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- PDB-7qtv: Beryllium fluoride form of the Na+,K+-ATPase (E2-BeFx) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qtv
タイトルBeryllium fluoride form of the Na+,K+-ATPase (E2-BeFx)
要素
  • (Sodium/potassium-transporting ATPase subunit ...) x 2
  • FXYD domain-containing ion transport regulator
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Pig kidney Na+ / K+-ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


Basigin interactions / Ion homeostasis / Na+/K+-exchanging ATPase / positive regulation of sodium ion export across plasma membrane / regulation of monoatomic ion transport / Ion transport by P-type ATPases / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium ion binding / sodium:potassium-exchanging ATPase complex ...Basigin interactions / Ion homeostasis / Na+/K+-exchanging ATPase / positive regulation of sodium ion export across plasma membrane / regulation of monoatomic ion transport / Ion transport by P-type ATPases / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium ion binding / sodium:potassium-exchanging ATPase complex / membrane repolarization / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / sodium ion export across plasma membrane / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / intracellular sodium ion homeostasis / regulation of calcium ion transmembrane transport / ion channel regulator activity / relaxation of cardiac muscle / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / positive regulation of sodium ion transmembrane transport / organelle membrane / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion binding / intracellular potassium ion homeostasis / ATPase activator activity / lateral plasma membrane / intercalated disc / sperm flagellum / transporter activator activity / ATP metabolic process / regulation of sodium ion transport / cardiac muscle contraction / T-tubule / proton transmembrane transport / protein localization to plasma membrane / sarcolemma / transmembrane transport / intracellular calcium ion homeostasis / melanosome / regulation of gene expression / ATPase binding / protein-macromolecule adaptor activity / basolateral plasma membrane / cell adhesion / protein stabilization / apical plasma membrane / axon / innate immune response / protein kinase binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Ion-transport regulator, FXYD motif / : / ATP1G1/PLM/MAT8 family / FXYD family signature. / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta superfamily / : / Sodium / potassium ATPase beta chain / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 1. ...: / Ion-transport regulator, FXYD motif / : / ATP1G1/PLM/MAT8 family / FXYD family signature. / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta superfamily / : / Sodium / potassium ATPase beta chain / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 1. / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 2. / P-type ATPase subfamily IIC, subunit alpha / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1AT / Chem-1DS / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / CHOLESTEROL / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 / FXYD domain-containing ion transport regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.05 Å
データ登録者Fruergaard, M.U. / Dach, I. / Andersen, J.L. / Ozol, M. / Shahsavar, A. / Quistgaard, E.M. / Poulsen, H. / Fedosova, N.U. / Nissen, P.
資金援助 デンマーク, 3件
組織認可番号国
Danish Council for Independent ResearchDFF-7016-00125 デンマーク
LundbeckfondenR155-2015-2666 デンマーク
LundbeckfondenR310-2018-3713 デンマーク
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: The Na + ,K + -ATPase in complex with beryllium fluoride mimics an ATPase phosphorylated state.
著者: Fruergaard, M.U. / Dach, I. / Andersen, J.L. / Ozol, M. / Shahsavar, A. / Quistgaard, E.M. / Poulsen, H. / Fedosova, N.U. / Nissen, P.
履歴
登録2022年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
B: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
G: FXYD domain-containing ion transport regulator
C: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
D: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
E: FXYD domain-containing ion transport regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)314,31925
ポリマ－310,1926
非ポリマー4,12719
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18830 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area122440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.470, 118.080, 494.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 21 through 80 or resid 155 through 275))
21(chain C and (resid 21 through 80 or resid 155 through 275))
12(chain A and resid 377 through 588)
22(chain C and resid 377 through 588)
13(chain A and (resid 81 through 154 or resid 276...
23(chain C and (resid 81 through 154 or resid 276...
14(chain A and (resid 349 through 376 or resid 589 through 746))
24(chain C and (resid 349 through 376 or resid 589 through 746))
15(chain B and (resid 63 through 90 or resid 92 through 303))
25(chain D and (resid 63 through 90 or resid 92 through 303))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LYSLYSPROPRO(chain A and (resid 21 through 80 or resid 155 through 275))AA21 - 8026 - 85
121LYSLYSTHRTHR(chain A and (resid 21 through 80 or resid 155 through 275))AA155 - 275160 - 280
211LYSLYSPROPRO(chain C and (resid 21 through 80 or resid 155 through 275))CD21 - 8026 - 85
221LYSLYSTHRTHR(chain C and (resid 21 through 80 or resid 155 through 275))CD155 - 275160 - 280
112ASNASNPROPRO(chain A and resid 377 through 588)AA377 - 588382 - 593
212ASNASNPROPRO(chain C and resid 377 through 588)CD377 - 588382 - 593
113GLUGLUPHEPHE(chain A and (resid 81 through 154 or resid 276...AA81 - 15486 - 159
123PROPROASNASN(chain A and (resid 81 through 154 or resid 276...AA276 - 348281 - 353
133ASNASNTYRTYR(chain A and (resid 81 through 154 or resid 276...AA747 - 1016752 - 1021
213GLUGLUPHEPHE(chain C and (resid 81 through 154 or resid 276...CD81 - 15486 - 159
223PROPROASNASN(chain C and (resid 81 through 154 or resid 276...CD276 - 348281 - 353
233ASNASNTYRTYR(chain C and (resid 81 through 154 or resid 276...CD747 - 1016752 - 1021
114CYSCYSGLNGLN(chain A and (resid 349 through 376 or resid 589 through 746))AA349 - 376354 - 381
124ARGARGASPASP(chain A and (resid 349 through 376 or resid 589 through 746))AA589 - 746594 - 751
214CYSCYSGLNGLN(chain C and (resid 349 through 376 or resid 589 through 746))CD349 - 376354 - 381
224ARGARGASPASP(chain C and (resid 349 through 376 or resid 589 through 746))CD589 - 746594 - 751
115GLUGLUPHEPHE(chain B and (resid 63 through 90 or resid 92 through 303))BB63 - 9063 - 90
125PROPROSERSER(chain B and (resid 63 through 90 or resid 92 through 303))BB92 - 30392 - 303
215GLUGLUPHEPHE(chain D and (resid 63 through 90 or resid 92 through 303))DE63 - 9063 - 90
225PROPROSERSER(chain D and (resid 63 through 90 or resid 92 through 303))DE92 - 30392 - 303

