+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7quj | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of NsNEPS2, a 7S-cis-trans nepetalactone synthase | ||||||||||||
![]() | NsNEPS2 | ||||||||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / SDR / Cyclisation / Oxidation / NAD+ | ||||||||||||
Function / homology | NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE![]() | ||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Hernandez Lozada, N.J. / Hong, B. / Wood, J.C. / Caputi, L. / Basquin, J. / Chuang, L. / Kunert, M. / Rodriguez Lopez, C.R. / Langley, C. / Zhao, D. ...Hernandez Lozada, N.J. / Hong, B. / Wood, J.C. / Caputi, L. / Basquin, J. / Chuang, L. / Kunert, M. / Rodriguez Lopez, C.R. / Langley, C. / Zhao, D. / Buell, C.R. / Lichman, B.R. / O'Connor, S.E. | ||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
| ||||||||||||
![]() | ![]() Title: Biocatalytic routes to stereo-divergent iridoids. Authors: Hernandez Lozada, N.J. / Hong, B. / Wood, J.C. / Caputi, L. / Basquin, J. / Chuang, L. / Kunert, M. / Rodriguez Lopez, C.E. / Langley, C. / Zhao, D. / Buell, C.R. / Lichman, B.R. / O'Connor, S.E. | ||||||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 260.1 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 171.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.6 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 45.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 63.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6f9qS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 29898.188 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-NAD / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 43.85 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2 M Sodium acetate with 11.5% w/v PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 4, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→49.54 Å / Num. obs: 88386 / % possible obs: 97.81 % / Redundancy: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 36.45 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 23.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.916 Å / Rmerge(I) obs: 0.775 / Num. unique obs: 7393 / CC1/2: 0.79 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6F9Q Resolution: 1.85→49.54 Å / SU ML: 0.2111 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / Phase error: 21.3892 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 39.13 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→49.54 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
|