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- PDB-7qtx: Kaposi sarcoma associated herpes virus (KSHV) encoded apoptosis i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qtx
タイトルKaposi sarcoma associated herpes virus (KSHV) encoded apoptosis inhibitor, KsBcl-2 in complex with Puma BH3
要素
  • Bcl-2-binding component 3, isoforms 1/2
  • Bcl-2
キーワードAPOPTOSIS (アポトーシス) / viral Bcl-2 protein / gamma herpes virus / Kaposi sarcoma virus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host apoptosis / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of growth / positive regulation of fibroblast apoptotic process / T cell apoptotic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / positive regulation of thymocyte apoptotic process / fibroblast apoptotic process ...symbiont-mediated suppression of host apoptosis / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of growth / positive regulation of fibroblast apoptotic process / T cell apoptotic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / positive regulation of thymocyte apoptotic process / fibroblast apoptotic process / execution phase of apoptosis / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / FOXO-mediated transcription of cell death genes / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / response to endoplasmic reticulum stress / intrinsic apoptotic signaling pathway / release of cytochrome c from mitochondria / cellular response to ionizing radiation / determination of adult lifespan / apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein-containing complex assembly / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to hypoxia / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / DNA damage response / ミトコンドリア / 生体膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Bcl-2-binding component 3 / Bcl-2-binding component 3, p53 upregulated modulator of apoptosis / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Bcl-2ファミリー / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
臭化物 / Bcl-2 / Bcl-2-binding component 3, isoforms 1/2
類似検索 - 構成要素
生物種Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11598861103 Å
データ登録者Suraweera, C.D. / Hinds, M.G. / Kvansakul, M.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)FT130101349 オーストラリア
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2022
タイトル: Structural Insight into KsBcl-2 Mediated Apoptosis Inhibition by Kaposi Sarcoma Associated Herpes Virus.
著者: Suraweera, C.D. / Hinds, M.G. / Kvansakul, M.
履歴
登録2022年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2
B: Bcl-2-binding component 3, isoforms 1/2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2748
ポリマ－19,8482
非ポリマー4266
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2890 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area8690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.229, 48.529, 57.386
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.065, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-364-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2 / / ORF 16 / ORF16 / ORF16 protein


分子量: 16637.180 Da / 分子数: 1 / 変異: V117A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: ORF16, HHV8GK18_gp19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Codon plus (RIL) / 参照: UniProt: Q76RI8
#2: タンパク質・ペプチド Bcl-2-binding component 3, isoforms 1/2 / JFY-1 / p53 up-regulated modulator of apoptosis


分子量: 3210.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BXH1
#3: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド / 臭化物


分子量: 79.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.41 % / 解説: single long rod
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M sodium bromide, 0.1 M Bis-tris propane pH 6.5, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.937 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.937 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→32.4632234192 Å / Num. obs: 9148 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 32.4290222293 Å2 / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 2.11→2.17 Å / Num. unique obs: 409 / CC1/2: 0.38

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
DIALSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: KsBcl-2_Bid

解像度: 2.11598861103→32.4632234192 Å / SU ML: 0.312535587486 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35034511599 / 位相誤差: 30.1945594635
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257493681771 425 4.65090829503 %
Rwork0.217695316985 8713 -
obs0.219570195451 9138 97.9841303882 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.4042455698 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11598861103→32.4632234192 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1310 0 15 95 1420
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001780086085391349
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4349861884741819
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0332056062118192
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00313875011317236
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.544474644795
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.116-2.42210.3291778336251280.2851127465112890X-RAY DIFFRACTION98.370273794
2.4221-3.05120.2771647345551480.2463064873272880X-RAY DIFFRACTION98.1841763943
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.14585868528 Å / Origin y: 33.5559067189 Å / Origin z: 13.458405656 Å
111213212223313233
T0.231351741179 Å2-0.00841820419553 Å2-0.0339621853634 Å2-0.230956636113 Å20.0170571467953 Å2--0.244014954663 Å2
L1.641420665 °20.182971807205 °2-1.33289707334 °2-0.0284435627164 °2-0.0587074463572 °2--4.09663548438 °2
S-0.011070792682 Å °-0.361899604009 Å °-0.0322536910352 Å °0.0865258042161 Å °-0.0427268117346 Å °-0.0568500118068 Å °-0.00171322795031 Å °0.580117284834 Å °0.0507385278557 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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