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- PDB-7qvp: Human collided disome (di-ribosome) stalled on XBP1 mRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qvp
タイトルHuman collided disome (di-ribosome) stalled on XBP1 mRNA
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 31
  • (60S ribosomal protein ...) x 40
  • (mRNA) x 2
  • 18S ribosomal RNA
  • 28S ribosomal RNA
  • 5.8S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • KOW domain-containing protein
  • Receptor of activated protein C kinase 1
  • Ribosomal protein L37
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
  • Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
  • tNRA E/E
  • tRNA P/E
  • tRNA P/P
キーワードTRANSLATION / disome / di-ribosome / XBP1 / ribosome / collision
機能・相同性
機能・相同性情報


Translation initiation complex formation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Formation of a pool of free 40S subunits / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol ...Translation initiation complex formation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Formation of a pool of free 40S subunits / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Formation of a pool of free 40S subunits / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / : / negative regulation of protein neddylation / translation at presynapse / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of 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factor binding / homeostatic process / activation-induced cell death of T cells / macrophage chemotaxis / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / organelle membrane / lung morphogenesis / iron-sulfur cluster binding / positive regulation of activated T cell proliferation / male meiosis I / Protein hydroxylation / mTORC1-mediated signalling / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / Peptide chain elongation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Selenocysteine synthesis / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / Formation of a pool of free 40S subunits / blastocyst development / ubiquitin ligase inhibitor activity / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / protein localization to nucleus / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / TOR signaling / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / T cell proliferation involved in immune response / spindle assembly / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / protein targeting / protein-RNA complex assembly / cellular response to interleukin-4 / erythrocyte development / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Protein methylation / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / translation regulator activity / laminin binding / rough endoplasmic reticulum / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / antiviral innate immune response / positive regulation of JUN kinase activity / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity
類似検索 - 分子機能
40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L28e ...40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S30 / : / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S7e signature. / : / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / : / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal_S19e / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein S27e signature.
