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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qxe | ||||||
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タイトル | Recognition of Staphylococcus aureus wall teichoic acid analogue TB87 (compound 3) by Fab4497 | ||||||
要素 |
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キーワード | CARBOHYDRATE / Antibody / Fab fragment / teichoic acid analogue | ||||||
機能・相同性 | Chem-G7C / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.84 Å | ||||||
データ登録者 | Soriano-Maldonado, P. / van Raaij, M.J. | ||||||
資金援助 | スペイン, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2022 タイトル: Antibody Recognition of Different Staphylococcus aureus Wall Teichoic Acid Glycoforms. 著者: Di Carluccio, C. / Soriano-Maldonado, P. / Berni, F. / de Haas, C.J.C. / Temming, A.R. / Hendriks, A. / Ali, S. / Molinaro, A. / Silipo, A. / van Sorge, N.M. / van Raaij, M.J. / Codee, J.D.C. / Marchetti, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qxe.cif.gz | 203.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qxe.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7qxe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7qxe_validation.pdf.gz | 650.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7qxe_full_validation.pdf.gz | 658.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7qxe_validation.xml.gz | 20.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7qxe_validation.cif.gz | 32.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/7qxe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/7qxe | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7qxcC 7qxdC 5d6cS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
-抗体 , 2種, 4分子 HHHKKKLLLMMM
#1: 抗体 | 分子量: 24880.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: 抗体 | 分子量: 24496.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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-非ポリマー , 6種, 518分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 化合物 | ChemComp-SO4 / #7: 化合物 | ChemComp-GOL / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.7 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 10 mM MES-NaOH pH 6.2; 0.25 M sodium chloride; 20% (w/v) PEG 4000; 0.1 M Tris-HCl pH 8.5; 0.2 M lithium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97926 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.84→46.98 Å / Num. obs: 98208 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 34.1 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 11.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.84→1.9 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.787 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 9538 / CC1/2: 0.601 / Rpim(I) all: 1.135 / Rrim(I) all: 2.124 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB entry 5D6C 解像度: 1.84→46.004 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 3.866 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.114 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.866 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.84→46.004 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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