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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qvq | ||||||||||||
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タイトル | Human telomeric DNA G-quadruplex of a gold(III) complex containing the 2,4,6-tris (2-pyrimidyl)-1,3,5-triazine ligand | ||||||||||||
![]() | human telomeric DNA | ||||||||||||
![]() | DNA / DRUG-DNA COMPLEX / telomeric G-quadruplex | ||||||||||||
機能・相同性 | Chem-I6K / : / DNA / DNA (> 10)![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Bazzicalupi, C. / Ryde, U. / Gratteri, P. / Bergmann, J. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Probing the Efficiency of 13-Pyridylalkyl Berberine Derivatives to Human Telomeric G-Quadruplexes Binding: Spectroscopic, Solid State and In Silico Analysis. 著者: Bazzicalupi, C. / Bonardi, A. / Biver, T. / Ferraroni, M. / Papi, F. / Savastano, M. / Lombardi, P. / Gratteri, P. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 28.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 18.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7zurC ![]() 8aadC ![]() 6h5rS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 7591.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-I6K / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: isopropanol, potassium cacodylate, Li2SO4, MgSO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87313 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→35.76 Å / Num. obs: 2753 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.957 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rrim(I) all: 0.222 / Net I/σ(I): 5.68 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 1.103 / Num. unique obs: 404 / CC1/2: 0.712 / % possible all: 90.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6H5R 解像度: 2.4→35.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 16.982 / SU ML: 0.356 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.37 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 315.83 Å2 / Biso mean: 57.072 Å2 / Biso min: 23.98 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→35.76 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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