PDB-7qz3: The structure of T. forsythia NanH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qz3

タイトル

The structure of T. forsythia NanH

要素

BNR/Asp-box repeat protein

キーワード

HYDROLASE / Sialidase

機能・相同性

機能・相同性情報

exo-alpha-sialidase activity / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Tannerella forsythia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Rafferty, J. / Stafford, G. / Satur, M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2022
タイトル: Structural and functional characterisation of a stable, broad-specificity multimeric sialidase from the oral pathogen Tannerella forsythia.
著者: Satur, M.J. / Urbanowicz, P.A. / Spencer, D.I.R. / Rafferty, J. / Stafford, G.P.

履歴

登録	2022年1月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qz3.cif.gz	727.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qz3.ent.gz	590.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qz3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qz3_validation.pdf.gz	932.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qz3_full_validation.pdf.gz	938.1 KB	表示
XML形式データ	7qz3_validation.xml.gz	40.5 KB	表示
CIF形式データ	7qz3_validation.cif.gz	58.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/7qz3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/7qz3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qxoC 7qy8C 7qy9C 7qyjC 7qypC 4bbwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BNR/Asp-box repeat protein

B: BNR/Asp-box repeat protein

ヘテロ分子

115 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.740, 79.740, 349.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 34 - 552 / Label seq-ID: 1 - 519

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	BNR/Asp-box repeat protein 分子量: 57394.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Tannerella forsythia (バクテリア) 株: ATCC 43037 / JCM 10827 / CCUG 33226 / KCTC 5666 / FDC 338 遺伝子: BFO_2207 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8UIQ1
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.17 % / 解説: bipyramid
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 7% PEG6000 0.1M HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→77.863 Å / Num. obs: 80616 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.81 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 21.8
反射シェル	解像度: 1.97→2.01 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4386 / CC_1/2: 0.472

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4bbw

4bbw

解像度: 1.97→77.863 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 13.561 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.178 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2662	3899	4.837 %
R_work	0.2304	76716	-
all	0.232	-	-
obs	-	80615	99.314 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.851 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.005 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.005 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→77.863 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8046	0	30	425	8501

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	8239
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	7791
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.35	1.644	11190
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.17	1.58	17905
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.111	5	1038
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.344	21.264	435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.743	15	1397
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.978	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	9340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1912
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.181	0.2	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.174	0.2	7845
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.147	0.2	3894
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.07	0.2	3995
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	494
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.074	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.162	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.232	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.19	2.959	4155
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.19	2.958	4154
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.746	4.433	5192
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.746	4.434	5193
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.219	3.096	4084
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.215	3.096	4082
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.879	4.596	5998
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.879	4.597	5999
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.071	34.745	8875
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.043	34.531	8812
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.077	0.05	17009

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07722	0.0501
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07722	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.97-2.021	0.38	292	0.382	5429	X-RAY DIFFRACTION	97.0483
2.021-2.077	0.364	249	0.353	5345	X-RAY DIFFRACTION	97.4055
2.077-2.137	0.386	241	0.327	5304	X-RAY DIFFRACTION	99.3728
2.137-2.203	0.355	247	0.297	5181	X-RAY DIFFRACTION	99.505
2.203-2.275	0.364	251	0.328	5014	X-RAY DIFFRACTION	99.5274
2.275-2.355	0.336	226	0.266	4872	X-RAY DIFFRACTION	99.6871
2.355-2.443	0.27	268	0.243	4646	X-RAY DIFFRACTION	99.6957
2.443-2.543	0.293	237	0.236	4512	X-RAY DIFFRACTION	99.6224
2.543-2.656	0.306	230	0.257	4355	X-RAY DIFFRACTION	99.6306
2.656-2.786	0.27	224	0.24	4118	X-RAY DIFFRACTION	99.7244
2.786-2.937	0.275	215	0.236	3982	X-RAY DIFFRACTION	99.7386
2.937-3.115	0.299	200	0.24	3756	X-RAY DIFFRACTION	99.773
3.115-3.33	0.287	174	0.233	3585	X-RAY DIFFRACTION	99.7082
3.33-3.597	0.25	160	0.235	3328	X-RAY DIFFRACTION	99.8283
3.597-3.94	0.229	166	0.22	3071	X-RAY DIFFRACTION	99.815
3.94-4.405	0.244	132	0.19	2818	X-RAY DIFFRACTION	99.7296
4.405-5.086	0.215	137	0.173	2495	X-RAY DIFFRACTION	99.8104
5.086-6.229	0.2	98	0.188	2176	X-RAY DIFFRACTION	99.956
6.229-8.807	0.223	96	0.183	1706	X-RAY DIFFRACTION	99.9445
8.807-77.863	0.218	56	0.182	1023	X-RAY DIFFRACTION	98.9908

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9194	-0.1442	0.0656	1.2225	0.6583	1.372	-0.0898	-0.1541	0.1353	0.2008	0.0162	0.0398	-0.0157	0.1586	0.0736	0.0606	-0.0074	-0.0038	0.0563	-0.0188	0.0389	0.8254	15.9996	34.3176
2	1.2507	-0.0184	-0.3509	0.8841	0.1859	0.658	0.0117	-0.0128	-0.1332	0.1315	-0.037	-0.1348	0.2579	0.2607	0.0253	0.1252	0.1145	-0.0115	0.1511	0.0471	0.0986	18.9481	-17.2218	13.2988

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	34 - 552
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	34 - 552

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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