PDB-7quz: Crystal structure of the SeMet octameric C-terminal Big_2-CBM56 d...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7quz

タイトル

Crystal structure of the SeMet octameric C-terminal Big_2-CBM56 domains from Paenibacillus illinoisensis (Bacillus circulans IAM1165) beta-1,3-glucanase H

要素

Beta-1,3-glucanase bglH

キーワード

HYDROLASE / laminarinase / GH16 sub-family 8 / Big_2 / CBM56

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Paenibacillus illinoisensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.156 Å

データ登録者

Najmudin, S. / Venditto, I. / Fontes, C.M.G.A. / Bule, P.

資金援助

ポルトガル, European Union, 2件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Structural and biochemical characterization of C-terminal Big_2-CBM56 domains of Bacillus circulans IAM1165 beta-1,3-glucanase H and Paenibacillus sp CBM56
著者: Najmudin, S. / Venditto, I. / Pires, V.R. / Caseiro, C. / Correia, M.A.S. / Romao, M.J. / Carvalho, A.L. / Fontes, C.M.G.A. / Bule, P.

履歴

登録	2022年1月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Author supporting evidence / Data collection カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_audit_support Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_audit_support.country
改定 2.1	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7quz.cif.gz	956.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7quz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7quz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7quz_validation.pdf.gz	518.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7quz_full_validation.pdf.gz	534.2 KB	表示
XML形式データ	7quz_validation.xml.gz	60.6 KB	表示
CIF形式データ	7quz_validation.cif.gz	85.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/7quz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/7quz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (5)

登録構造単位

AAA: Beta-1,3-glucanase bglH

BBB: Beta-1,3-glucanase bglH

CCC: Beta-1,3-glucanase bglH

DDD: Beta-1,3-glucanase bglH

EEE: Beta-1,3-glucanase bglH

FFF: Beta-1,3-glucanase bglH

GGG: Beta-1,3-glucanase bglH

HHH: Beta-1,3-glucanase bglH

ヘテロ分子

174 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Beta-1,3-glucanase bglH

BBB: Beta-1,3-glucanase bglH

ヘテロ分子

AAA: Beta-1,3-glucanase bglH

BBB: Beta-1,3-glucanase bglH

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: homology, There are two other crystals forms which also display the tetrameric form.
87.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

CCC: Beta-1,3-glucanase bglH

DDD: Beta-1,3-glucanase bglH

ヘテロ分子

CCC: Beta-1,3-glucanase bglH

DDD: Beta-1,3-glucanase bglH

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
86.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

EEE: Beta-1,3-glucanase bglH

FFF: Beta-1,3-glucanase bglH

GGG: Beta-1,3-glucanase bglH

HHH: Beta-1,3-glucanase bglH

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
86.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	201.125, 51.716, 168.659
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.494, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-413- HOH
2	1	CCC-426- HOH
3	1	CCC-507- HOH
4	1	DDD-505- HOH

#1: タンパク質	Beta-1,3-glucanase bglH 分子量: 21548.229 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal Big_2-CBM56 domains 由来: (組換発現) Paenibacillus illinoisensis (バクテリア) 遺伝子: bglH, beta-1,3-glucanase / プラスミド: PET-28A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q45095
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 796 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein concentration 30.0 mg/ml, 0.1 M Magnesium Chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, PEG 400 with 30% glycerol added to crystallisation buffer for cryocooling.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SOLEIL

/ ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→48.772 Å / Num. obs: 94220 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.5 % / CC_1/2: 0.982 / R_merge(I) obs: 0.336 / R_pim(I) all: 0.265 / R_rim(I) all: 0.429 / Net I/σ(I): 4.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
11.8-48.72	4	0.057	649	0.998	0.046	0.074
2.15-2.19	3.6	3.802	4144	0.163	3.161	4.967

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
CRANK2	2.0.25	位相決定
MOLREP	2.0.25	位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.156→48.771 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / SU B: 19.895 / SU ML: 0.245 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.274 / ESU R Free: 0.232 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2924	4797	5.093 %
R_work	0.2397	89388	-
all	0.242	-	-
obs	-	94185	99.747 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.918 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.99 Å²	-0 Å²	-0.732 Å²
2-	-	-0.491 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.433 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.156→48.771 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10726	0	60	796	11582

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	11058
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	10146
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.766	1.648	15223
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.27	1.571	23356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.66	5	1479
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.034	26.667	420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.483	15	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	1562
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	13038
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2338
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	1708
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	8840
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	5119
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	5438
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	612
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.044	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.196	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.253	0.2	245
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.205	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.814	1.454	5910
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.814	1.453	5909
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.465	2.173	7376
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.465	2.173	7377
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.874	1.536	5145
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.874	1.537	5146
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.451	2.273	7842
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.451	2.273	7843
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.042	17.641	11201
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.974	17.46	11068

