PDB-7qyp: The structure of T. forsythia NanH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qyp

タイトル

The structure of T. forsythia NanH

要素

BNR/Asp-box repeat protein

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Sialidase (ノイラミニダーゼ)

機能・相同性

機能・相同性情報

exo-alpha-sialidase activity / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / intracellular membrane-bounded organelle /

生体膜 /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Tannerella forsythia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.659 Å

データ登録者

Rafferty, J. / Stafford, G. / Satur, M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2022
タイトル: Structural and functional characterisation of a stable, broad-specificity multimeric sialidase from the oral pathogen Tannerella forsythia.
著者: Satur, M.J. / Urbanowicz, P.A. / Spencer, D.I.R. / Rafferty, J. / Stafford, G.P.

履歴

登録	2022年1月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qyp.cif.gz	735.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qyp.ent.gz	592.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qyp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/7qyp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/7qyp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qxoC 7qy8C 7qy9C 7qyjC 7qz3C 4bbwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BNR/Asp-box repeat protein

B: BNR/Asp-box repeat protein

ヘテロ分子

115 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.895, 79.895, 349.328
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 34 - 552 / Label seq-ID: 1 - 519

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	BNR/Asp-box repeat protein / 分子量: 57394.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Tannerella forsythia (バクテリア) 株: ATCC 43037 / JCM 10827 / CCUG 33226 / KCTC 5666 / FDC 338 遺伝子: BFO_2207 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8UIQ1
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 704 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.34 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 7% PEG6000 0.1M HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97951 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.659→79.89 Å / Num. obs: 135097 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.1 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.168 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 1.66→1.69 Å / R_merge(I) obs: 0.851 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 6572 / CC_1/2: 0.435 / % possible all: 99.21

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4bbw

4bbw

解像度: 1.659→78.005 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 8.357 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.122 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2727	6556	4.917 %
R_work	0.2218	126770	-
all	0.224	-	-
obs	-	133326	98.77 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.929 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.764 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.764 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.529 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.659→78.005 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8046	0	40	704	8790

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	8268
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.014	7842
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.681	1.645	11214
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.357	1.58	18012
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.163	5	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.129	21.284	436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.289	15	1404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.714	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	9388
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1920
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	1447
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	7931
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.155	0.2	3918
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	4146
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	679
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.105	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.178	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.176	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.106	1.728	4170
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.106	1.728	4169
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.747	2.562	5216
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.747	2.562	5217
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	10.58	2.083	4098
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	10.579	2.083	4099
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.725	2.946	5998
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.725	2.947	5999
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.082	21.806	9115
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.131	21.286	8950
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.089	0.05	16907

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0889	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0889	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.659-1.702	0.404	473	0.396	9300	X-RAY DIFFRACTION	99.3999
1.702-1.749	0.377	465	0.361	9076	X-RAY DIFFRACTION	99.979
1.749-1.8	0.337	461	0.328	8870	X-RAY DIFFRACTION	99.8929
1.8-1.855	0.333	450	0.31	8633	X-RAY DIFFRACTION	99.8571
1.855-1.916	0.369	442	0.305	8302	X-RAY DIFFRACTION	99.5333
1.916-1.983	0.318	364	0.278	8121	X-RAY DIFFRACTION	99.5425
1.983-2.058	0.304	414	0.246	7784	X-RAY DIFFRACTION	99.4541
2.058-2.142	0.303	381	0.239	7488	X-RAY DIFFRACTION	99.3937
2.142-2.237	0.288	365	0.238	7170	X-RAY DIFFRACTION	98.8586
2.237-2.346	0.319	346	0.237	6897	X-RAY DIFFRACTION	98.6785
2.346-2.473	0.281	343	0.214	6478	X-RAY DIFFRACTION	98.4413
2.473-2.623	0.308	321	0.214	6152	X-RAY DIFFRACTION	97.7499
2.623-2.804	0.303	312	0.226	5746	X-RAY DIFFRACTION	97.3329
2.804-3.029	0.262	278	0.216	5365	X-RAY DIFFRACTION	96.7759
3.029-3.318	0.257	264	0.209	4964	X-RAY DIFFRACTION	96.618
3.318-3.71	0.273	251	0.216	4475	X-RAY DIFFRACTION	97.063
3.71-4.284	0.218	187	0.178	4074	X-RAY DIFFRACTION	97.5504
4.284-5.246	0.181	203	0.143	3473	X-RAY DIFFRACTION	98.0267
5.246-7.418	0.181	143	0.151	2752	X-RAY DIFFRACTION	97.5076
7.418-78.005	0.266	93	0.187	1650	X-RAY DIFFRACTION	98.4746

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8082	-0.1349	0.0614	0.9628	0.2673	0.5405	-0.0217	-0.0949	0.0757	0.1145	0.0028	0.0339	-0.0068	0.0246	0.0189	0.0334	-0.0048	0.0028	0.0977	-0.0277	0.0134	0.8541	16.0017	34.2084
2	0.9901	0.1325	-0.2589	0.9128	0.1225	0.5725	0.0091	-0.0253	-0.0966	-0.0163	-0.0137	-0.1255	0.1398	0.0809	0.0046	0.0919	0.0811	0.0038	0.1009	0.0243	0.0405	19.0152	-17.121	13.3773

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	34 - 552
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	601
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	701
4	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	801
5	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	901
6	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	34 - 552
7	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	601
8	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	701

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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