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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qxk | |||||||||
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タイトル | As isolated MSOX movie series dataset 1 (0.4 MGy) of the copper nitrite reductase from Bradyrhizobium sp. ORS 375 (two-domain) | |||||||||
![]() | Copper-containing nitrite reductase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Nitrite reductase / Copper nitrite reductase / Copper-containing nitrite reductase / BrNiR / Br2DNiR / as isolated / MSOX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / periplasmic space / copper ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Rose, S.L. / Baba, S. / Okumura, H. / Antonyuk, S.V. / Sasaki, D. / Tosha, T. / Kumasaka, T. / Eady, R.R. / Yamamoto, M. / Hasnain, S.S. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Single crystal spectroscopy and multiple structures from one crystal (MSOX) define catalysis in copper nitrite reductases. 著者: Rose, S.L. / Baba, S. / Okumura, H. / Antonyuk, S.V. / Sasaki, D. / Hedison, T.M. / Shanmugam, M. / Heyes, D.J. / Scrutton, N.S. / Kumasaka, T. / Tosha, T. / Eady, R.R. / Yamamoto, M. / Hasnain, S.S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 102.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 75.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 870.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 870.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7qy4C ![]() 7qycC ![]() 7zcnC ![]() 7zcoC ![]() 7zcpC ![]() 7zcqC ![]() 7zcrC ![]() 7zcsC ![]() 6zasS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38288.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ORS 375 / 遺伝子: nirK, BRAO375_4030011 / プラスミド: PET-26B(+) / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 1.8 M (NH4)2SO2 and 50mM HEPES buffer pH 5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→47.99 Å / Num. obs: 88206 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 11.1 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.036 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 25.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 3776 / CC1/2: 0.824 / Rpim(I) all: 0.252 / Rrim(I) all: 0.418 / Χ2: 1.09 / % possible all: 84.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6ZAS 解像度: 1.35→47.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 0.59 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.041 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.276 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.35→47.99 Å
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拘束条件 |
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