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類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Denk, T.G. / Tesina, P. / Beckmann, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)BE1814/15-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: A distinct mammalian disome collision interface harbors K63-linked polyubiquitination of uS10 to trigger hRQT-mediated subunit dissociation.
著者: Momoko Narita / Timo Denk / Yoshitaka Matsuo / Takato Sugiyama / Chisato Kikuguchi / Sota Ito / Nichika Sato / Toru Suzuki / Satoshi Hashimoto / Iva Machová / Petr Tesina / Roland Beckmann / Toshifumi Inada /
要旨: Translational stalling events that result in ribosome collisions induce Ribosome-associated Quality Control (RQC) in order to degrade potentially toxic truncated nascent proteins. For RQC induction, ...Translational stalling events that result in ribosome collisions induce Ribosome-associated Quality Control (RQC) in order to degrade potentially toxic truncated nascent proteins. For RQC induction, the collided ribosomes are first marked by the Hel2/ZNF598 E3 ubiquitin ligase to recruit the RQT complex for subunit dissociation. In yeast, uS10 is polyubiquitinated by Hel2, whereas eS10 is preferentially monoubiquitinated by ZNF598 in human cells for an unknown reason. Here, we characterize the ubiquitination activity of ZNF598 and its importance for human RQT-mediated subunit dissociation using the endogenous XBP1u and poly(A) translation stallers. Cryo-EM analysis of a human collided disome reveals a distinct composite interface, with substantial differences to yeast collided disomes. Biochemical analysis of collided ribosomes shows that ZNF598 forms K63-linked polyubiquitin chains on uS10, which are decisive for mammalian RQC initiation. The human RQT (hRQT) complex composed only of ASCC3, ASCC2 and TRIP4 dissociates collided ribosomes dependent on the ATPase activity of ASCC3 and the ubiquitin-binding capacity of ASCC2. The hRQT-mediated subunit dissociation requires the K63-linked polyubiquitination of uS10, while monoubiquitination of eS10 or uS10 is not sufficient. Therefore, we conclude that ZNF598 functionally marks collided mammalian ribosomes by K63-linked polyubiquitination of uS10 for the trimeric hRQT complex-mediated subunit dissociation.
履歴
登録2022年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A4: mRNA
A5: mRNA
B4: tRNA P/P
B5: tRNA P/E
CC: tNRA E/E
D5: tRNA P/P
L1: 5.8S ribosomal RNA
L5: 28S ribosomal RNA
L6: 28S ribosomal RNA
L7: 5S ribosomal RNA
L8: 5.8S ribosomal RNA
L9: 5S ribosomal RNA
LA: 60S ribosomal protein L8
LB: 60S ribosomal protein L3
LC: 60S ribosomal protein L4
LD: 60S ribosomal protein L5
LE: 60S ribosomal protein L6
LF: 60S ribosomal protein L7
LG: 60S ribosomal protein L7a
LH: 60S ribosomal protein L9
LI: 60S ribosomal protein L10-like
LJ: 60S ribosomal protein L11
LL: 60S ribosomal protein L13
LM: 60S ribosomal protein L14
LN: 60S ribosomal protein L15
LO: 60S ribosomal protein L13a
LP: 60S ribosomal protein L17
LQ: 60S ribosomal protein L18
LR: 60S ribosomal protein L19
LS: 60S ribosomal protein L18a
LT: 60S ribosomal protein L21
LU: 60S ribosomal protein L22
LV: 60S ribosomal protein L23
LW: 60S ribosomal protein L24
LX: 60S ribosomal protein L23a
LY: KOW domain-containing protein
LZ: 60S ribosomal protein L27
La: 60S ribosomal protein L27a
Lb: 60S ribosomal protein L29
Lc: 60S ribosomal protein L30
Ld: 60S ribosomal protein L31
Le: 60S ribosomal protein L32
Lf: 60S ribosomal protein L35a
Lg: 60S ribosomal protein L34
Lh: 60S ribosomal protein L35
Li: 60S ribosomal protein L36
Lj: Ribosomal protein L37
Lk: 60S ribosomal protein L38
Ll: 60S ribosomal protein L39
Lm: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
Ln: 60S ribosomal protein L41
