PDB-7qyj: The structure of T. forsythia NanH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qyj

タイトル

The structure of T. forsythia NanH

要素

BNR/Asp-box repeat protein

キーワード

HYDROLASE / Sialidase

機能・相同性

Sialidase, N-terminal / N-terminal domain of BNR-repeat neuraminidase / BNR repeat-like domain / exo-alpha-sialidase activity / Sialidase family / Sialidase / Sialidase superfamily / BNR/Asp-box repeat protein

機能・相同性情報

生物種

Tannerella forsythia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Rafferty, J. / Stafford, G. / Satur, M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2022
タイトル: Structural and functional characterisation of a stable, broad-specificity multimeric sialidase from the oral pathogen Tannerella forsythia.
著者: Satur, M.J. / Urbanowicz, P.A. / Spencer, D.I.R. / Rafferty, J. / Stafford, G.P.

履歴

登録	2022年1月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qyj.cif.gz	713.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qyj.ent.gz	580.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qyj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qyj_validation.pdf.gz	432.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qyj_full_validation.pdf.gz	439.4 KB	表示
XML形式データ	7qyj_validation.xml.gz	35.9 KB	表示
CIF形式データ	7qyj_validation.cif.gz	50.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/7qyj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/7qyj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qxoC 7qy8C 7qy9C 7qypC 7qz3C 4bbwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BNR/Asp-box repeat protein

B: BNR/Asp-box repeat protein

115 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.055, 80.055, 349.751
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 34 - 552 / Label seq-ID: 1 - 519

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	BNR/Asp-box repeat protein 分子量: 57350.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Tannerella forsythia (バクテリア) 株: ATCC 43037 / JCM 10827 / CCUG 33226 / KCTC 5666 / FDC 338 遺伝子: BFO_2207 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8UIQ1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.65 % / 解説: bipyramid
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 7% PEG6000 0.1M HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.11→66.082 Å / Num. obs: 67026 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / CC_1/2: 0.895 / R_merge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 2.11→2.15 Å / R_merge(I) obs: 2.359 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3225 / CC_1/2: 0.61

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4bbw

4bbw

解像度: 2.11→66.082 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 19.091 / SU ML: 0.212 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.205 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2661	3412	5.106 %
R_work	0.2401	63413	-
all	0.242	-	-
obs	-	66825	99.863 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.128 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.774 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.774 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.549 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.11→66.082 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8040	0	0	124	8164

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	8196
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	7757
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.434	1.643	11131
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.194	1.58	17816
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.155	5	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.336	21.224	433
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.616	15	1394
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.66	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	9318
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1910
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.188	0.2	1357
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	7585
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.15	0.2	3840
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	4054
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	278
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.18	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.121	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.762	3.807	4150
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.761	3.807	4149
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.228	5.708	5184
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.229	5.709	5185
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.738	3.885	4046
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.738	3.886	4047
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.196	5.797	5947
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.196	5.797	5948
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.526	43.341	8564
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.524	43.324	8560
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.077	0.05	16903

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07665	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07665	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.11-2.164	0.366	222	0.372	4590	X-RAY DIFFRACTION	99.5243
2.164-2.224	0.392	245	0.344	4504	X-RAY DIFFRACTION	100
2.224-2.288	0.529	252	0.527	4299	X-RAY DIFFRACTION	98.763
2.288-2.359	0.336	215	0.312	4282	X-RAY DIFFRACTION	100
2.359-2.436	0.325	247	0.3	4059	X-RAY DIFFRACTION	100
2.436-2.521	0.322	214	0.275	4016	X-RAY DIFFRACTION	100
2.521-2.617	0.33	197	0.277	3859	X-RAY DIFFRACTION	100
2.617-2.723	0.295	195	0.287	3739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.723-2.844	0.337	182	0.264	3618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.844-2.983	0.289	172	0.26	3450	X-RAY DIFFRACTION	100
2.983-3.145	0.319	180	0.266	3264	X-RAY DIFFRACTION	99.971
3.145-3.335	0.272	159	0.251	3129	X-RAY DIFFRACTION	100
3.335-3.566	0.278	185	0.245	2886	X-RAY DIFFRACTION	100
3.566-3.851	0.267	161	0.244	2733	X-RAY DIFFRACTION	99.8964
3.851-4.219	0.208	145	0.193	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
4.219-4.717	0.209	110	0.166	2342	X-RAY DIFFRACTION	100
4.717-5.446	0.222	95	0.18	2059	X-RAY DIFFRACTION	100
5.446-6.67	0.213	91	0.191	1798	X-RAY DIFFRACTION	100
6.67-9.431	0.159	87	0.17	1401	X-RAY DIFFRACTION	100
9.431-66.082	0.238	58	0.224	839	X-RAY DIFFRACTION	99.116

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9287	-0.1791	0.0707	1.2412	0.5046	1.0336	-0.0332	-0.1928	0.1269	0.094	-0.0088	0.0292	-0.0478	0.1403	0.042	0.0182	-0.0324	0.0013	0.2322	-0.0513	0.0239	0.9088	15.8764	34.3478
2	1.1624	0.0421	-0.3719	1.066	0.2233	0.7632	0.002	-0.1218	-0.1478	-0.047	-0.0373	-0.1726	0.2236	0.2886	0.0353	0.1171	0.1164	0.0031	0.3027	0.0834	0.0758	18.9835	-17.3493	13.3193

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	34 - 552
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	34 - 552

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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