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- PDB-7qtw: Kaposi sarcoma associated herpes virus(KSHV) encoded apoptosis in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qtw
タイトルKaposi sarcoma associated herpes virus(KSHV) encoded apoptosis inhibitor, KsBcl-2 in complex with Bid BH3
要素
  • BH3-interacting domain death agonist p15
  • Bcl-2
キーワードAPOPTOSIS / Viral Bcl-2 protein / gamma herpes virus / Kaposi sarcoma virus
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type endopeptidase regulator activity involved in apoptotic process / mitochondrial outer membrane permeabilization / Activation, translocation and oligomerization of BAX / Activation and oligomerization of BAK protein / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / positive regulation of fibroblast apoptotic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / protein targeting to mitochondrion ...cysteine-type endopeptidase regulator activity involved in apoptotic process / mitochondrial outer membrane permeabilization / Activation, translocation and oligomerization of BAX / Activation and oligomerization of BAK protein / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / positive regulation of fibroblast apoptotic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / protein targeting to mitochondrion / regulation of epithelial cell proliferation / establishment of protein localization to membrane / death receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of mitochondrial membrane potential / regulation of T cell proliferation / hepatocyte apoptotic process / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / apoptotic mitochondrial changes / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Activation of BAD and translocation to mitochondria / signal transduction in response to DNA damage / supramolecular fiber organization / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein-containing complex assembly / protein-containing complex assembly / regulation of apoptotic process / neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / mitochondrion / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
BH3-interacting domain death agonist / BH3 interacting domain (BID) / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BH3-interacting domain death agonist / Bcl-2
類似検索 - 構成要素
生物種Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Suraweera, C.D. / Hinds, M.G. / Kvansakul, M.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)FT130101349 オーストラリア
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2022
タイトル: Structural Insight into KsBcl-2 Mediated Apoptosis Inhibition by Kaposi Sarcoma Associated Herpes Virus.
著者: Suraweera, C.D. / Hinds, M.G. / Kvansakul, M.
履歴
登録2022年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2
B: BH3-interacting domain death agonist p15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5796
ポリマ－20,3302
非ポリマー2484
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area9380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.476, 89.476, 51.056
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64
Space group name HallP64
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-408-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2 / ORF 16 / ORF16 / ORF16 protein


分子量: 16637.180 Da / 分子数: 1 / 変異: V117A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: ORF16, HHV8GK18_gp19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Codon plus (RIL) / 参照: UniProt: Q76RI8
#2: タンパク質・ペプチド BH3-interacting domain death agonist p15 / p15 BID


分子量: 3693.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P55957
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.55 % / 解説: Large single hexagonal crystal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M Sodium acetate pH 4.6 8% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→38.74 Å / Num. obs: 44937 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.3 % / Biso Wilson estimate: 20.09 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 1.41→1.46 Å / Num. unique obs: 308 / CC1/2: 0.99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
DIALSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Alpha fold generated model for this protein sequence

解像度: 1.41→38.74 Å / SU ML: 0.1595 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 32.3698
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2149 2256 5.05 %
Rwork0.1806 42456 -
obs0.1824 44712 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.41→38.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1357 0 16 148 1521
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01351399
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13171887
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0812205
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0113245
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3634513
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.41-1.440.45351120.35762536X-RAY DIFFRACTION95.18
1.44-1.470.39621690.3452564X-RAY DIFFRACTION97.99
1.47-1.510.3721480.32622636X-RAY DIFFRACTION99.5
1.51-1.550.36961170.30552671X-RAY DIFFRACTION100
1.55-1.60.36391380.2942667X-RAY DIFFRACTION99.89
1.6-1.650.32191370.26782644X-RAY DIFFRACTION99.96
1.65-1.710.33021300.25892672X-RAY DIFFRACTION99.82
1.71-1.780.25281390.22892655X-RAY DIFFRACTION99.93
1.78-1.860.28721490.21892645X-RAY DIFFRACTION99.89
1.86-1.960.25831380.18072661X-RAY DIFFRACTION99.71
1.96-2.080.18471130.17332682X-RAY DIFFRACTION99.93
2.08-2.240.18111480.14692684X-RAY DIFFRACTION99.82
2.24-2.460.23521400.16952658X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.820.18651520.15772681X-RAY DIFFRACTION99.89
2.82-3.550.18131700.1612668X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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