Lo: 60S ribosomal protein L36a
Lp: 60S ribosomal protein L37a
Lr: 60S ribosomal protein L28
MA: 60S ribosomal protein L8
MB: 60S ribosomal protein L3
MC: 60S ribosomal protein L4
MD: 60S ribosomal protein L5
ME: 60S ribosomal protein L6
MF: 60S ribosomal protein L7
MG: 60S ribosomal protein L7a
MH: 60S ribosomal protein L9
MI: 60S ribosomal protein L10-like
MJ: 60S ribosomal protein L11
ML: 60S ribosomal protein L13
MM: 60S ribosomal protein L14
MN: 60S ribosomal protein L15
MO: 60S ribosomal protein L13a
MP: 60S ribosomal protein L17
MQ: 60S ribosomal protein L18
MR: 60S ribosomal protein L19
MS: 60S ribosomal protein L18a
MT: 60S ribosomal protein L21
MU: 60S ribosomal protein L22
MV: 60S ribosomal protein L23
MW: 60S ribosomal protein L24
MX: 60S ribosomal protein L23a
MY: KOW domain-containing protein
MZ: 60S ribosomal protein L27
Ma: 60S ribosomal protein L27a
Mb: 60S ribosomal protein L29
Mc: 60S ribosomal protein L30
Md: 60S ribosomal protein L31
Me: 60S ribosomal protein L32
Mf: 60S ribosomal protein L35a
Mg: 60S ribosomal protein L34
Mh: 60S ribosomal protein L35
Mi: 60S ribosomal protein L36
Mj: Ribosomal protein L37
Mk: 60S ribosomal protein L38
Ml: 60S ribosomal protein L39
Mm: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
Mn: 60S ribosomal protein L41
Mo: 60S ribosomal protein L36a
Mp: 60S ribosomal protein L37a
Mr: 60S ribosomal protein L28
RA: 40S ribosomal protein SA
RB: 40S ribosomal protein S3a
RC: 40S ribosomal protein S2
RD: 40S ribosomal protein S3
RE: 40S ribosomal protein S4, X isoform
RF: 40S ribosomal protein S5
RG: 40S ribosomal protein S6
RH: 40S ribosomal protein S7
RI: 40S ribosomal protein S8
RJ: 40S ribosomal protein S9
RK: 40S ribosomal protein S10
RL: 40S ribosomal protein S11
RN: 40S ribosomal protein S13
RO: 40S ribosomal protein S14
RP: 40S ribosomal protein S15
RQ: 40S ribosomal protein S16
RR: 40S ribosomal protein S17
RS: 40S ribosomal protein S18
RT: 40S ribosomal protein S19
RU: 40S ribosomal protein S20
RV: 40S ribosomal protein S21
RW: 40S ribosomal protein S15a
RX: 40S ribosomal protein S23
RY: 40S ribosomal protein S24
RZ: 40S ribosomal protein S25
Ra: 40S ribosomal protein S26
Rb: 40S ribosomal protein S27
Rc: 40S ribosomal protein S28
Rd: 40S ribosomal protein S29
Re: 40S ribosomal protein S30
Rf: 40S ribosomal protein S12
Rg: Receptor of activated protein C kinase 1
Rh: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
S2: 18S ribosomal RNA
S3: 18S ribosomal RNA
SA: 40S ribosomal protein SA
SB: 40S ribosomal protein S3a
SC: 40S ribosomal protein S2
SD: 40S ribosomal protein S3
SE: 40S ribosomal protein S4, X isoform
SF: 40S ribosomal protein S5
SG: 40S ribosomal protein S6
SH: 40S ribosomal protein S7
SI: 40S ribosomal protein S8
SJ: 40S ribosomal protein S9
SK: 40S ribosomal protein S10
SL: 40S ribosomal protein S11
SN: 40S ribosomal protein S13
SO: 40S ribosomal protein S14
SP: 40S ribosomal protein S15
SQ: 40S ribosomal protein S16
SR: 40S ribosomal protein S17
SS: 40S ribosomal protein S18
ST: 40S ribosomal protein S19
SU: 40S ribosomal protein S20
SV: 40S ribosomal protein S21
SW: 40S ribosomal protein S15a
SX: 40S ribosomal protein S23
SY: 40S ribosomal protein S24
SZ: 40S ribosomal protein S25
Sa: 40S ribosomal protein S26
Sb: 40S ribosomal protein S27
Sc: 40S ribosomal protein S28
Sd: 40S ribosomal protein S29
Se: 40S ribosomal protein S30
Sg: Receptor of activated protein C kinase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,725,763162
ポリマ－7,725,763162
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 9種, 14分子 A4A5B4D5B5CCL1L8L5L6L7L9S2S3

