / DAUNORUBICIN / ダウノルビシン / ダウノルビシン


分子量: 527.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H29NO10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: Protein solution: 6 mg/ml in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 300 mM NaCl. Reservoir solution: 100 mM SPG buffer, pH 6.1, 25% PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.91165 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91165 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→33.71 Å / Num. obs: 10772 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 59.39 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 30722 / Scaling rejects: 69
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.3830.865316710720.5090.5991.0561.198.9
8.91-33.712.60.0325312040.9970.0220.0392696.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIX1.20.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F8B

3f8b


解像度: 2.3→33.71 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 36.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2904 539 5.01 %
Rwork0.2245 10213 -
obs0.2285 10752 98.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 239.93 Å2 / Biso mean: 94.4184 Å2 / Biso min: 34.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→33.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1693 0 67 2 1762
Biso mean--119.07 65.17 -
残基数----204
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A962X-RAY DIFFRACTION3.89TORSIONAL
12B962X-RAY DIFFRACTION3.89TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.530.3411260.2762549267599
2.53-2.90.36591310.30472508263998
2.9-3.650.33151410.26682532267398
3.65-33.710.25941410.18932624276599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.9828-1.9842-3.88716.0015-0.21042.59030.4150.3260.26130.0759-0.2406-0.1947-0.6629-1.4351-0.21530.36860.0287-0.0570.5554-0.03750.5407114.19725.80185.6538
25.9056-4.1605-2.31669.7296-1.37336.11080.27140.251-0.0233-0.0553-0.34-0.4782-0.10550.01650.02280.286-0.0869-0.01550.28860.00430.6555126.96994.99641.6394
38.1660.705-6.64330.0429-0.97219.14770.107-0.4144-1.48770.2553-0.7241-0.016-0.36950.33920.44860.9108-0.1289-0.18490.5660.07160.8645115.7955-5.579823.5143
43.6728-3.612-4.75954.20772.99838.66560.27640.2391-0.6305-0.9296-0.6814-0.3476-0.412-0.5510.22840.8108-0.0616-0.07610.76130.07390.5354115.50133.992328.6677
58.4964-1.55471.49183.60114.33196.8541-0.2671-1.00950.1710.42330.3249-0.0662-0.622-0.6273-0.1170.83010.1592-0.00760.8021-0.00270.534114.81525.005139.3803
65.9104-2.57253.48538.3352-0.58282.1919-1.4068-1.28350.52850.8515-0.2453-0.1727-1.2829-2.14321.76531.22720.508-0.29761.3677-0.32220.8604106.981313.807243.6106
76.2821-6.8137-5.0599.37495.673.9328-0.9034-0.0741-0.2180.45560.60860.224-0.0865-0.06850.32390.5401-0.066-0.08091.03480.06650.5999105.09165.093917.2953
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 46 )A4 - 46
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 47 through 82 )A47 - 82
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 83 through 109 )A83 - 109
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 3 through 23 )B3 - 23
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 24 through 59 )B24 - 59
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 60 through 82 )B60 - 82
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 83 through 108 )B83 - 108

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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