PDB-7qy9: The structure of T.forsythia NanH with oseltamivir

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qy9

タイトル

The structure of T.forsythia NanH with oseltamivir

要素

BNR/Asp-box repeat protein

キーワード

HYDROLASE / sialidase

機能・相同性

機能・相同性情報

exo-alpha-sialidase activity / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Tannerella forsythia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Rafferty, J. / Stafford, G. / Satur, M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2022
タイトル: Structural and functional characterisation of a stable, broad-specificity multimeric sialidase from the oral pathogen Tannerella forsythia.
著者: Satur, M.J. / Urbanowicz, P.A. / Spencer, D.I.R. / Rafferty, J. / Stafford, G.P.

履歴

登録	2022年1月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qy9.cif.gz	716.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qy9.ent.gz	582.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qy9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qy9_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qy9_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7qy9_validation.xml.gz	39.8 KB	表示
CIF形式データ	7qy9_validation.cif.gz	56.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/7qy9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/7qy9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qxoC 7qy8C 7qyjC 7qypC 7qz3C 4bbwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (2) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BNR/Asp-box repeat protein

B: BNR/Asp-box repeat protein

ヘテロ分子

115 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.501, 79.501, 348.851
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 34 - 552 / Label seq-ID: 1 - 519

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	BNR/Asp-box repeat protein 分子量: 57394.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Tannerella forsythia (バクテリア) 株: ATCC 43037 / JCM 10827 / CCUG 33226 / KCTC 5666 / FDC 338 遺伝子: BFO_2207 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8UIQ1
#2: 化合物	ChemComp-G39 / (3R,4R,5S)-4-(acetylamino)-5-amino-3-(pentan-3-yloxy)cyclohex-1-ene-1-carboxylic acid / Oseltamivir carboxylate / オセルタミビルカルボキシラ-ト分子量: 284.351 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₄N₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗ウイルス剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.8 % / 解説: bipyramid
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 7% PEG6000 100 mM HEPES buffer

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97951 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→79.5 Å / Num. obs: 87048 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 1.92→1.95 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4278 / CC_1/2: 0.623

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4bbw

4bbw

解像度: 1.92→77.634 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.894 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.882 / SU B: 19.933 / SU ML: 0.268 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.268 / ESU R Free: 0.224 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3457	4147	5.015 %
R_work	0.3128	78537	-
all	0.315	-	-
obs	-	82684	95.144 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.123 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.343 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.343 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.685 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→77.634 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8046	0	40	300	8386

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	8242
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	7801
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.318	1.643	11193
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.169	1.58	17918
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.762	5	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.179	21.111	441
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.053	15	1396
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.913	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.051	0.2	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	9362
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1914
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.18	0.2	1375
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	7804
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.147	0.2	3847
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	3948
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	371
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.092	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.162	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.07	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.649	1.546	4150
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.649	1.545	4149
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.162	2.315	5184
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.162	2.316	5185
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.476	1.603	4092
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.476	1.603	4093
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.871	2.381	6009
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.871	2.381	6010
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.974	17.774	8680
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.954	17.665	8648
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.08	0.05	16669

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08036	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08036	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.92-1.97	0.513	264	0.47	5055	X-RAY DIFFRACTION	84.3349
1.97-2.024	0.456	290	0.414	5813	X-RAY DIFFRACTION	98.9462
2.024-2.082	0.46	295	0.435	5608	X-RAY DIFFRACTION	98.3178
2.082-2.146	0.404	296	0.387	5456	X-RAY DIFFRACTION	98.7298
2.146-2.217	0.381	282	0.376	5299	X-RAY DIFFRACTION	98.989
2.217-2.295	0.68	193	0.674	3712	X-RAY DIFFRACTION	71.1942
2.295-2.381	0.387	241	0.362	4957	X-RAY DIFFRACTION	98.4656
2.381-2.478	0.394	265	0.343	4744	X-RAY DIFFRACTION	98.0811
2.478-2.589	0.362	266	0.33	4541	X-RAY DIFFRACTION	98.1421
2.589-2.715	0.366	217	0.341	4358	X-RAY DIFFRACTION	97.5272
2.715-2.862	0.408	210	0.332	4209	X-RAY DIFFRACTION	97.7222
2.862-3.035	0.356	211	0.308	3907	X-RAY DIFFRACTION	97.3062
3.035-3.245	0.36	188	0.295	3706	X-RAY DIFFRACTION	97.277
3.245-3.505	0.317	186	0.284	3470	X-RAY DIFFRACTION	97.234
3.505-3.84	0.343	168	0.299	3092	X-RAY DIFFRACTION	93.894
3.84-4.293	0.296	142	0.244	2901	X-RAY DIFFRACTION	96.389
4.293-4.957	0.212	144	0.201	2628	X-RAY DIFFRACTION	97.5369
4.957-6.07	0.242	131	0.2	2217	X-RAY DIFFRACTION	97.105
6.07-8.583	0.243	92	0.193	1789	X-RAY DIFFRACTION	97.7651
8.583-77.634	0.199	66	0.217	1075	X-RAY DIFFRACTION	97.4381

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1109	-0.1395	-0.2309	0.3966	0.7128	1.3184	-0.1837	-0.0009	0.0237	0.0845	0.0579	0.0965	0.0491	0.2062	0.1258	0.4523	-0.0488	-0.0224	0.262	-0.0219	0.1302	0.7519	16.0308	34.2282
2	0.3734	-0.0253	-0.1897	0.4936	0.15	0.3252	-0.0792	-0.0022	0.0498	0.2096	-0.0059	0.0509	0.2769	0.2814	0.0851	0.4111	0.1854	0.0342	0.4605	0.1205	0.0497	18.9443	-17.1296	13.2282

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	34 - 552
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	34 - 552

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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