#1: RNA鎖 mRNA


分子量: 4241.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: RNA鎖 mRNA


分子量: 3322.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#3: RNA鎖 tRNA P/P


分子量: 24485.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1850337400
#4: RNA鎖 tRNA P/E


分子量: 24231.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 174924
#5: RNA鎖 tNRA E/E


分子量: 24004.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 176418
#6: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA


分子量: 50449.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 555853
#7: RNA鎖 28S ribosomal RNA


分子量: 1690723.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#8: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38998.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 23898
#85: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 602776.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 36162

+
60S ribosomal protein ... , 40種, 78分子 LAMALBMBLCMCLDMDLEMELFMFLGMGLHMHLIMILJMJLLMLLMMMLNMNLOMOLPLQ...

#9: タンパク質 60S ribosomal protein L8 / Large ribosomal subunit protein uL2


分子量: 28088.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A8B8VPA8
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / HIV-1 TAR RNA-binding protein B / TARBP-B / Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 46211.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P39023
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L4 / 60S ribosomal protein L1 / Large ribosomal subunit protein uL4


分子量: 47804.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P36578
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L5 / Large ribosomal subunit protein uL18


分子量: 34426.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46777
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Neoplasm-related protein C140 / Tax-responsive enhancer ...Large ribosomal subunit protein eL6 / Neoplasm-related protein C140 / Tax-responsive enhancer element-binding protein 107 / TaxREB107


分子量: 32810.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q02878
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L7 / Large ribosomal subunit protein uL30


分子量: 29290.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18124
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L7a / Large ribosomal subunit protein eL8 / PLA-X polypeptide / Surfeit locus protein 3


分子量: 30061.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62424
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L9 / Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 21899.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P32969
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L10-like / Large ribosomal subunit protein uL16-like


分子量: 24570.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96L21
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L11 / CLL-associated antigen KW-12 / Large ribosomal subunit protein uL5


分子量: 20288.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62913
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L13 / Breast basic conserved protein 1 / Large ribosomal subunit protein eL13


分子量: 24321.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P26373
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L14 / CAG-ISL 7 / Large ribosomal subunit protein eL14


分子量: 23485.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P50914
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L15


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: L8Y0W1
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L13a / 23 kDa highly basic protein / Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 23633.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P40429
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L17 / 60S ribosomal protein L23 / Large ribosomal subunit protein uL22 / PD-1


分子量: 17888.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18621
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L18 / Large ribosomal subunit protein eL18


分子量: 21687.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q07020
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L19


分子量: 23535.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A2J8KH59
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L18a / Large ribosomal subunit protein eL20


分子量: 20808.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q02543
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L21 / Large ribosomal subunit protein eL21


分子量: 18609.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46778
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L22 / EBER-associated protein / EAP / Epstein-Barr virus small RNA-associated protein / Heparin-binding ...EBER-associated protein / EAP / Epstein-Barr virus small RNA-associated protein / Heparin-binding protein HBp15 / Large ribosomal subunit protein eL22


分子量: 14813.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35268
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L23


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A3P9HH38
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L24


分子量: 17825.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: F2X267
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L23a / Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 17740.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62750
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15835.831 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A851LWS6
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L27a / Large ribosomal subunit protein uL15


分子量: 16604.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46776
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L29 / Cell surface heparin-binding protein HIP / Large ribosomal subunit protein eL29


分子量: 17804.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P47914
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / Large ribosomal subunit protein eL30


分子量: 12805.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62888
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L31


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: G7NZE1
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein eL32


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62910
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L35a / Cell growth-inhibiting gene 33 protein / Large ribosomal subunit protein eL33


分子量: 12564.743 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18077
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L34 / Large ribosomal subunit protein eL34


分子量: 13326.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1U7T3M5
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L35 / Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 14593.624 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42766
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L36 / Large ribosomal subunit protein eL36


分子量: 12290.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3U8
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L38


分子量: 8238.948 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1A7W9T9
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L39


分子量: 6426.759 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A7N4PFJ2
#47: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41 / HG12 / Large ribosomal subunit protein eL41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62945
#48: タンパク質 60S ribosomal protein L36a


分子量: 12476.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: J3KQN4
#49: タンパク質 60S ribosomal protein L37a


分子量: 10299.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A6I9ZMF9
#50: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / Large ribosomal subunit protein eL28


分子量: 15784.622 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46779
#51: タンパク質 60S ribosomal protein L17 / 60S ribosomal protein L23 / Large ribosomal subunit protein uL22 / PD-1


分子量: 21443.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18621

-
タンパク質 , 5種, 9分子 LYMYLjMjLmMmRgSgRh

#32: タンパク質 KOW domain-containing protein


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A5N3X333
#43: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 10379.280 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A2Y9RW09
#46: タンパク質 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40


分子量: 14758.394 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A8C8Y9V5
#83: タンパク質 Receptor of activated protein C kinase 1


分子量: 35115.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A2K6K8B0
#84: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a / Ubiquitin carboxyl extension protein 80


分子量: 18004.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A8C0T835

+
40S ribosomal protein ... , 31種, 61分子 RASARBSBRCSCRDSDRESERFSFRGSGRHSHRISIRJSJRKSKRLSLRNSNROSORPSP...

