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- PDB-7qz5: Transcriptional regulator LmrR with Trp-67 and Trp-96 replaced by... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qz5
タイトルTranscriptional regulator LmrR with Trp-67 and Trp-96 replaced by the unnatural amino acid 5-fluoroTrp
要素Transcriptional regulator, PadR-like family
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Transcriptional regulator / PadR / Fluorinated tryptophan
機能・相同性: / Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Transcriptional regulator, PadR-like family
機能・相同性情報
生物種Lactococcus cremoris (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Thunnissen, A.M.W.H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: The Role of Tryptophan in pi Interactions in Proteins: An Experimental Approach.
著者: Shao, J. / Kuiper, B.P. / Thunnissen, A.W.H. / Cool, R.H. / Zhou, L. / Huang, C. / Dijkstra, B.W. / Broos, J.
履歴
登録2022年1月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, PadR-like family
B: Transcriptional regulator, PadR-like family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6862
ポリマ－28,6862
非ポリマー00
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2760 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area13610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.624, 35.494, 70.914
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.160, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 4 through 68 or resid 76 through 113))
21(chain B and resid 4 through 113)

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEGLYGLY(chain A and (resid 4 through 68 or resid 76 through 113))AA4 - 684 - 68
12ARGARGGLUGLU(chain A and (resid 4 through 68 or resid 76 through 113))AA76 - 11376 - 113
21ILEILESERSER(chain B and resid 4 through 113)BB4 - 1124 - 112

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, PadR-like family


分子量: 14343.235 Da / 分子数: 2 / 変異: W67 and W96 are replaced by 5-fluoro-Trp / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus cremoris (乳酸菌) / 株: MG1363 / 遺伝子: llmg_0323 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2RI36
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein solution: 6 mg/ml in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 300 mM NaCl. Reservoir solution: 100 mM HEPES, pH 7.0, 200 mM NH4Cl, 20% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→43.57 Å / Num. obs: 23803 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 40.91 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 72652 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.8431.041401413260.4450.6861.2511.194.8
9.01-43.572.70.0315492000.9970.0230.03814.693

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1-4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F8B

3f8b


解像度: 1.8→35.31 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2498 1213 5.1 %
Rwork0.2184 22586 -
obs0.22 23799 98.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 160.88 Å2 / Biso mean: 60.2576 Å2 / Biso min: 27.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→35.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1769 0 0 44 1813
Biso mean---49.25 -
残基数----215
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A999X-RAY DIFFRACTION5.863TORSIONAL
12B999X-RAY DIFFRACTION5.863TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.870.43381290.42372442257197
1.87-1.960.34531220.32762516263899
1.96-2.060.26661410.2612456259799
2.06-2.190.25241400.24012520266099
2.19-2.360.24841610.24042491265299
2.36-2.60.26571090.22322523263299
2.6-2.980.27581480.23182520266899
2.98-3.750.25091410.21752518265999
3.75-35.310.21821220.19012600272298
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.2001-0.9878-2.77234.06720.66.57980.24130.17250.29580.0836-0.28150.22340.1-0.9830.06450.23950.0008-0.02230.3405-0.05050.272511.83995.96125.4054
22.179-3.7750.8338.6863-4.6398.2858-0.10470.25560.9340.4483-0.0215-0.7974-0.68250.21440.04970.287-0.04380.03080.27610.00850.439823.257610.12626.4113
36.3581-0.9883-0.94417.0449-1.12742.00710.02920.7270.2309-1.1307-0.303-0.33070.5432-0.11130.1810.44970.04010.04810.25620.02440.355924.92381.306-3.7296
46.7034-0.102-7.15482.09960.95695.7506-0.48260.0422-0.78470.161-0.17650.56330.5606-0.28460.710.3785-0.00980.00450.3543-0.00990.473312.1345-6.268425.8206
55.3258-2.7561-1.09199.73621.87168.3425-0.3212-0.17150.02320.89360.45550.15850.0799-0.0999-0.09520.40030.0284-0.0710.3445-0.03440.372213.3191.745834.6008
64.4704-1.3179-0.91872.01460.41495.0363-0.1309-0.5870.53191.19050.0655-1.6061-0.47690.50560.10520.43450.0284-0.09850.4597-0.05030.583216.82566.337836.2565
72.25490.46891.9841.64930.39344.8237-1.1302-1.00690.5622.40331.21280.0751-0.0971-1.25190.24641.14950.4673-0.11950.6817-0.17550.45287.28313.448341.6867
80.4044-2.5499-1.83935.84196.26286.1172-0.4541-0.0212-0.4597-0.1508-0.53860.9126-0.2496-0.89630.90350.3767-0.0696-0.00050.7103-0.12920.58743.58412.969914.3835
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 46 )A4 - 46
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 47 through 59 )A47 - 59
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 60 through 82 )A60 - 82
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 83 through 113 )A83 - 113
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 38 )B2 - 38
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 39 through 59 )B39 - 59
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 60 through 82 )B60 - 82
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 83 through 112 )B83 - 112

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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