PDB-7qy3: Crystal structure of the halohydrin dehalogenase HheG D114C mutan...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qy3

タイトル

Crystal structure of the halohydrin dehalogenase HheG D114C mutant cross-linked with BMOE

要素

Putative oxidoreductase

キーワード

LYASE / halohydrin dehalogenase / BMOE / cross-linked enzyme crystals / CLEC / HheG / Ilumatobacter coccineus

機能・相同性

Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / 1,1'-ethane-1,2-diylbis(1H-pyrrole-2,5-dione) / Putative oxidoreductase

機能・相同性情報

生物種

Ilumatobacter coccineus YM16-304 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.72 Å

データ登録者

Henke, S. / Blankenfeldt, W. / Schallmey, A.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Chemcatchem / 年: 2022
タイトル: Biocatalytically active and stable cross-linked enzyme crystals of halohydrin dehalogenase HheG by protein engineering
著者: Staar, M. / Henke, S. / Blankenfeldt, W. / Schallmey, A.

履歴

登録	2022年1月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qy3.cif.gz	930.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qy3.ent.gz	781.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qy3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7qy3_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qy3_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	7qy3_validation.xml.gz	86.5 KB	表示
CIF形式データ	7qy3_validation.cif.gz	117.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/7qy3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/7qy3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5o30S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5o30-1 5o30-3 7qy3-4 7qy3-3 5o30-4 7qy3-2 6i9u-3 6i9v-1 6i9u-4 6i9u-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative oxidoreductase

B: Putative oxidoreductase

C: Putative oxidoreductase

D: Putative oxidoreductase

E: Putative oxidoreductase

F: Putative oxidoreductase

G: Putative oxidoreductase

H: Putative oxidoreductase

I: Putative oxidoreductase

J: Putative oxidoreductase

ヘテロ分子

303 kDa, 10 ポリマー
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1

A: Putative oxidoreductase

B: Putative oxidoreductase

C: Putative oxidoreductase

D: Putative oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: homology
121 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Putative oxidoreductase

F: Putative oxidoreductase

ヘテロ分子

E: Putative oxidoreductase

F: Putative oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
121 kDa, 4 ポリマー
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3

G: Putative oxidoreductase

H: Putative oxidoreductase

ヘテロ分子

G: Putative oxidoreductase

H: Putative oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
121 kDa, 4 ポリマー
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4

I: Putative oxidoreductase

J: Putative oxidoreductase

ヘテロ分子

I: Putative oxidoreductase

J: Putative oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
121 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	195.080, 195.080, 195.064
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Putative oxidoreductase 分子量: 29903.850 Da / 分子数: 10 / 変異: D114C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ilumatobacter coccineus YM16-304 (バクテリア) 株: NBRC 103263 / KCTC 29153 / YM16-304 / 遺伝子: YM304_35350 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6C7EF96
#2: 化合物	ChemComp-ME7 / 1,1'-ethane-1,2-diylbis(1H-pyrrole-2,5-dione) / N,N′-エチレンビス(マレインイミド) 分子量: 220.182 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₈N₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.6 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 46 mM HEPES pH 7.34, 5.33 % (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, DESY

/ ビームライン: P11 / 波長: 0.976254 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.976254 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.72→168.94 Å / Num. obs: 114438 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.9 % / B_iso Wilson estimate: 57.35 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.177 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.181 / Net I/σ(I): 15.6 / Num. measured all: 2388880 / Scaling rejects: 5

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs
2.72-2.87	19.5	1.378	323556	16607	0.86	0.318	1.415	2.6
8.62-168.94	20.5	0.051	79121	3868	0.999	0.011	0.052	50.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20-4459	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5o30

5o30

解像度: 2.72→56.31 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2518	5775	5.05 %
R_work	0.2113	108558	-
obs	0.2133	114333	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 193.46 Å² / B_iso mean: 70.618 Å² / B_iso min: 23.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.72→56.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18587	0	235	156	18978
B_iso mean	-	-	101.54	56.05	-
残基数	-	-	-	-	2567

