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- PDB-7qu9: Structure of aminodeoxychorismate synthase component 1 (PabB) fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qu9
タイトルStructure of aminodeoxychorismate synthase component 1 (PabB) from Bacillus subtilis spizizenii.
要素Anthranilate synthase component I family protein
キーワードTRANSFERASE / Chorismate / Magnesium / Folate
機能・相同性
機能・相同性情報


Anthranilate synthase component I, N-terminal / Anthranilate synthase component I, N terminal region / Anthranilate synthase / Anthranilate synthase / Anthranilate synthase component I-like / ADC synthase / Chorismate-utilising enzyme, C-terminal / chorismate binding enzyme / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRYPTOPHAN / Anthranilate synthase component I family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Rooms, L.D. / Race, P.R. / Back, C.B. / Burton, N.B. / Willis, C.L. / Stach, J.E.M. / Duke, P.W. / Hawkins, C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Defence Science and Technology Laboratory (DSTL) 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of aminodeoxychorismate synthase component 1 (PabB) from Bacillus subtilis spizizenii.
著者: Rooms, L.D. / Race, P.R. / Back, C.B. / Burton, N.B. / Willis, C.L. / Stach, J.E.M. / Duke, P.W. / Hawkins, C.
履歴
登録2022年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anthranilate synthase component I family protein
B: Anthranilate synthase component I family protein
C: Anthranilate synthase component I family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,6408
ポリマ－159,8433
非ポリマー7975
水6,251347
1
A: Anthranilate synthase component I family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6694
ポリマ－53,2811
非ポリマー3883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Anthranilate synthase component I family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4852
ポリマ－53,2811
非ポリマー2041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Anthranilate synthase component I family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4852
ポリマ－53,2811
非ポリマー2041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.203, 91.466, 147.055
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.950, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A23 - 501
2010B23 - 483
1020A23 - 501
2020C23 - 483
1030B23 - 484
2030C23 - 501

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Anthranilate synthase component I family protein


分子量: 53281.008 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: FAL52_19525 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5F2KFW0
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.04 M potassium phosphate monobasic, 16 % (w/v) PEG8000, 20 % (v/v) glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→91.49 Å / Num. obs: 85192 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.126 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 559025 / Scaling rejects: 1410
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.14-2.26.62.0534107462200.620.8662.2321100
9.57-91.496.30.074635410140.9950.0320.08118.899.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
AutoProcessデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CWA

5cwa


解像度: 2.14→77.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / WRfactor Rfree: 0.2335 / WRfactor Rwork: 0.197 / FOM work R set: 0.7446 / SU B: 18.123 / SU ML: 0.209 / SU R Cruickshank DPI: 0.2343 / SU Rfree: 0.1827 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2248 4281 5 %RANDOM
Rwork0.1918 ---
obs0.1935 80872 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 154.48 Å2 / Biso mean: 64.548 Å2 / Biso min: 31.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.89 Å20 Å20.33 Å2
2--0.6 Å20 Å2
3----3.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.14→77.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10853 0 12 347 11212
Biso mean--104.57 64.23 -
残基数----1360
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01311153
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01710259
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5511.64315056
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2891.57723836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.97451349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.96822.516620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.704151955
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4381571
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21417
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212459
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022382
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A142220.1
12B142220.1
21A141090.12
22C141090.12
31B138800.12
32C138800.12
LS精密化 シェル解像度: 2.14→2.194 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 313 -
Rwork0.333 5825 -
obs--98.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8218-0.3699-0.20783.0540.59313.25410.02360.23950.0404-0.0408-0.0140.01290.3231-0.0213-0.00960.36750.06810.04610.08470.00120.10978.4189-16.963213.6268
21.9165-0.5143-0.18292.7443-0.04283.97380.0173-0.1320.2202-0.26930.0899-0.1282-0.27580.2668-0.10720.1932-0.08050.03980.1159-0.01790.12912.0598-18.518-37.2739
31.97130.40420.66443.1828-0.2163.96340.1686-0.19570.19630.497-0.2060.12180.3922-0.29240.03750.6891-0.06950.07090.0446-0.01860.156433.086827.2196-61.2171
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A22 - 701
2X-RAY DIFFRACTION2B23 - 501
3X-RAY DIFFRACTION3C23 - 501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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