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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qx0 | ||||||
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タイトル | Transaminase Structure of Plurienzyme (Tr2E2) in complex with PLP | ||||||
要素 | Aminotransferase TR2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / transaminase (アミノ基転移酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-alanine-pyruvate transaminase / beta-alanine-pyruvate transaminase activity / organonitrogen compound metabolic process / pyridoxal phosphate binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Acidihalobacter (紅色硫黄細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Roda, S. / Fernandez-Lopez, L. / Benedens, M. / Bollinger, A. / Thies, S. / Schumacher, J. / Coscolin, C. / Kazemi, M. / Santiago, G. / Gertzen, C.G. ...Roda, S. / Fernandez-Lopez, L. / Benedens, M. / Bollinger, A. / Thies, S. / Schumacher, J. / Coscolin, C. / Kazemi, M. / Santiago, G. / Gertzen, C.G. / Gonzalez-Alfonso, J. / Plou, F.J. / Jaeger, K.E. / Smits, S.H. / Ferrer, M. / Guallar, V. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Angew Chem Int Ed Engl / 年: 2022 タイトル: A Plurizyme with Transaminase and Hydrolase Activity Catalyzes Cascade Reactions. 著者: Roda, S. / Fernandez-Lopez, L. / Benedens, M. / Bollinger, A. / Thies, S. / Schumacher, J. / Coscolin, C. / Kazemi, M. / Santiago, G. / Gertzen, C.G.W. / Gonzalez-Alfonso, J.L. / Plou, F.J. / ...著者: Roda, S. / Fernandez-Lopez, L. / Benedens, M. / Bollinger, A. / Thies, S. / Schumacher, J. / Coscolin, C. / Kazemi, M. / Santiago, G. / Gertzen, C.G.W. / Gonzalez-Alfonso, J.L. / Plou, F.J. / Jaeger, K.E. / Smits, S.H.J. / Ferrer, M. / Guallar, V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qx0.cif.gz | 628.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qx0.ent.gz | 519.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qx0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/7qx0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/7qx0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7qx3C 7qyfC 7qygC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51658.668 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acidihalobacter (紅色硫黄細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A3G5BC54, beta-alanine-pyruvate transaminase #2: 化合物 | ChemComp-PLP / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.33 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Tf 4% (w/v) PEG 6000 100 mM citric acid pH 4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.5→48.62 Å / Num. obs: 29483 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 15.4 |
反射 シェル | 解像度: 3.5→3.625 Å / Num. unique obs: 2892 / CC1/2: 0.978 / % possible all: 99.93 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: own model 解像度: 3.5→48.62 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 99.61 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.5→48.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.5→3.625 Å
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