[日本語] English
万見
- PDB-7qu4: Recombinant Human Fetal Hemoglobin mutant - alpha subunit mutatio... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qu4
タイトルRecombinant Human Fetal Hemoglobin mutant - alpha subunit mutations K11E,K56E,N78D,K90E
要素
  • Hemoglobin subunit alpha
  • Hemoglobin subunit gamma-2
キーワードOXYGEN TRANSPORT / Globin / Hemoglobin
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / hydrogen peroxide catabolic process ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / carbon dioxide transport / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / response to hydrogen peroxide / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globin domain profile. / Globin / Globin / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit gamma-2 / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Kettisen, K. / Nyblom, M. / Bulow, L.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Swedish Research CouncilVR 5607-2014,VR 2019-03996 スウェーデン
The Swedish Foundation for Strategic ResearchRBP14-0055 スウェーデン
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2023
タイトル: Structural and oxidative investigation of a recombinant high-yielding fetal hemoglobin mutant.
著者: Kettisen, K. / Nyblom, M. / Smeds, E. / Fago, A. / Bulow, L.
履歴
登録2022年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
G: Hemoglobin subunit gamma-2
H: Hemoglobin subunit gamma-2
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3278
ポリマ－62,8624
非ポリマー2,4664
水10,178565
1
G: Hemoglobin subunit gamma-2
B: Hemoglobin subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6644
ポリマ－31,4312
非ポリマー1,2332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4030 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area13150 Å2
手法PISA
2
H: Hemoglobin subunit gamma-2
A: Hemoglobin subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6644
ポリマ－31,4312
非ポリマー1,2332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4050 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area13230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.450, 189.200, 66.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'A' and (resid 1 through 141 or resid 143))A1 - 140
121(chain 'A' and (resid 1 through 141 or resid 143))A143
231chain 'B'B1 - 140
241chain 'B'B143
152chain 'G'G3 - 144
162chain 'G'G147
272(chain 'H' and resid 3 through 147)H3 - 144
282(chain 'H' and resid 3 through 147)H147

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit gamma-2 / Gamma-2-globin / Hb F Ggamma / Hemoglobin gamma-2 chain / Hemoglobin gamma-G chain


分子量: 16148.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBG2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69892
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15282.337 Da / 分子数: 2 / Mutation: K11E,K56E,N78D,K90E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBA1, HBA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69905
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 565 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.63 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Sodium fluoride, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 20 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.657→54.463 Å / Num. obs: 72637 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 25.68 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 1.657→1.685 Å / Num. unique obs: 3568 / CC1/2: 0.774 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
autoPROCdata processing
autoPROCデータスケーリング
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BZ1,1FDH

1bz1

1fdh


解像度: 1.66→52.946 Å / SU ML: 0.1848 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.6836 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2194 3552 4.89 %
Rwork0.1821 69079 -
obs0.1839 72631 98.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→52.946 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4533 0 0 565 5098
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00784666
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95456393
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0504700
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007792
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.50872655
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.66-1.680.2651500.25382696X-RAY DIFFRACTION98.31
1.68-1.70.33131330.25572704X-RAY DIFFRACTION97.39
1.7-1.730.29471450.24992705X-RAY DIFFRACTION98.68
1.73-1.760.2741180.22992730X-RAY DIFFRACTION97.47
1.76-1.780.26271520.22032690X-RAY DIFFRACTION98.68
1.78-1.820.26721570.21152734X-RAY DIFFRACTION98.5
1.82-1.850.26081620.212678X-RAY DIFFRACTION97.73
1.85-1.880.24471390.20252723X-RAY DIFFRACTION99.27
1.88-1.920.2361420.20762737X-RAY DIFFRACTION98.39
1.92-1.960.271300.20592754X-RAY DIFFRACTION98.06
1.96-2.010.26921300.20162752X-RAY DIFFRACTION99.04
2.01-2.060.24551460.19682738X-RAY DIFFRACTION99.31
2.06-2.120.241340.18952736X-RAY DIFFRACTION98.69
2.12-2.180.25841360.19112752X-RAY DIFFRACTION98.84
2.18-2.250.24721380.19222766X-RAY DIFFRACTION99.05
2.25-2.330.26751320.1922784X-RAY DIFFRACTION99.22
2.33-2.420.22871540.19842763X-RAY DIFFRACTION99.35
2.42-2.530.23961410.18982765X-RAY DIFFRACTION99.45
2.53-2.670.22381470.18942793X-RAY DIFFRACTION99.19
2.67-2.830.20411360.18632777X-RAY DIFFRACTION99.66
2.83-3.050.20771430.19222831X-RAY DIFFRACTION99.6
3.05-3.360.19021350.18522813X-RAY DIFFRACTION99.76
3.36-3.840.19041530.15832817X-RAY DIFFRACTION99.76
3.84-4.840.18731320.14722885X-RAY DIFFRACTION99.83
4.84-52.90.2111670.17322956X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る