PDB-7qwe: CC-Type2-(Ug)4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qwe

タイトル

CC-Type2-(Ug)4

要素

CC-Type2-(Ug)4

キーワード

DE NOVO PROTEIN / aib / coiled coil / pentamer / 2-Aminoisobutyric acid

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.34 Å

データ登録者

Martin, F.J.O. / Zieleniewski, F. / Dawson, W.M. / Woolfson, D.N.

資金援助

英国, 3件

組織	認可番号	国
European Research Council (ERC)	340764	英国
Engineering and Physical Sciences Research Council	EP/G036764	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB R00661X 1	英国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CC-Type2-(Ug)4
著者: Martin, F.J.O. / Zieleniewski, F. / Dawson, W.M. / Woolfson, D.N.

履歴

登録	2022年1月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qwe.cif.gz	128.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qwe.ent.gz	106.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qwe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qwe_validation.pdf.gz	497.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qwe_full_validation.pdf.gz	498.5 KB	表示
XML形式データ	7qwe_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	7qwe_validation.cif.gz	18 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/7qwe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/7qwe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qwdC 4pna C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CC-Type2-(Ug)4

B: CC-Type2-(Ug)4

C: CC-Type2-(Ug)4

D: CC-Type2-(Ug)4

E: CC-Type2-(Ug)4

F: CC-Type2-(Ug)4

G: CC-Type2-(Ug)4

H: CC-Type2-(Ug)4

I: CC-Type2-(Ug)4

J: CC-Type2-(Ug)4

33.3 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CC-Type2-(Ug)4

B: CC-Type2-(Ug)4

D: CC-Type2-(Ug)4

F: CC-Type2-(Ug)4

J: CC-Type2-(Ug)4

登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
16.7 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: CC-Type2-(Ug)4

H: CC-Type2-(Ug)4

G: CC-Type2-(Ug)4

I: CC-Type2-(Ug)4

C: CC-Type2-(Ug)4

登録者が定義した集合体
16.7 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.871, 58.490, 110.765
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

#1: タンパク質・ペプチド	CC-Type2-(Ug)4 分子量: 3330.839 Da / 分子数: 10 / 変異: W19BrPhe / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.5 mM peptide, 50 mM Sodium HEPES, 10 % w/v PEG 4000, and 5 % v/v 2-Propanol, at pH 7.5.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.919 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.34→42.42 Å / Num. obs: 67638 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 50.1 % / B_iso Wilson estimate: 13.7 Å² / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.2081 / R_pim(I) all: 0.02952 / R_rim(I) all: 0.2102 / Net I/σ(I): 8.23
反射シェル	解像度: 1.341→1.389 Å / 冗長度: 49.9 % / Num. unique obs: 6657 / CC_1/2: 0.211 / CC star: 0.59 / R_pim(I) all: 2.984 / R_rim(I) all: 21.31 / % possible all: 99.48

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.34→42.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / WR_factor R_free: 0.2269 / WR_factor R_work: 0.1943 / FOM work R set: 0.6504 / SU B: 4.656 / SU ML: 0.073 / SU R Cruickshank DPI: 0.0659 / SU R_free: 0.0621 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.237	3457	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2054	-	-	-
obs	0.207	64179	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 63 Å² / B_iso mean: 26.296 Å² / B_iso min: 14.26 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.31 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.34→42.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2251	0	0	118	2369
B_iso mean	-	-	-	35.02	-
残基数	-	-	-	-	300

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	2251
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	2545
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.347	1.634	3060
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.236	1.586	5803
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.779	5	284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.931	28.81	63
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.13	15	476
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	280
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2377
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	367
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.09	3	4796

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

LS精密化シェル

解像度: 1.341→1.375 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.398	243	-
R_work	0.398	4688	-
all	-	4931	-
obs	-	-	99.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.5388	-2.0272	-2.6709	1.5908	1.1267	3.5118	-0.03	0.6174	0.0602	-0.1789	-0.0683	-0.0288	-0.0119	-0.2602	0.0983	0.216	-0.0182	0.0111	0.0508	-0.0173	0.0554	6.9597	4.0297	93.6459
2	14.6082	-2.7255	-5.1157	1.2728	1.0909	3.489	0.0724	0.5598	0.5719	-0.0446	-0.0005	-0.0266	-0.1876	-0.0647	-0.0719	0.1908	0.0007	-0.0047	0.0568	0.0215	0.0686	8.0465	9.7131	99.3129
3	12.6798	2.7868	0.7666	2.5185	0.3838	2.4375	0.0446	-0.426	-0.2493	0.0945	-0.0229	-0.1159	0.2248	0.1168	-0.0217	0.2173	0.0093	0.0242	0.0589	-0.0054	0.0734	26.1923	2.6776	80.1488
4	13.2089	-0.765	0.2008	1.7987	0.19	2.0769	0.0096	0.1633	-0.433	-0.0434	-0.0387	-0.0115	0.1988	0.0429	0.0291	0.2191	-0.0052	0.0324	0.005	-0.0134	0.0847	10.8114	-2.3389	102.0398
5	9.7278	-1.7705	-0.8663	3.3377	0.2003	2.8771	0.0138	0.2283	0.6459	0.1845	-0.0441	-0.0301	-0.2262	-0.1376	0.0303	0.2423	0.0171	-0.0115	0.0339	-0.016	0.145	24.8187	-15.2104	94.1766
6	11.2722	2.2528	-1.5711	1.2664	-0.3592	2.1854	0.0674	-0.5349	-0.0073	0.118	-0.1043	0.0791	0.1096	0.1342	0.0369	0.2148	0.0155	0.0095	0.0283	0.0031	0.0762	13.1553	1.3665	110.5288
7	12.6983	0.7733	1.588	2.0979	-0.2116	2.9778	0.033	-0.3517	0.0339	0.2507	-0.009	0.0299	0.0467	-0.0943	-0.024	0.2459	0.0269	0.033	0.0713	-0.0032	0.0589	-23.9077	-23.6078	97.9473
8	14.2603	-2.9045	-2.3377	2.6237	0.505	2.6011	0.061	0.2113	0.5087	-0.0819	0.0145	0.1008	-0.1581	-0.1398	-0.0755	0.2006	-0.0005	-0.0095	0.082	0.0248	0.1089	20.6096	-18.549	87.0215
9	12.7555	-1.5913	4.188	1.8018	-0.4186	2.8934	0.1005	0.1305	-0.7535	-0.0128	0.0315	0.2015	0.3156	-0.0647	-0.132	0.2522	-0.0276	0.0287	0.1142	0.039	0.1446	64.4751	-32.1638	91.7804
10	12.5244	0.8135	-1.2566	1.0578	-0.3255	2.0972	0.0763	-0.3005	0.206	0.1087	-0.0989	0.0359	-0.1424	0.026	0.0226	0.1814	-0.0004	-0.0033	0.0165	-0.019	0.0611	-36.7492	8.3844	107.3728

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 30
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 30
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 30
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 30
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	0 - 30
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	0 - 29
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	2 - 30
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	1 - 30
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	2 - 30

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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