PDB-7qwa: CC-Type2-(UgUe)4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qwa

タイトル

CC-Type2-(UgUe)4

要素

CC-Type2-(UgUe)4

キーワード

DE NOVO PROTEIN / aib / coiled coil / hexamer / 2-Aminoisobutyric acid

機能・相同性

AMMONIUM ION

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Martin, F.J.O. / Zieleniewski, F. / Dawson, W.M. / Woolfson, D.N.

資金援助

英国, 3件

組織	認可番号	国
European Research Council (ERC)	340764	英国
Engineering and Physical Sciences Research Council	EP/G036764	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB R00661X 1	英国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CC-Type2-(UgUe)4
著者: Martin, F.J.O. / Zieleniewski, F. / Dawson, W.M. / Woolfson, D.N.

履歴

登録	2022年1月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qwa.cif.gz	82.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qwa.ent.gz	67.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qwa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/7qwa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/7qwa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pna
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CC-Type2-(UgUe)4

B: CC-Type2-(UgUe)4

C: CC-Type2-(UgUe)4

D: CC-Type2-(UgUe)4

E: CC-Type2-(UgUe)4

F: CC-Type2-(UgUe)4

ヘテロ分子

20.4 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.965, 36.213, 45.491
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.740, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-110- HOH
2	1	A-115- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質・ペプチド	CC-Type2-(UgUe)4 分子量: 3386.947 Da / 分子数: 6 / 変異: W19BrPhe / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄N
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1.5 mM pepide, 1.5 M Sodium chloride, 50 mM BIS-Tris at pH 5.5.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.861 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.861 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→61.55 Å / Num. obs: 30032 / % possible obs: 99.74 % / 冗長度: 12.3 % / B_iso Wilson estimate: 14.96 Å² / CC_1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.2066 / R_pim(I) all: 6156 / R_rim(I) all: 0.2158 / Net I/σ(I): 5.73
反射シェル	解像度: 1.54→1.595 Å / 冗長度: 12.3 % / R_merge(I) obs: 1.243 / Mean I/σ(I) obs: 0.39 / Num. unique obs: 2966 / CC_1/2: 0.591 / R_pim(I) all: 0.3692 / R_rim(I) all: 1.298 / % possible all: 99.66

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.54→61.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / SU B: 4.561 / SU ML: 0.078 / SU R Cruickshank DPI: 0.0913 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2659	1532	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2265	-	-	-
obs	0.2285	28434	99.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 129.68 Å² / B_iso mean: 23.317 Å² / B_iso min: 5.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.17 Å²	-0 Å²	-0.15 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.54→61.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1383	0	6	97	1486
B_iso mean	-	-	40.77	32.02	-
残基数	-	-	-	-	182

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	1387
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1570
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.428	1.652	1925
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.001	1.58	3543
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.299	5	173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.933	28.077	39
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.022	15	280
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	224

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

LS精密化シェル

解像度: 1.54→1.58 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.299	129	-
R_work	0.285	2099	-
all	-	2228	-
obs	-	-	99.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	12.1999	3.0094	1.1879	2.5237	0.5854	1.6036	-0.0201	-0.4478	0.1703	0.1514	-0.0106	0.01	-0.0133	0.0473	0.0307	0.0188	0.0116	0.0004	0.0298	-0.0031	0.0071	40.7011	21.9799	-1.692
2	15.8213	0.5064	6.7835	1.737	0.6045	4.5697	0.1289	-0.0671	-0.3485	-0.015	-0.0694	-0.132	0.2523	0.0811	-0.0596	0.0445	0.0091	0.0212	0.0157	0.0124	0.0283	42.4588	14.7276	-11.5488
3	15.2926	1.2377	-0.6205	1.521	0.1993	1.5402	-0.0447	-0.0709	0.109	0.0055	-0.0156	-0.1016	-0.196	0.132	0.0604	0.0539	-0.0037	-0.0079	0.0281	0.0098	0.0149	41.154	27.2432	-8.0337
4	11.6779	-0.4061	2.6359	2.1142	-0.3309	3.3563	0.02	0.4337	-0.0568	-0.0903	-0.0925	-0.1297	0.0502	0.3513	0.0725	0.0347	-0.0034	0.0092	0.0446	0.0081	0.0106	42.299	21.1855	-17.2306
5	6.5213	1.5935	0.8217	3.2065	-0.9179	2.2252	-0.0293	-0.2729	0.0965	0.0976	-0.1812	-0.0711	0.2225	0.0936	0.2105	0.0468	0.0105	0.0218	0.028	0.0103	0.0209	41.869	13.677	-1.6097
6	6.117	-1.4874	0.5828	2.885	-0.5499	2.9943	0.1762	0.24	-0.2428	-0.0144	-0.1639	-0.2128	-0.0645	0.3445	-0.0123	0.0709	-0.0396	-0.0431	0.0842	0.0253	0.0659	45.511	29.6037	-17.9394

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 101
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 30
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	0 - 30
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 30
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	0 - 29

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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