PDB-7qw3: R396W mutant of the vanadium-dependent bromoperoxidase from Coral...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qw3

タイトル

R396W mutant of the vanadium-dependent bromoperoxidase from Corallina pilulifera in complex with Br ion.

要素

Vanadium-dependent bromoperoxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Vanadium protein / halogen binding / haloperoxidase.

機能・相同性

bromide peroxidase / bromide peroxidase activity / Bromoperoxidase/chloroperoxidase C-terminal / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase superfamily / metal ion binding / BROMIDE ION / PHOSPHATE ION / Vanadium-dependent bromoperoxidase

機能・相同性情報

生物種

Corallina pilulifera (ピリヒバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Isupov, M.N. / Mitchell, D. / Littelchild, J.A. / Garcia-Rodriguez, E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: R396W mutant of the vanadium-dependent bromoperoxidase from Corallina pilulifera
著者: Isupov, M.N. / Mitchell, D. / Littelchild, J.A. / Garcia-Rodriguez, E.

履歴

登録	2022年1月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qw3.cif.gz	603.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qw3.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qw3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qw3_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qw3_full_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示
XML形式データ	7qw3_validation.xml.gz	126.1 KB	表示
CIF形式データ	7qw3_validation.cif.gz	194.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/7qw3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/7qw3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qvwC 7qwiC 7qyyC 1up8S 1qhb S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Vanadium-dependent bromoperoxidase

BBB: Vanadium-dependent bromoperoxidase

CCC: Vanadium-dependent bromoperoxidase

DDD: Vanadium-dependent bromoperoxidase

ヘテロ分子

268 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Vanadium-dependent bromoperoxidase

BBB: Vanadium-dependent bromoperoxidase

CCC: Vanadium-dependent bromoperoxidase

DDD: Vanadium-dependent bromoperoxidase

ヘテロ分子

AAA: Vanadium-dependent bromoperoxidase

BBB: Vanadium-dependent bromoperoxidase

CCC: Vanadium-dependent bromoperoxidase

DDD: Vanadium-dependent bromoperoxidase

ヘテロ分子

AAA: Vanadium-dependent bromoperoxidase

BBB: Vanadium-dependent bromoperoxidase

CCC: Vanadium-dependent bromoperoxidase

DDD: Vanadium-dependent bromoperoxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
804 kDa, 12 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	182.484, 182.484, 177.592
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	BBB-1547- HOH
2	1	CCC-707- HOH
3	1	CCC-1395- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB
3	2	AAA
4	2	CCC
5	3	AAA
6	3	DDD
7	4	BBB
8	4	CCC
9	5	BBB
10	5	DDD
11	6	CCC
12	6	DDD

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth seq-ID: 2 - 598 / Label seq-ID: 2 - 598

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	1	AAA	A
2	2	1	BBB	B
3	3	2	AAA	A
4	4	2	CCC	C
5	5	3	AAA	A
6	6	3	DDD	D
7	7	4	BBB	B
8	8	4	CCC	C
9	9	5	BBB	B
10	10	5	DDD	D
11	11	6	CCC	C
12	12	6	DDD	D

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質	Vanadium-dependent bromoperoxidase / V-BPO / Vanadium haloperoxidase 分子量: 65530.762 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Corallina pilulifera (ピリヒバ) / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: O81959, bromide peroxidase

-
非ポリマー , 6種, 3770分子

#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3697 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M Tris-HBr, pH 7.4, 1.3M ammonium dihydrogen phosphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→29.996 Å / Num. obs: 309584 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2.5 % / CC_1/2: 0.993 / R_sym value: 0.048 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 1.78→1.81 Å / Num. unique obs: 14892 / CC_1/2: 0.69 / R_sym value: 0.397

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
O		モデル構築
Coot		モデル構築
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1up8

1up8

解像度: 1.78→29.996 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 1.96 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.089 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1713	15613	5.046 %
R_work	0.1428	293781	-
all	0.144	-	-
obs	-	309394	96.871 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.869 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.262 Å²	0.131 Å²	0 Å²
2-	-	0.262 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→29.996 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18440	0	304	3697	22441

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	20409
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.54	1.637	27984
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.9	5	2772
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.661	23.812	1086
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.749	15	3356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.913	15	108
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	2709
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	15952
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	11238
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.321	0.2	14052
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	2961
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.098	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.225	0.2	287
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.983	4.292	10038
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.545	7.183	12631
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.938	4.907	10371
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.723	7.916	15157
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.606	33.619	96373
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.059	0.05	21123
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.063	0.05	21053
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.057	0.05	21150
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.061	0.05	20898
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.057	0.05	21010
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.062	0.05	21053

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05928	0.05009
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05928	0.05009
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06259	0.05009
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06259	0.05009
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05738	0.05009
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05738	0.05009
4	7	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06062	0.05009
4	8	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06062	0.05009
5	9	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05711	0.05009
5	10	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05711	0.05009
6	11	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06196	0.05009
6	12	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06196	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.78-1.826	0.294	1120	0.265	21555	X-RAY DIFFRACTION	96.3336
1.826-1.876	0.24	1133	0.213	21114	X-RAY DIFFRACTION	96.8862
1.876-1.931	0.227	1101	0.19	20718	X-RAY DIFFRACTION	97.3758
1.931-1.99	0.208	1065	0.176	20197	X-RAY DIFFRACTION	97.9004
1.99-2.055	0.194	1080	0.167	19608	X-RAY DIFFRACTION	98.243
2.055-2.127	0.186	1005	0.161	19041	X-RAY DIFFRACTION	98.5982
2.127-2.208	0.176	996	0.153	18390	X-RAY DIFFRACTION	98.7771
2.208-2.298	0.183	923	0.149	17854	X-RAY DIFFRACTION	98.9878
2.298-2.4	0.186	888	0.149	17090	X-RAY DIFFRACTION	98.9978
2.4-2.517	0.177	872	0.144	16306	X-RAY DIFFRACTION	99.1515
2.517-2.653	0.168	813	0.138	15499	X-RAY DIFFRACTION	98.7589
2.653-2.814	0.174	803	0.135	14523	X-RAY DIFFRACTION	98.3445
2.814-3.008	0.168	744	0.133	13571	X-RAY DIFFRACTION	97.5269
3.008-3.249	0.155	697	0.128	12531	X-RAY DIFFRACTION	96.7171
3.249-3.559	0.141	596	0.116	11431	X-RAY DIFFRACTION	95.5965
3.559-3.979	0.129	547	0.105	10181	X-RAY DIFFRACTION	94.064
3.979-4.594	0.117	450	0.093	8767	X-RAY DIFFRACTION	91.8028
4.594-5.626	0.137	364	0.111	7253	X-RAY DIFFRACTION	89.4434
5.626-7.951	0.154	269	0.142	5433	X-RAY DIFFRACTION	86.042
7.951-29.996	0.147	147	0.148	2719	X-RAY DIFFRACTION	78.0926

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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