PDB-7qy8: The structure of T. forsythia NanH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qy8

タイトル

The structure of T. forsythia NanH

要素

BNR/Asp-box repeat protein

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Sialidase (ノイラミニダーゼ)

機能・相同性

Sialidase, N-terminal / N-terminal domain of BNR-repeat neuraminidase / BNR repeat-like domain /

exo-alpha-sialidase activity /

Sialidase family /

ノイラミニダーゼ / Sialidase superfamily / 3-sialyllactose /

BNR/Asp-box repeat protein

機能・相同性情報

生物種

Tannerella forsythia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.06 Å

データ登録者

Rafferty, J. / Stafford, G. / Satur, M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2022
タイトル: Structural and functional characterisation of a stable, broad-specificity multimeric sialidase from the oral pathogen Tannerella forsythia.
著者: Satur, M.J. / Urbanowicz, P.A. / Spencer, D.I.R. / Rafferty, J. / Stafford, G.P.

履歴

登録	2022年1月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qy8.cif.gz	728.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qy8.ent.gz	591.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qy8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/7qy8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/7qy8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qxoC 7qy9C 7qyjC 7qypC 7qz3C 4bbwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BNR/Asp-box repeat protein

B: BNR/Asp-box repeat protein

ヘテロ分子

116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.059, 80.059, 349.789
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 34 - 552 / Label seq-ID: 1 - 519

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	BNR/Asp-box repeat protein / 分子量: 57350.672 Da / 分子数: 2 / 変異: D237A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Tannerella forsythia (バクテリア) 株: ATCC 43037 / JCM 10827 / CCUG 33226 / KCTC 5666 / FDC 338 遺伝子: BFO_2207 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8UIQ1
#2: 化合物	ChemComp-I2K / 3-sialyllactose 分子量: 633.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₃₉NO₁₉ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.66 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 7% PEG6000 0.1M HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.06→72.901 Å / Num. obs: 71921 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 2.06→2.1 Å / R_merge(I) obs: 2.964 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3491 / CC_1/2: 0.797

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4bbw

4bbw

解像度: 2.06→72.901 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 16.71 / SU ML: 0.207 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.206 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2786	3626	5.067 %
R_work	0.2448	67938	-
all	0.246	-	-
obs	-	71564	99.695 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.091 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.909 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.909 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.818 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.06→72.901 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8019	0	86	325	8430

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	8270
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	7772
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.306	1.646	11247
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.125	1.579	17865
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.832	5	1038
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.526	21.204	432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.597	15	1379
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.164	15	71
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.047	0.2	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	9351
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1911
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.176	0.2	1409
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.174	0.2	7744
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.145	0.2	3896
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.069	0.2	4044
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	440
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.044	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.038	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.162	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.118	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.989	3.363	4155
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.989	3.363	4154
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.546	5.041	5192
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.545	5.042	5193
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.115	3.552	4115
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.115	3.553	4116
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.81	5.286	6055
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.809	5.287	6056
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.618	39.989	8837
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.562	39.825	8795
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.083	0.05	16750

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08339	0.0501
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08339	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.06-2.113	0.382	247	0.361	4935	X-RAY DIFFRACTION	99.9614
2.113-2.171	0.364	257	0.339	4839	X-RAY DIFFRACTION	100
2.171-2.234	0.391	242	0.341	4629	X-RAY DIFFRACTION	98.7632
2.234-2.303	0.623	247	0.56	4417	X-RAY DIFFRACTION	97.106
2.303-2.378	0.317	235	0.295	4407	X-RAY DIFFRACTION	100
2.378-2.462	0.302	236	0.274	4307	X-RAY DIFFRACTION	99.934
2.462-2.555	0.34	195	0.259	4171	X-RAY DIFFRACTION	100
2.555-2.659	0.332	204	0.27	4007	X-RAY DIFFRACTION	100
2.659-2.777	0.326	218	0.261	3846	X-RAY DIFFRACTION	99.9754
2.777-2.913	0.317	231	0.259	3644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.913-3.071	0.256	187	0.242	3540	X-RAY DIFFRACTION	100
3.071-3.257	0.293	179	0.247	3312	X-RAY DIFFRACTION	100
3.257-3.482	0.275	189	0.241	3145	X-RAY DIFFRACTION	100
3.482-3.761	0.268	149	0.251	2935	X-RAY DIFFRACTION	99.7735
3.761-4.119	0.259	143	0.213	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
4.119-4.606	0.197	123	0.186	2498	X-RAY DIFFRACTION	100
4.606-5.318	0.209	134	0.184	2219	X-RAY DIFFRACTION	100
5.318-6.513	0.261	90	0.189	1910	X-RAY DIFFRACTION	100
6.513-9.209	0.191	79	0.183	1522	X-RAY DIFFRACTION	100
9.209-72.901	0.208	41	0.212	932	X-RAY DIFFRACTION	99.3871

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8746	-0.2521	-0.0629	1.1425	0.5759	1.0802	-0.0484	-0.1885	0.1301	0.1406	-0.0084	0.0495	-0.0022	0.1471	0.0568	0.0279	-0.0233	-0.0009	0.1545	-0.0464	0.0422	0.754	15.8953	34.2647
2	1.0304	-0.0024	-0.2508	0.9564	0.2651	0.6407	0.0306	-0.1146	-0.0982	0.0354	-0.0568	-0.1718	0.2523	0.2919	0.0262	0.1335	0.1375	0.0009	0.2457	0.0961	0.109	19.1637	-17.0486	13.2945

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	34 - 552
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	34 - 552

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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