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- PDB-7qx3: Structure of the transaminase TR2E2 with EOS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qx3
タイトルStructure of the transaminase TR2E2 with EOS
要素Aminotransferase TR2
キーワードHYDROLASE / transaminase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-alanine-pyruvate transaminase / beta-alanine:pyruvate transaminase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
2-azanylethyl hydrogen sulfate / Aminotransferase TR2
類似検索 - 構成要素
生物種Acidihalobacter (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Roda, S. / Fernandez-Lopez, L. / Benedens, M. / Bollinger, A. / Thies, S. / Schumacher, J. / Coscolin, C. / Kazemi, M. / Santiago, G. / Gertzen, C.G. ...Roda, S. / Fernandez-Lopez, L. / Benedens, M. / Bollinger, A. / Thies, S. / Schumacher, J. / Coscolin, C. / Kazemi, M. / Santiago, G. / Gertzen, C.G. / Gonzalez-Alfonso, J. / Plou, F.J. / Jaeger, K.E. / Smits, S.H. / Ferrer, M. / Guallar, V.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)417919780 ドイツ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: A Plurizyme with Transaminase and Hydrolase Activity Catalyzes Cascade Reactions.
著者: Roda, S. / Fernandez-Lopez, L. / Benedens, M. / Bollinger, A. / Thies, S. / Schumacher, J. / Coscolin, C. / Kazemi, M. / Santiago, G. / Gertzen, C.G.W. / Gonzalez-Alfonso, J.L. / Plou, F.J. / ...著者: Roda, S. / Fernandez-Lopez, L. / Benedens, M. / Bollinger, A. / Thies, S. / Schumacher, J. / Coscolin, C. / Kazemi, M. / Santiago, G. / Gertzen, C.G.W. / Gonzalez-Alfonso, J.L. / Plou, F.J. / Jaeger, K.E. / Smits, S.H.J. / Ferrer, M. / Guallar, V.
履歴
登録2022年1月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Aminotransferase TR2
C: Aminotransferase TR2
A: Aminotransferase TR2
D: Aminotransferase TR2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,1998
ポリマ－206,6354
非ポリマー5654
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.610, 109.502, 211.455
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.993734770954, -0.0666509067163, 0.0897154481194), (-0.0661972169224, 0.997774276484, 0.00802631034981), (-0.0900507271992, 0.00203711069662, -0.995935096636)53.9010591199, 20.1898220549, 4.8416532732
2given(0.999596559128, 0.0203915551007, 0.0197712786762), (0.0259976815124, -0.937220130977, -0.347767949425), (0.0114385110875, 0.348141653026, -0.937372151225)-13.2356166714, -18.4663514136, 7.26148910248
3given(-0.997011350258, -0.016051164773, 0.0755693560016), (-0.0114977199612, -0.936455040695, -0.35059914317), (0.0763948289661, -0.350420200425, 0.933471752782)68.4734848065, -35.1397502327, -8.90172623928
4given(-0.0103127797322, -0.475758429753, -0.879515527488), (0.129359287417, 0.871536488488, -0.472959114504), (0.991544160052, -0.118651025078, 0.052555807621)33.5854361738, 12.4674922061, -10.3978232136
5given(-0.603610600379, -0.110552047569, -0.789577410954), (0.00640431256748, 0.98963554616, -0.143458950772), (0.797253553075, -0.0916500439413, -0.596646496306)62.8921775001, -15.4739484195, -34.6851033307
6given(-0.624415100238, -0.391087373894, 0.676133454709), (-0.74812151714, 0.0505981985609, -0.661629819381), (0.224543933756, -0.918961635915, -0.324175158718)51.489763648, 31.9421883501, -21.2207519276

-
要素

#1: タンパク質
Aminotransferase TR2


分子量: 51658.668 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acidihalobacter (紅色硫黄細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A3G5BC54, beta-alanine-pyruvate transaminase
#2: 化合物
ChemComp-GH0 / 2-azanylethyl hydrogen sulfate / 硫酸2-アミノエチル


分子量: 141.146 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H7NO4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.36 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 4% (w/v) PEG 6000, 100 mM citric acid pH 4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→48.94 Å / Num. obs: 27774 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 72.36 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 15.38
反射 シェル解像度: 3.6→3.729 Å / Num. unique obs: 2733 / CC1/2: 0.977

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7QX0

7qx0


解像度: 3.6→48.94 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2183 --
Rwork0.1606 --
obs-27774 99.85 %
原子変位パラメータBiso mean: 71.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→48.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13045 0 32 0 13077
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01713377
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.768718104
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06891924
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01282375
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.99095002
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.729 Å / Rfactor Rfree: 0.2962 / Rfactor Rwork: 0.1998

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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