PDB-7qyy: Vanadium-dependent bromoperoxidase from Corallina pilulifera in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qyy

タイトル

Vanadium-dependent bromoperoxidase from Corallina pilulifera in complex with chloride

要素

Vanadium-dependent bromoperoxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Vanadium protein / halogen binding / haloperoxidase.

機能・相同性

bromide peroxidase / bromide peroxidase activity / Bromoperoxidase/chloroperoxidase C-terminal / : / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase superfamily / metal ion binding / PHOSPHATE ION / Vanadium-dependent bromoperoxidase

機能・相同性情報

生物種

Corallina pilulifera (ピリヒバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.999 Å

データ登録者

Isupov, M.N. / Mitchell, D. / Littelchild, J.A. / Garcia-Rodriguez, E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: R396W mutant of the vanadium-dependent bromoperoxidase from Corallina pilulifera
著者: Isupov, M.N. / Mitchell, D. / Littelchild, J.A. / Garcia-Rodriguez, E.

履歴

登録	2022年1月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qyy.cif.gz	580.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qyy.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qyy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qyy_validation.pdf.gz	5.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qyy_full_validation.pdf.gz	5.3 MB	表示
XML形式データ	7qyy_validation.xml.gz	121.3 KB	表示
CIF形式データ	7qyy_validation.cif.gz	185.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/7qyy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/7qyy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qvwC 7qw3C 7qwiC 1up8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Vanadium-dependent bromoperoxidase

BBB: Vanadium-dependent bromoperoxidase

CCC: Vanadium-dependent bromoperoxidase

DDD: Vanadium-dependent bromoperoxidase

ヘテロ分子

269 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Vanadium-dependent bromoperoxidase

BBB: Vanadium-dependent bromoperoxidase

CCC: Vanadium-dependent bromoperoxidase

DDD: Vanadium-dependent bromoperoxidase

ヘテロ分子

AAA: Vanadium-dependent bromoperoxidase

BBB: Vanadium-dependent bromoperoxidase

CCC: Vanadium-dependent bromoperoxidase

DDD: Vanadium-dependent bromoperoxidase

ヘテロ分子

AAA: Vanadium-dependent bromoperoxidase

BBB: Vanadium-dependent bromoperoxidase

CCC: Vanadium-dependent bromoperoxidase

DDD: Vanadium-dependent bromoperoxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
807 kDa, 12 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	182.115, 182.115, 177.602
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	BBB-1457- HOH
2	1	CCC-1484- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB
3	2	AAA
4	2	CCC
5	3	AAA
6	3	DDD
7	4	BBB
8	4	CCC
9	5	BBB
10	5	DDD
11	6	CCC
12	6	DDD

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth seq-ID: 2 - 598 / Label seq-ID: 2 - 598

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	1	AAA	A
2	1	1	BBB	B
3	2	2	AAA	A
4	2	2	CCC	C
5	3	3	AAA	A
6	3	3	DDD	D
7	4	4	BBB	B
8	4	4	CCC	C
9	5	5	BBB	B
10	5	5	DDD	D
11	6	6	CCC	C
12	6	6	DDD	D

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質	Vanadium-dependent bromoperoxidase / V-BPO / Vanadium haloperoxidase 分子量: 65343.949 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Corallina pilulifera (ピリヒバ) / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: O81959, bromide peroxidase

-
非ポリマー , 6種, 3313分子

#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.19 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M Tris-HBr, pH 7.4, 1.3M ammonium dihydrogen phosphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.8482 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8482 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.999→99 Å / Num. obs: 218890 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 1.999→2.07 Å / R_merge(I) obs: 0.219 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 20725

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1up8

1up8

解像度: 1.999→19.962 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 3.556 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.134 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1928	10625	5.015 %
R_work	0.146	201248	-
all	0.148	-	-
obs	-	211873	94.254 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.081 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.283 Å²	0.141 Å²	0 Å²
2-	-	0.283 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.918 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.999→19.962 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18420	0	460	3214	22094

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	19940
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.772	1.631	27131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.193	5	2601
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.345	23.521	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.298	15	3213
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.029	15	112
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	2595
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	15400
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	11006
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.323	0.2	13794
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.29	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.237	0.2	328
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	130
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.313	5.564	9826
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.558	9.248	12320
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.651	6.186	10114
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.257	9.946	14703
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.081	41.912	93503
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.053	0.05	20607
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.054	0.05	20593
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.049	0.05	20661
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.055	0.05	20570
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.049	0.05	20636
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.054	0.05	20693

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05309	0.05009
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05309	0.05009
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05409	0.05009
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05409	0.05009
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04931	0.05009
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04931	0.05009
4	7	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05494	0.05009
4	8	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05494	0.05009
5	9	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04912	0.05009
5	10	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04912	0.05009
6	11	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05413	0.05009
6	12	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05413	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.999-2.051	0.308	767	0.261	14396	X-RAY DIFFRACTION	91.5088
2.051-2.107	0.269	731	0.219	14368	X-RAY DIFFRACTION	93.5328
2.107-2.168	0.268	722	0.199	14070	X-RAY DIFFRACTION	93.6736
2.168-2.235	0.255	734	0.193	13584	X-RAY DIFFRACTION	94.0118
2.235-2.308	0.228	703	0.177	13133	X-RAY DIFFRACTION	93.3855
2.308-2.389	0.223	694	0.175	12754	X-RAY DIFFRACTION	94.0485
2.389-2.48	0.213	630	0.16	12400	X-RAY DIFFRACTION	94.2087
2.48-2.581	0.207	608	0.155	11966	X-RAY DIFFRACTION	94.5627
2.581-2.696	0.214	615	0.147	11417	X-RAY DIFFRACTION	94.2282
2.696-2.827	0.197	588	0.149	10884	X-RAY DIFFRACTION	93.9789
2.827-2.98	0.199	591	0.145	10404	X-RAY DIFFRACTION	94.6865
2.98-3.161	0.202	578	0.142	9830	X-RAY DIFFRACTION	94.7905
3.161-3.379	0.185	518	0.133	9338	X-RAY DIFFRACTION	95.1627
3.379-3.649	0.159	416	0.118	8783	X-RAY DIFFRACTION	95.7431
3.649-3.997	0.14	433	0.107	8026	X-RAY DIFFRACTION	95.7442
3.997-4.469	0.121	345	0.087	7411	X-RAY DIFFRACTION	96.1925
4.469-5.16	0.123	339	0.089	6506	X-RAY DIFFRACTION	96.9959
5.16-6.317	0.158	292	0.123	5587	X-RAY DIFFRACTION	97.8691
6.317-8.927	0.153	224	0.132	4352	X-RAY DIFFRACTION	98.5145
8.927-19.962	0.211	97	0.219	2041	X-RAY DIFFRACTION	81.9157

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関連情報:EMDBヘッダ

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