PDB-7qvw: R396W mutant of the vanadium-dependent bromoperoxidase from Coral...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qvw

タイトル

R396W mutant of the vanadium-dependent bromoperoxidase from Corallina pilulifera

要素

Vanadium-dependent bromoperoxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Vanadium protein / halogen binding / haloperoxidase.

機能・相同性

bromide peroxidase / bromide peroxidase activity / Bromoperoxidase/chloroperoxidase C-terminal / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase superfamily / metal ion binding / TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / PHOSPHATE ION / Vanadium-dependent bromoperoxidase

機能・相同性情報

生物種

Corallina pilulifera (ピリヒバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.922 Å

データ登録者

Isupov, M.N. / Mitchell, D. / Littelchild, J.A. / Garcia-Rodriguez, E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: R396W mutant of the vanadium-dependent bromoperoxidase from Corallina pilulifera
著者: Isupov, M.N. / Mitchell, D. / Littelchild, J.A. / Garcia-Rodriguez, E.

履歴

登録	2022年1月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qvw.cif.gz	587.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qvw.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qvw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qvw_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qvw_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	7qvw_validation.xml.gz	124.6 KB	表示
CIF形式データ	7qvw_validation.cif.gz	188.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/7qvw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/7qvw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qw3C 7qwiC 7qyyC 1up8S 1qhb S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Vanadium-dependent bromoperoxidase

BBB: Vanadium-dependent bromoperoxidase

CCC: Vanadium-dependent bromoperoxidase

DDD: Vanadium-dependent bromoperoxidase

ヘテロ分子

269 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Vanadium-dependent bromoperoxidase

BBB: Vanadium-dependent bromoperoxidase

CCC: Vanadium-dependent bromoperoxidase

DDD: Vanadium-dependent bromoperoxidase

ヘテロ分子

AAA: Vanadium-dependent bromoperoxidase

BBB: Vanadium-dependent bromoperoxidase

CCC: Vanadium-dependent bromoperoxidase

DDD: Vanadium-dependent bromoperoxidase

ヘテロ分子

AAA: Vanadium-dependent bromoperoxidase

BBB: Vanadium-dependent bromoperoxidase

CCC: Vanadium-dependent bromoperoxidase

DDD: Vanadium-dependent bromoperoxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
808 kDa, 12 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	182.148, 182.148, 177.186
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	BBB-1435- HOH
2	1	BBB-1456- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB
3	2	AAA
4	2	CCC
5	3	AAA
6	3	DDD
7	4	BBB
8	4	CCC
9	5	BBB
10	5	DDD
11	6	CCC
12	6	DDD

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth seq-ID: 2 - 598 / Label seq-ID: 2 - 598

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	1	AAA	A
2	1	1	BBB	B
3	2	2	AAA	A
4	2	2	CCC	C
5	3	3	AAA	A
6	3	3	DDD	D
7	4	4	BBB	B
8	4	4	CCC	C
9	5	5	BBB	B
10	5	5	DDD	D
11	6	6	CCC	C
12	6	6	DDD	D

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質	Vanadium-dependent bromoperoxidase / V-BPO / Vanadium haloperoxidase 分子量: 65530.762 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Corallina pilulifera (ピリヒバ) / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: O81959, bromide peroxidase

-
非ポリマー , 6種, 3234分子

#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-144 / TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / メチルトリス(ヒドロキシメチル)アミニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Tris-HCl and 2 M ammonium dihydrogen phosphate at pH 5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.9076 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9076 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→49.603 Å / Num. obs: 246831 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.6 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 1.92→1.95 Å / 冗長度: 3 % / Num. unique obs: 10100 / CC_1/2: 0.38 / % possible all: 80.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DENZO		データ削減
XDS		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1UP8

1up8

解像度: 1.922→49.603 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 3.136 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.111 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1855	2460	1.004 %
R_work	0.1531	242490	-
all	0.1531	-	-
obs	-	244950	96.98 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.913 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.549 Å²	0.275 Å²	0 Å²
2-	-	0.549 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.781 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.922→49.603 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18440	0	444	3147	22031

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	20387
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.556	1.635	27830
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.134	5	2720
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.54	23.682	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.916	15	3317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.917	15	108
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	2671
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	15756
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	11496
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.322	0.2	13996
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	2722
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.271	0.2	345
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	125
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.904	7.446	9983
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.292	12.444	12549
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.019	8.082	10404
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.248	13.15	15123
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.253	43.454	34552
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.058	0.05	20956
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.06	0.05	20970
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.057	0.05	21034
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.06	0.05	20970
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.054	0.05	21129
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.061	0.05	21135

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0585	0.05009
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0585	0.05009
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06005	0.05009
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06005	0.05009
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05703	0.05009
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05703	0.05009
4	7	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06032	0.05009
4	8	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06032	0.05009
5	9	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05422	0.05009
5	10	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05422	0.05009
6	11	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06105	0.05009
6	12	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06105	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.922-1.972	0.398	148	0.364	14712	X-RAY DIFFRACTION	79.781
1.972-2.026	0.298	164	0.246	17948	X-RAY DIFFRACTION	99.7412
2.026-2.084	0.221	197	0.204	17454	X-RAY DIFFRACTION	99.9321
2.084-2.148	0.263	153	0.196	16983	X-RAY DIFFRACTION	99.8543
2.148-2.219	0.241	161	0.197	16456	X-RAY DIFFRACTION	99.7239
2.219-2.297	0.208	177	0.179	15827	X-RAY DIFFRACTION	99.7258
2.297-2.383	0.231	175	0.178	15329	X-RAY DIFFRACTION	99.6849
2.383-2.481	0.217	155	0.164	14764	X-RAY DIFFRACTION	99.7593
2.481-2.591	0.18	142	0.157	14179	X-RAY DIFFRACTION	99.7562
2.591-2.717	0.174	127	0.142	13529	X-RAY DIFFRACTION	99.6207
2.717-2.864	0.185	133	0.141	12838	X-RAY DIFFRACTION	99.5166
2.864-3.038	0.172	134	0.153	12133	X-RAY DIFFRACTION	99.1113
3.038-3.248	0.191	118	0.15	11231	X-RAY DIFFRACTION	97.8953
3.248-3.508	0.152	93	0.13	10213	X-RAY DIFFRACTION	95.5675
3.508-3.842	0.154	83	0.123	9268	X-RAY DIFFRACTION	93.8667
3.842-4.296	0.132	96	0.103	8246	X-RAY DIFFRACTION	92.658
4.296-4.96	0.141	68	0.098	7370	X-RAY DIFFRACTION	93.5715
4.96-6.073	0.148	58	0.135	6582	X-RAY DIFFRACTION	98.3267
6.073-8.582	0.138	48	0.142	4855	X-RAY DIFFRACTION	93.9812
8.582-49.6	0.181	30	0.174	2573	X-RAY DIFFRACTION	88.9915

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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