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.72-2.76	0.3306	210	0.2699	3554	3764	100
2.76-2.79	0.2805	214	0.2656	3618	3832	100
2.79-2.82	0.2904	166	0.2588	3572	3738	100
2.82-2.86	0.3073	208	0.2617	3545	3753	100
2.86-2.9	0.3954	206	0.312	3557	3763	100
2.9-2.94	0.297	169	0.2813	3687	3856	100
2.94-2.98	0.3457	180	0.2874	3513	3693	100
2.98-3.02	0.3213	244	0.2794	3570	3814	100
3.02-3.07	0.31	173	0.26	3671	3844	100
3.07-3.12	0.3131	178	0.2553	3547	3725	100
3.12-3.17	0.2676	170	0.2468	3646	3816	100
3.17-3.23	0.2915	171	0.2452	3595	3766	100
3.23-3.29	0.3019	203	0.2497	3542	3745	100
3.29-3.36	0.2527	205	0.2315	3594	3799	100
3.36-3.43	0.2807	217	0.2386	3603	3820	100
3.43-3.51	0.275	205	0.2452	3594	3799	100
3.51-3.6	0.3107	169	0.2489	3603	3772	100
3.6-3.7	0.2973	190	0.2379	3649	3839	100
3.7-3.81	0.2812	187	0.2249	3619	3806	100
3.81-3.93	0.2715	193	0.2004	3626	3819	100
3.93-4.07	0.2058	178	0.1859	3607	3785	100
4.07-4.23	0.1964	198	0.1757	3642	3840	100
4.23-4.42	0.2023	194	0.1796	3579	3773	100
4.43-4.66	0.209	178	0.1711	3663	3841	100
4.66-4.95	0.2031	159	0.1654	3677	3836	100
4.95-5.33	0.206	195	0.1848	3622	3817	100
5.33-5.87	0.2474	193	0.2158	3722	3915	100
5.87-6.71	0.2529	211	0.217	3640	3851	100
6.72-8.46	0.1764	185	0.1829	3707	3892	100
8.46-56.31	0.2452	226	0.1685	3794	4020	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0027	-0.0009	0.0046	0.0097	-0.0189	0.036	-0.0254	-0.0312	0.0305	0.0087	0.0976	0.0987	-0.0688	-0.1855	0.0278	0.4903	0.2914	0.0277	1.0384	0.1619	0.2386	-125.5117	60.2198	-55.349
2	0.0022	-0.0019	0.0037	0.0011	-0.0031	0.0062	0.0171	-0.0069	0.001	-0.0433	0.0496	0.0054	-0.0067	0.0017	0	0.6864	0.1951	0.012	0.7271	0.1119	0.272	-116.3844	69.6682	-63.165
3	0.1149	0.0168	0.0233	0.0642	-0.005	0.0878	0.0688	0.0717	-0.0149	0.0111	0.0312	0.0326	-0.3001	-0.0815	0.2716	0.4171	0.1989	0.0163	0.5485	0.0369	0.0991	-105.8682	57.7543	-52.6992
4	0.0989	0.0052	-0.0052	0.1036	0.0111	0.012	0.1001	0.0205	0.0254	-0.0046	0.057	-0.0061	-0.1569	-0.0345	0.0035	0.5993	0.147	0.0229	0.6402	0.0215	0.2358	-112.7655	56.8824	-46.2619
5	0.0648	0.0341	0.0017	0.0227	-0.0054	0.0169	0.0447	0.0163	-0.1712	0.0442	0.0245	-0.0228	-0.2007	-0.1837	-0	0.383	0.1315	-0.021	0.7638	0.022	0.3388	-115.6389	50.6412	-40.2753
6	0.0165	-0.0221	-0.0286	0.0666	0.0613	0.0594	-0.0216	0.0713	-0.0167	0.0651	0.1407	-0.083	0.0519	0.2224	0.0397	0.2905	0.021	-0.0053	0.9232	-0.1033	0.288	-71.2258	45.8444	-16.2509
7	0.0134	0.017	-0.0003	0.0365	-0.0195	0.025	0.044	-0.0005	-0.0148	0.0101	0.0118	-0.0026	0.0122	-0.018	0.0187	0.4573	-0.1201	-0.0839	0.687	-0.0873	0.2315	-74.4918	58.5657	-8.459
8	0.0941	-0.0596	0.0564	0.1374	0.0143	0.1651	0.0281	-0.1124	-0.015	0.0441	0.1085	-0.0345	-0.1696	0.106	0.2625	0.2649	-0.0761	-0.0181	0.5216	-0.0102	0.0656	-89.5438	53.4479	-18.9292
9	0.2703	-0.1958	-0.0009	0.1639	0.0143	0.0195	0.0568	-0.0039	-0.1148	0.0461	-0.003	0.066	-0.1171	0.244	0.0059	0.3165	-0.0218	-0.0199	0.4862	-0.0132	0.1698	-84.608	43.9225	-29.4175
10	0.0002	-0.0008	0.0006	0.0028	0.002	0.0018	0.0192	0.0221	0.0046	-0.0263	-0.0127	0.039	-0.0274	-0.055	0.0271	0.5973	0.3757	0.1078	0.8635	0.0019	0.2907	-124.7181	63.3558	-20.8615
11	0.0011	-0.0007	-0.0013	0.0001	0.0009	0.0034	-0.0315	0.01	0.0183	0.0351	-0.0041	0.0068	-0.0128	-0.0303	-0.0001	0.9049	0.4475	0.1624	0.8423	0.0309	0.4208	-123.5158	73.887	-13.1018
12	0.0669	0.0401	0.002	0.0993	-0.0576	0.25	0.0962	-0.1318	0.0071	0.1539	0.0455	0.1178	-0.4218	-0.2059	0.3142	0.4504	0.1613	0.0906	0.6577	0.0111	-0.0084	-109.3512	58.8672	-16.5648
13	0.1893	-0.0042	0.0226	0.0737	0.0028	0.0046	0.026	-0.0011	-0.0774	-0.0036	0.0091	0.0226	-0.0063	-0.054	0.023	0.527	0.1901	0.0505	0.595	0.0115	0.201	-110.8948	63.2843	-25.3573
14	0.0007	0.0006	-0.0018	0.0019	-0.0017	0.0029	0.0054	-0.0113	0.0165	-0.0228	0.001	0.0002	0.0037	0.0051	-0	1.0657	0.1247	0.0989	0.8302	-0.081	0.8487	-104.1246	84.3568	-28.341
15	0.0042	-0.0095	-0.0029	0.0314	0.0065	0.0035	0.0029	0.0077	0.0129	-0.027	0.0513	-0.02	-0.0993	-0.081	0.0153	0.5723	0.3114	0.0587	0.605	-0.0092	0.2088	-112.9819	65.0104	-32.4719
16	0.0541	0.0054	-0.0275	0.017	0.0088	0.0217	-0.0211	-0.0732	-0.0442	-0.0705	0.0097	-0.0969	-0.0634	0.1443	0.0088	0.439	-0.1954	0.0742	0.8908	-0.0283	0.2653	-70.2624	52.773	-53.557
17	0.0217	0.0123	0.052	0.1283	0.0073	0.138	0.0896	0.0613	0.0027	-0.0999	0.0651	-0.0755	-0.3419	0.2209	0.3196	0.3658	-0.0308	0.0945	0.6055	-0.0093	0.0696	-84.0803	52.6306	-55.1284
18	0.1275	-0.0127	0.031	0.0846	-0.0285	0.0186	0.0751	0.019	0.0202	-0.0091	0.0881	0.0084	-0.2817	0.1579	0.1191	0.4425	-0.1371	0.0764	0.5397	-0.0165	0.1651	-80.3065	60.0035	-42.0808
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精密化 TLSグループ

