+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7quj | ||||||||||||
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Title | Structure of NsNEPS2, a 7S-cis-trans nepetalactone synthase | ||||||||||||
Components | NsNEPS2 | ||||||||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / SDR / Cyclisation / Oxidation / NAD+ | ||||||||||||
Function / homology | NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Nepeta sibirica (plant) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | ||||||||||||
Authors | Hernandez Lozada, N.J. / Hong, B. / Wood, J.C. / Caputi, L. / Basquin, J. / Chuang, L. / Kunert, M. / Rodriguez Lopez, C.R. / Langley, C. / Zhao, D. ...Hernandez Lozada, N.J. / Hong, B. / Wood, J.C. / Caputi, L. / Basquin, J. / Chuang, L. / Kunert, M. / Rodriguez Lopez, C.R. / Langley, C. / Zhao, D. / Buell, C.R. / Lichman, B.R. / O'Connor, S.E. | ||||||||||||
Funding support | United States, European Union, Germany, 3items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2022 Title: Biocatalytic routes to stereo-divergent iridoids. Authors: Hernandez Lozada, N.J. / Hong, B. / Wood, J.C. / Caputi, L. / Basquin, J. / Chuang, L. / Kunert, M. / Rodriguez Lopez, C.E. / Langley, C. / Zhao, D. / Buell, C.R. / Lichman, B.R. / O'Connor, S.E. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7quj.cif.gz | 260.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7quj.ent.gz | 171.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7quj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/7quj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/7quj | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6f9qS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29898.188 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Nepeta sibirica (plant) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #2: Chemical | ChemComp-NAD / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 43.85 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2 M Sodium acetate with 11.5% w/v PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 4, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→49.54 Å / Num. obs: 88386 / % possible obs: 97.81 % / Redundancy: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 36.45 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 23.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.916 Å / Rmerge(I) obs: 0.775 / Num. unique obs: 7393 / CC1/2: 0.79 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6F9Q Resolution: 1.85→49.54 Å / SU ML: 0.2111 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / Phase error: 21.3892 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 39.13 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→49.54 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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