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万見
- PDB-7qvs: Pseudomonas aeruginosa nicotinamide adenine dinucleotide kinase (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qvs
タイトルPseudomonas aeruginosa nicotinamide adenine dinucleotide kinase (NADK) structure in complex with NADP
要素NAD kinase
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / kinases / antibiotics / inhibitors / drug discovery
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ kinase / NAD+ kinase activity / NADP+ biosynthetic process / NAD+ metabolic process / NAD binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP-NAD kinase C-terminal domain / NAD kinase / ATP-NAD kinase, PpnK-type, C-terminal / ATP-NAD kinase N-terminal domain / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / PHOSPHATE ION / NAD kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Rahimova, R. / Gelin, M. / Labesse, G. / Lionne, C.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-CE18-0011-02 フランス
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Structure-based design, synthesis and biological evaluation of a NAD + analogue targeting Pseudomonas aeruginosa NAD kinase.
著者: Rahimova, R. / Nogaret, P. / Huteau, V. / Gelin, M. / Clement, D.A. / Labesse, G. / Pochet, S. / Blanc-Potard, A.B. / Lionne, C.
履歴
登録2022年1月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD kinase
B: NAD kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1826
ポリマ－66,5052
非ポリマー1,6774
水3,981221
1
A: NAD kinase
B: NAD kinase
ヘテロ分子

A: NAD kinase
B: NAD kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,36312
ポリマ－133,0104
非ポリマー3,3548
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/41
Buried area17030 Å2
ΔGint-207 kcal/mol
Surface area40290 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)88.770, 88.770, 174.247
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Space group name HallP4w2c

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要素

#1: タンパク質 NAD kinase / ATP-dependent NAD kinase


分子量: 33252.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: ppnK, nadK, CAZ10_03565, CSB93_3290, DY940_12450, E4V10_28275, IPC116_13595, IPC1295_03320, IPC1316_10105, IPC1323_13200, IPC1339_13410, IPC1598_02670, IPC29_18225, IPC614_04535, IPC737_ ...遺伝子: ppnK, nadK, CAZ10_03565, CSB93_3290, DY940_12450, E4V10_28275, IPC116_13595, IPC1295_03320, IPC1316_10105, IPC1323_13200, IPC1339_13410, IPC1598_02670, IPC29_18225, IPC614_04535, IPC737_03790, IPC90_26155, NCTC12924_04243, PAMH19_1983, RW109_RW109_02738
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A071KS55, NAD+ kinase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.34 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 mM Tris pH 8.5, 0.8 mM AmSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00 A
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→79.097 Å / Num. obs: 31752 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 31.47 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 39.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 0.656 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique obs: 1551 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.131 / Rrim(I) all: 0.669 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
PHENIX1.19.1_4122精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AN1

2an1


解像度: 2.3→29.59 Å / SU ML: 0.2771 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.6035
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2358 1570 4.95 %RANDOM
Rwork0.197 30136 --
obs0.1989 31706 99.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4247 0 106 221 4574
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01284531
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.51656185
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.2127719
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0127779
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.37471621
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.370.28641460.22542649X-RAY DIFFRACTION98.97
2.37-2.460.27651560.21012680X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.560.25651370.20872685X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.670.26341410.21982718X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.810.25611550.21582662X-RAY DIFFRACTION100
2.81-2.990.25871430.20912732X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.220.21611380.20182730X-RAY DIFFRACTION99.97
3.22-3.550.22291620.18422719X-RAY DIFFRACTION100
3.55-4.060.23851290.17272759X-RAY DIFFRACTION99.21
4.06-5.110.18391180.16912820X-RAY DIFFRACTION100
5.11-29.590.2421450.22122982X-RAY DIFFRACTION99.94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2457461842380.5646557578390.7323523117942.007468389231.281701305062.42649109751-0.2714904707750.316468974914-0.256376763937-0.525185436844-0.00622053177130.3271252877340.41137703465-0.8047021250970.4561060746930.82576659138-0.3708322438140.03708839017270.772411677489-0.2863726204430.582960335555-20.5174702523-14.1126854137-7.58159186344
21.230107543170.6734888781980.02601314986032.152816860651.727819123042.5445968668-0.3450302457390.421760477285-0.310906440578-0.5452402289480.03119338055550.07163583979670.313200521757-0.3643710874170.2032199138320.509775223545-0.1012885233330.08306534195720.328766253247-0.09656107624550.35177971429-13.0278693352-6.984048847150.451344797331
32.25572342480.228506753644-0.7328483919381.794569415010.03190195662012.92425963296-0.107070861927-0.0597524687661-0.246208096038-0.09249250890730.03847412641470.0596873026970.231219700093-0.2481025422090.05274370432760.17916844194-0.00208011463084-0.003135824758490.1708635615590.02056915847960.210553218139-18.25597027240.17311652937222.1410649532
44.360049570660.503252288834-2.417350490092.210712073231.025808113182.131202708610.077721974613-0.881948629643-0.1400911102390.4936664491140.1705375973570.221628800917-0.0591249345691-0.561840370717-0.1856367655010.5303276875950.0748780100590.1095484209051.283525340250.2322516607040.532165381556-47.630714090717.129664458851.149306481
53.0518131537-0.0110036629053-1.965419363971.23013033883-0.1770595835452.4699837494-0.0607187290284-0.799338373912-0.03816295937740.4760859615850.1184364149910.342118315332-0.0924799705321-0.743733239594-0.05288896468940.4409339047970.1255437233750.09248121224340.9628593877110.05383007975390.462020701684-46.55089172421.541010015143.6745448261
61.698720542730.4091159153260.6745079369851.52994020680.3484906604482.517255685170.0314644651772-0.03589176107160.0562533177742-0.07968732681770.02082057233310.187068782823-0.0619727146555-0.395205032281-0.02109132189430.15767138990.02661761538244.55112970501E-50.2854578656760.0506171854560.228796497957-36.698627654219.058951216120.6110864236
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 55 )AA3 - 551 - 53
22chain 'A' and (resid 56 through 127 )AA56 - 12754 - 125
33chain 'A' and (resid 128 through 291 )AA128 - 291126 - 289
44chain 'B' and (resid 3 through 32 )BB3 - 321 - 30
55chain 'B' and (resid 33 through 125 )BB33 - 12531 - 115
66chain 'B' and (resid 126 through 293 )BB126 - 293116 - 283

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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