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.156-2.212	0.444	347	0.444	6322	X-RAY DIFFRACTION	97.2016
2.212-2.272	0.406	361	0.393	6387	X-RAY DIFFRACTION	99.9408
2.272-2.338	0.388	324	0.36	6264	X-RAY DIFFRACTION	100
2.338-2.41	0.374	306	0.348	6057	X-RAY DIFFRACTION	99.9372
2.41-2.489	0.391	339	0.336	5859	X-RAY DIFFRACTION	100
2.489-2.577	0.396	287	0.308	5689	X-RAY DIFFRACTION	99.9833
2.577-2.674	0.35	281	0.285	5504	X-RAY DIFFRACTION	100
2.674-2.783	0.31	287	0.246	5269	X-RAY DIFFRACTION	99.964
2.783-2.907	0.303	267	0.231	5113	X-RAY DIFFRACTION	100
2.907-3.049	0.255	254	0.212	4895	X-RAY DIFFRACTION	99.9806
3.049-3.214	0.283	235	0.196	4611	X-RAY DIFFRACTION	100
3.214-3.408	0.263	242	0.194	4379	X-RAY DIFFRACTION	100
3.408-3.644	0.263	202	0.196	4140	X-RAY DIFFRACTION	100
3.644-3.935	0.259	218	0.193	3823	X-RAY DIFFRACTION	100
3.935-4.311	0.231	227	0.161	3565	X-RAY DIFFRACTION	100
4.311-4.819	0.161	180	0.129	3176	X-RAY DIFFRACTION	100
4.819-5.564	0.188	149	0.157	2865	X-RAY DIFFRACTION	99.9337
5.564-6.813	0.268	127	0.168	2445	X-RAY DIFFRACTION	100
6.813-9.627	0.226	115	0.151	1902	X-RAY DIFFRACTION	99.9504
9.627-48.771	0.249	49	0.205	1117	X-RAY DIFFRACTION	98.9813

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2953	-0.5433	-1.8631	0.5627	0.7844	3.2774	0.0063	-0.1403	0.0868	0.0595	0.0857	-0.1199	-0.0008	0.2308	-0.092	0.1585	-0.0013	0.0783	0.0189	-0.0182	0.0873	9.5447	-25.3583	1.1741
2	0.6711	-0.3102	-1.1816	0.5903	0.732	3.5814	-0.0528	-0.0996	0.0109	0.0717	0.1108	-0.1333	0.2398	0.2596	-0.058	0.176	0.025	0.0647	0.0266	-0.017	0.0761	7.4584	-46.9518	6.21
3	1.1609	0.4334	-1.7789	0.573	-0.7621	3.362	-0.0033	0.1119	0.0626	-0.0753	0.0724	0.1129	0.0309	-0.226	-0.0692	0.151	-0.0018	0.0617	0.0194	0.0118	0.0702	-13.1778	-51.3751	82.6879
4	0.8018	0.287	-1.2761	0.7976	-0.7415	3.4509	-0.0475	0.1353	-0.021	-0.0756	0.0839	0.1715	0.2514	-0.2649	-0.0365	0.2042	-0.026	0.0766	0.0262	-0	0.092	-10.8632	-72.901	77.4537
5	0.6696	-0.3608	-0.8267	0.8294	1.1152	3.6385	-0.017	-0.0708	0.0929	0.0191	0.0999	-0.1138	-0.1592	0.281	-0.083	0.1333	-0.0372	0.0928	0.0644	-0.0083	0.1428	-42.0364	-83.538	41.9557
6	0.6731	0.1091	-0.5294	0.7258	-0.799	3.8764	0.0344	0.1033	-0.0324	-0.0653	0.1394	0.1684	0.2463	-0.2742	-0.1738	0.144	-0.0258	0.0806	0.0717	-0.017	0.1608	-60.4408	-105.0812	39.4412
7	0.8734	0.2378	-1.0282	0.8145	-0.7783	3.683	-0.0061	0.0487	0.0717	-0.0072	0.0922	0.1272	-0.0995	-0.2508	-0.0862	0.1058	0.027	0.0854	0.0384	0.0098	0.1629	-61.1436	-83.5314	44.3837
8	0.6214	0.0094	-0.5075	0.7853	0.9552	4.6732	-0.0184	-0.0712	0.0288	0.111	0.1012	-0.1862	0.2473	0.2459	-0.0828	0.1423	0.0472	0.0722	0.0416	0.0074	0.1664	-42.7708	-104.9927	47.0346

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	24 - 207
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	22 - 207
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CCC	24 - 207
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DDD	21 - 207
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	EEE	24 - 207
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	FFF	24 - 207
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	GGG	24 - 207
8	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	HHH	24 - 207

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)