PDB-7qub: EV-A71-3Cpro in complex with inhibitor MG78

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qub

タイトル

EV-A71-3Cpro in complex with inhibitor MG78

要素

Protease 3C

キーワード

VIRAL PROTEIN / Inhibitor complex / SARS-COV2

機能・相同性

機能・相同性情報

: / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / cytoplasmic vesicle membrane / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Human enterovirus 71 (エンテロウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.07 Å

データ登録者

El Kilani, H. / Hilgenfeld, R.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2022
タイトル: From Repurposing to Redesign: Optimization of Boceprevir to Highly Potent Inhibitors of the SARS-CoV-2 Main Protease.
著者: Gohl, M. / Zhang, L. / El Kilani, H. / Sun, X. / Zhang, K. / Bronstrup, M. / Hilgenfeld, R.

履歴

登録	2022年1月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月9日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qub.cif.gz	55.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qub.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qub.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qub_validation.pdf.gz	897.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qub_full_validation.pdf.gz	898.3 KB	表示
XML形式データ	7qub_validation.xml.gz	9.4 KB	表示
CIF形式データ	7qub_validation.cif.gz	12.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/7qub ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/7qub	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ql8C 7quwC 7z0pC 4ghkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (21) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Protease 3C

ヘテロ分子

20.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.336, 122.336, 122.336
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	207
Space group name H-M	P432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-322- HOH
2	1	AAA-335- HOH

#1: タンパク質	Protease 3C / Protein 3CD / 3C protein / Picornain 3C / P3C 分子量: 20139.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human enterovirus 71 (エンテロウイルス) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A8JKF9, picornain 3C
#2: 化合物	ChemComp-I70 / (1R,2S,5S)-N-{(2S,3R)-4-amino-3-hydroxy-4-oxo-1-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]butan-2-yl}-3-[N-(tert-butylcarbamoyl)-3-methyl-L-valyl]-6,6-dimethyl-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide 分子量: 550.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₄₆N₆O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.97 %
結晶化	温度: 285.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 7.0 + 34% PEG 3350 + 200mM NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.07→43.25 Å / Num. obs: 19792 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 38 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 2.07→2.19 Å / Num. unique obs: 6525 / CC_1/2: 0.522

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ghk

4ghk

解像度: 2.07→43.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 4.526 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.13 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2188	993	5.018 %
R_work	0.1915	18797	-
all	0.193	-	-
obs	-	18797	99.949 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.621 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.07→43.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1413	0	40	52	1505

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1437
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.83	1.654	2019
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.336	1.579	3294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.106	5	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.103	20.75	80
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.575	15	244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	2.37	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.272	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	199
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	341
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	269
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	1455
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	736
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	811
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.165	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.146	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.068	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.468	4.13	727
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.46	4.127	726
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.674	6.183	907
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.675	6.188	908
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.736	4.787	757
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.732	4.786	758
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.968	6.92	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.964	6.919	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.497	49.366	1535
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.483	49.304	1531

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.07-2.12	0.313	66	0.317	1350	X-RAY DIFFRACTION	99.9294
2.12-2.178	0.364	76	0.309	1301	X-RAY DIFFRACTION	100
2.178-2.241	0.308	68	0.284	1293	X-RAY DIFFRACTION	99.9266
2.241-2.31	0.241	64	0.255	1256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.386	0.248	63	0.239	1213	X-RAY DIFFRACTION	100
2.386-2.47	0.267	56	0.248	1182	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.563	0.255	60	0.233	1138	X-RAY DIFFRACTION	100
2.563-2.667	0.316	54	0.239	1113	X-RAY DIFFRACTION	100
2.667-2.786	0.255	41	0.235	1073	X-RAY DIFFRACTION	100
2.786-2.922	0.26	57	0.212	1011	X-RAY DIFFRACTION	100
2.922-3.08	0.198	48	0.2	970	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.267	0.201	66	0.183	905	X-RAY DIFFRACTION	100
3.267-3.492	0.216	42	0.174	872	X-RAY DIFFRACTION	100
3.492-3.771	0.168	41	0.164	818	X-RAY DIFFRACTION	100
3.771-4.131	0.173	50	0.159	749	X-RAY DIFFRACTION	100
4.131-4.618	0.165	42	0.134	686	X-RAY DIFFRACTION	100
4.618-5.331	0.212	36	0.151	621	X-RAY DIFFRACTION	100
5.331-6.526	0.266	26	0.177	541	X-RAY DIFFRACTION	100
6.526-9.216	0.184	23	0.147	433	X-RAY DIFFRACTION	99.7812
9.216-43.25	0.213	15	0.206	275	X-RAY DIFFRACTION	97.6431

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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