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- PDB-7qu6: Crystal structure of the N-terminal domain of Siglec-8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qu6
タイトルCrystal structure of the N-terminal domain of Siglec-8
要素Sialic acid-binding Ig-like lectin 8
キーワードIMMUNE SYSTEM / Siglec / sialic acid / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


sialic acid binding / transmembrane signaling receptor activity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / carbohydrate binding / cell adhesion / signal transduction / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Sialic acid-binding Ig-like lectin 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Lenza, M.P. / Atxabal, U. / Nycholat, C.M. / Oyenarte, I. / Paulson, J.C. / Franconetti, A. / Quintana, J.I. / Unione, L. / Delgado, S. / Jimenez-Barbero, J. / Ereno-Orbea, J.
資金援助European Union, スペイン, 2件
組織認可番号国
Marie Sklodowska-Curie Actions, FragNET ITNEuropean Union
Other government スペイン
引用ジャーナル: Jacs Au / 年: 2023
タイトル: Structures of the Inhibitory Receptor Siglec-8 in Complex with a High-Affinity Sialoside Analogue and a Therapeutic Antibody.
著者: Lenza, M.P. / Atxabal, U. / Nycholat, C. / Oyenarte, I. / Franconetti, A. / Quintana, J.I. / Delgado, S. / Nunez-Franco, R. / Garnica Marroquin, C.T. / Coelho, H. / Unione, L. / Jimenez-Oses, ...著者: Lenza, M.P. / Atxabal, U. / Nycholat, C. / Oyenarte, I. / Franconetti, A. / Quintana, J.I. / Delgado, S. / Nunez-Franco, R. / Garnica Marroquin, C.T. / Coelho, H. / Unione, L. / Jimenez-Oses, G. / Marcelo, F. / Schubert, M. / Paulson, J.C. / Jimenez-Barbero, J. / Ereno-Orbea, J.
履歴
登録2022年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Sialic acid-binding Ig-like lectin 8
A: Sialic acid-binding Ig-like lectin 8
C: Sialic acid-binding Ig-like lectin 8
D: Sialic acid-binding Ig-like lectin 8
E: Sialic acid-binding Ig-like lectin 8
F: Sialic acid-binding Ig-like lectin 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,8316
ポリマ－105,8316
非ポリマー00
水5,495305
1
B: Sialic acid-binding Ig-like lectin 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6381
ポリマ－17,6381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Sialic acid-binding Ig-like lectin 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6381
ポリマ－17,6381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Sialic acid-binding Ig-like lectin 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6381
ポリマ－17,6381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Sialic acid-binding Ig-like lectin 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6381
ポリマ－17,6381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Sialic acid-binding Ig-like lectin 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6381
ポリマ－17,6381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Sialic acid-binding Ig-like lectin 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6381
ポリマ－17,6381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.075, 36.365, 167.516
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.050, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Sialic acid-binding Ig-like lectin 8 / Siglec-8 / Sialoadhesin family member 2 / SAF-2


分子量: 17638.475 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIGLEC8, SAF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NYZ4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris HCl pH 6.5, and 27% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→83.82 Å / Num. obs: 36480 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 34.8 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Rpim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.34→2.42 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 1.249 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 3624 / CC1/2: 0.63 / Rpim(I) all: 0.526 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2N7A

2n7a


解像度: 2.34→83.758 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2565 1913 5.24 %
Rwork0.2061 34561 -
obs0.2087 36474 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 93.34 Å2 / Biso mean: 39.4992 Å2 / Biso min: 16.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.34→83.758 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6727 0 0 305 7032
Biso mean---42.48 -
残基数----827
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3403-2.39880.29521220.27582465100
2.3988-2.46370.36591710.2772388100
2.4637-2.53620.30081540.26322387100
2.5362-2.61810.30831170.25952471100
2.6181-2.71170.32541350.262427100
2.7117-2.82020.35221280.2492494100
2.8202-2.94860.3041530.23792395100
2.9486-3.10410.27961350.22072432100
3.1041-3.29850.2551320.20982527100
3.2985-3.55320.22491290.19042434100
3.5532-3.91080.21891240.18722513100
3.9108-4.47670.24561120.16152509100
4.4767-5.640.22561430.17192506100
5.64-83.7580.19911580.1989261399
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.4814 Å / Origin y: 6.4114 Å / Origin z: -41.8436 Å
111213212223313233
T0.1861 Å2-0.0137 Å20.0412 Å2-0.1571 Å2-0.014 Å2--0.2108 Å2
L0.4555 °2-0.0711 °20.2306 °2-0.0792 °2-0.0192 °2--0.2456 °2
S0.02 Å °-0.0005 Å °-0.0412 Å °-0.0156 Å °-0.0108 Å °0.0009 Å °-0.0149 Å °0.0306 Å °-0.0026 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allB21 - 152
2X-RAY DIFFRACTION1allA21 - 152
3X-RAY DIFFRACTION1allC20 - 166
4X-RAY DIFFRACTION1allD20 - 154
5X-RAY DIFFRACTION1allE20 - 154
6X-RAY DIFFRACTION1allF21 - 166
7X-RAY DIFFRACTION1allH3 - 427

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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