#52: タンパク質 40S ribosomal protein SA / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Colon carcinoma laminin-binding protein / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40 / Multidrug resistance-associated protein MGr1-Ag / NEM/1CHD4 / Small ribosomal subunit protein uS2


分子量: 32883.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08865
#53: タンパク質 40S ribosomal protein S3a / Small ribosomal subunit protein eS1 / v-fos transformation effector protein / Fte-1


分子量: 30002.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61247
#54: タンパク質 40S ribosomal protein S2 / 40S ribosomal protein S4 / Protein LLRep3 / Small ribosomal subunit protein uS5


分子量: 31376.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15880
#55: タンパク質 40S ribosomal protein S3 / Small ribosomal subunit protein uS3


分子量: 26729.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P23396, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#56: タンパク質 40S ribosomal protein S4, X isoform / SCR10 / Single copy abundant mRNA protein / Small ribosomal subunit protein eS4


分子量: 29654.869 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62701
#57: タンパク質 40S ribosomal protein S5


分子量: 22913.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A6J0Y1Z7
#58: タンパク質 40S ribosomal protein S6 / Phosphoprotein NP33 / Small ribosomal subunit protein eS6


分子量: 28751.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62753
#59: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 22168.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62082
#60: タンパク質 40S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein eS8


分子量: 24263.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62241
#61: タンパク質 40S ribosomal protein S9


分子量: 22641.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A6J0B498
#62: タンパク質 40S ribosomal protein S10 / Small ribosomal subunit protein eS10


分子量: 18933.846 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46783
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S11


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A8B8VW69
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S13


分子量: 17259.389 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A663F1C0
#65: タンパク質 40S ribosomal protein S14


分子量: 16302.772 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A7L0BEC6
#66: タンパク質 40S ribosomal protein S15


分子量: 17076.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A2K6QL61
#67: タンパク質 40S ribosomal protein S16


分子量: 16477.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A4W2HV66
#68: タンパク質 40S ribosomal protein S17 / Small ribosomal subunit protein eS17


分子量: 15578.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08708
#69: タンパク質 40S ribosomal protein S18


分子量: 17759.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: H0WTR0
#70: タンパク質 40S ribosomal protein S19


分子量: 16091.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A2Y9E7Q1
#71: タンパク質 40S ribosomal protein S20


分子量: 13398.763 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60868
#72: タンパク質 40S ribosomal protein S21 / Small ribosomal subunit protein eS21


分子量: 9124.389 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63220
#73: タンパク質 40S ribosomal protein S15a


分子量: 14865.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A2K5QKS6
#74: タンパク質 40S ribosomal protein S23


分子量: 15844.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A340WVW7
#75: タンパク質 40S ribosomal protein S24 / Small ribosomal subunit protein eS24


分子量: 15463.333 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62847
#76: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 13776.224 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A6J3IG71
#77: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 11619.796 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A6J2NCX2
#78: タンパク質 40S ribosomal protein S27


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A7J8BG50
#79: タンパク質 40S ribosomal protein S28


分子量: 7855.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A3M0JHZ8
#80: タンパク質 40S ribosomal protein S29


分子量: 6690.821 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A2J8WKD7
#81: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 6668.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A2K6U587
#82: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 14538.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A671DUR2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: human collided disome stalled on XBP1 staller / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm
撮影電子線照射量: 43.6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.14_3260精密化
PHENIX1.14_3260精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53848 / 対称性のタイプ: POINT
精密化立体化学のターゲット値: CDL v1.2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0078449653
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.967663480
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.051783564
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.007241305
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.4142245219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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