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万見
- PDB-7qwk: GCN2 (EIF2ALPHA KINASE 4, E2AK4) IN COMPLEX WITH COMPOUND 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qwk
タイトルGCN2 (EIF2ALPHA KINASE 4, E2AK4) IN COMPLEX WITH COMPOUND 2
要素eIF-2-alpha kinase GCN2
キーワードTRANSFERASE / GCN2 / EIF2 kinase / ISR / Integrated Stress Response
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of translational initiation in response to starvation / negative regulation of cytoplasmic translational initiation in response to stress / negative regulation of CREB transcription factor activity / regulation of translational initiation by eIF2 alpha phosphorylation / eiF2alpha phosphorylation in response to endoplasmic reticulum stress / GCN2-mediated signaling / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / negative regulation of translational initiation in response to stress / negative regulation by host of viral genome replication / regulation of feeding behavior ...positive regulation of translational initiation in response to starvation / negative regulation of cytoplasmic translational initiation in response to stress / negative regulation of CREB transcription factor activity / regulation of translational initiation by eIF2 alpha phosphorylation / eiF2alpha phosphorylation in response to endoplasmic reticulum stress / GCN2-mediated signaling / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / negative regulation of translational initiation in response to stress / negative regulation by host of viral genome replication / regulation of feeding behavior / T cell activation involved in immune response / positive regulation of adaptive immune response / regulation of translational initiation / cellular response to cold / neuron projection extension / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / negative regulation of neuron differentiation / long-term memory / cytosolic ribosome / negative regulation of translational initiation / positive regulation of defense response to virus by host / cellular response to amino acid starvation / learning / DNA damage checkpoint signaling / positive regulation of long-term synaptic potentiation / cellular response to UV / defense response to virus / adaptive immune response / viral translation / protein autophosphorylation / tRNA binding / non-specific serine/threonine protein kinase / cell cycle / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
eIF-2-alpha kinase Gcn2 / Histidyl tRNA synthetase-related domain / Anticodon binding domain of tRNAs / RWD domain / RWD domain / RWD domain profile. / RWD / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase / Anticodon-binding domain superfamily ...eIF-2-alpha kinase Gcn2 / Histidyl tRNA synthetase-related domain / Anticodon binding domain of tRNAs / RWD domain / RWD domain / RWD domain profile. / RWD / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase / Anticodon-binding domain superfamily / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G41 / eIF-2-alpha kinase GCN2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Maia de Oliveira, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2020
タイトル: The structure of human GCN2 reveals a parallel, back-to-back kinase dimer with a plastic DFG activation loop motif.
著者: Maia de Oliveira, T. / Korboukh, V. / Caswell, S. / Winter Holt, J.J. / Lamb, M. / Hird, A.W. / Overman, R.
履歴
登録2022年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年7月12日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / diffrn_source ...atom_site / diffrn_source / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.label_seq_id / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._atom_site.label_seq_id / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
改定 2.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: eIF-2-alpha kinase GCN2
B: eIF-2-alpha kinase GCN2
C: eIF-2-alpha kinase GCN2
D: eIF-2-alpha kinase GCN2
E: eIF-2-alpha kinase GCN2
F: eIF-2-alpha kinase GCN2
G: eIF-2-alpha kinase GCN2
H: eIF-2-alpha kinase GCN2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)296,90118
ポリマ－293,1248
非ポリマー3,77710
水1,51384
1
A: eIF-2-alpha kinase GCN2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0932
ポリマ－36,6411
非ポリマー4531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: eIF-2-alpha kinase GCN2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0932
ポリマ－36,6411
非ポリマー4531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: eIF-2-alpha kinase GCN2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0932
ポリマ－36,6411
非ポリマー4531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: eIF-2-alpha kinase GCN2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0932
ポリマ－36,6411
非ポリマー4531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: eIF-2-alpha kinase GCN2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0932
ポリマ－36,6411
非ポリマー4531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: eIF-2-alpha kinase GCN2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0932
ポリマ－36,6411
非ポリマー4531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: eIF-2-alpha kinase GCN2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0932
ポリマ－36,6411
非ポリマー4531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: eIF-2-alpha kinase GCN2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2494
ポリマ－36,6411
非ポリマー6093
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.799, 77.795, 101.690
Angle α, β, γ (deg.)89.860, 90.050, 68.580
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
eIF-2-alpha kinase GCN2 / Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 4 / GCN2-like protein


分子量: 36640.512 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2AK4, GCN2, KIAA1338 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9P2K8, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-G41 / (2~{S})-~{N}-[(1~{S})-1-[4-[(6-pyridin-4-ylquinazolin-2-yl)amino]phenyl]ethyl]piperidine-2-carboxamide


分子量: 452.551 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H28N6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100mM Bis Tris, 20 to 30 percent PEG3350, 200mM ammonium sulfate
PH範囲: 5.5-6.5 / Temp details: 2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→42.67 Å / Num. obs: 90485 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 44.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 3.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.773 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 3929 / % possible all: 85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZYD

1zyd


解像度: 2.3→42 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 --RANDOM
Rwork0.214 ---
obs-90484 96 %-
原子変位パラメータBiso max: 147.42 Å2 / Biso mean: 50.4159 Å2 / Biso min: 18.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15636 0 280 84 16000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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