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7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 77 through 90 )	B	77 - 90
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 91 through 182 )	B	91 - 182
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 183 through 262 )	B	183 - 262
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 5 through 37 )	C	5 - 37
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 38 through 61 )	C	38 - 61
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 62 through 182 )	C	62 - 182
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 183 through 206 )	C	183 - 206
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15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 223 through 262 )	C	223 - 262
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 5 through 51 )	D	5 - 51
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 52 through 182 )	D	52 - 182
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 183 through 262 )	D	183 - 262
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 5 through 76 )	E	5 - 76
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 77 through 90 )	E	77 - 90
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 91 through 262 )	E	91 - 262
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 5 through 76 )	F	5 - 76
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 77 through 90 )	F	77 - 90
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 91 through 182 )	F	91 - 182
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 183 through 262 )	F	183 - 262
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'G' and (resid 6 through 19 )	G	6 - 19
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'G' and (resid 20 through 37 )	G	20 - 37
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'G' and (resid 38 through 61 )	G	38 - 61
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'G' and (resid 62 through 76 )	G	62 - 76
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'G' and (resid 77 through 182 )	G	77 - 182
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'G' and (resid 183 through 195 )	G	183 - 195
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'G' and (resid 196 through 212 )	G	196 - 212
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'G' and (resid 213 through 242 )	G	213 - 242
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'G' and (resid 243 through 262 )	G	243 - 262
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'H' and (resid 6 through 76 )	H	6 - 76
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'H' and (resid 77 through 90 )	H	77 - 90
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'H' and (resid 91 through 182 )	H	91 - 182
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'H' and (resid 183 through 195 )	H	183 - 195
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'H' and (resid 196 through 212 )	H	196 - 212
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'H' and (resid 213 through 262 )	H	213 - 262
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'I' and (resid 6 through 37 )	I	6 - 37
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'I' and (resid 38 through 76 )	I	38 - 76
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'I' and (resid 77 through 91 )	I	77 - 91
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'I' and (resid 92 through 182 )	I	92 - 182
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'I' and (resid 183 through 206 )	I	183 - 206
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'I' and (resid 207 through 222 )	I	207 - 222
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'I' and (resid 223 through 262 )	I	223 - 262
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'J' and (resid 6 through 19 )	J	6 - 19
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'J' and (resid 20 through 37 )	J	20 - 37
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'J' and (resid 38 through 76 )	J	38 - 76
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'J' and (resid 77 through 90 )	J	77 - 90
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'J' and (resid 91 through 162 )	J	91 - 162
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'J' and (resid 163 through 186 )	J	163 - 186
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'J' and (resid 187 through 212 )	J	187 - 212
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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