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

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要素

-
Sodium/potassium-transporting ATPase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 / Na(+)/K(+) ATPase alpha-1 subunit / Sodium pump subunit alpha-1


分子量: 112797.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: ATP1A1 / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P05024, Na+/K+-exchanging ATPase
#2: タンパク質 Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 / Sodium/potassium-dependent ATPase subunit beta-1


分子量: 35204.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: ATP1B1 / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P05027

-
タンパク質 , 1種, 2分子 GE

#3: タンパク質 FXYD domain-containing ion transport regulator


分子量: 7094.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: FXYD2 / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q58K79

-
糖 , 2種, 5分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#10: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 23分子

#5: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-1AT / beta-D-fructofuranosyl 6-O-decanoyl-alpha-D-glucopyranoside / β-D-フルクトフラノシル6-O-デカノイル-α-D-グルコピラノシド


分子量: 496.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H40O12
#7: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#8: 化合物 ChemComp-1DS / 1-O-decanoyl-beta-D-tagatofuranosyl beta-D-allopyranoside


分子量: 496.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H40O12
#9: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.76 %
結晶化温度: 288.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: Protein sample was mixed in a 1:1 ratio with reservoir solution containing 16.5 % (wt/vol) polyethylene glycol 2000 monomethyl ether (PEG 2000 MME), 10 % (vol/vol) glycerol, 175 mM MgCl2, 150 ...詳細: Protein sample was mixed in a 1:1 ratio with reservoir solution containing 16.5 % (wt/vol) polyethylene glycol 2000 monomethyl ether (PEG 2000 MME), 10 % (vol/vol) glycerol, 175 mM MgCl2, 150 mM NaCl, 20 mM HEPES/MES pH 6.2 and 2 mM DTT. The crystals were dehydrated overnight at 4C against a 30 % PEG 2000 MME reservoir solution before flash-cooling.

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P14 (MX2)11
シンクロトロンSLS X06DA21
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS3 6M1PIXEL2015年10月29日
DECTRIS PILATUS 2M2PIXEL2015年12月6日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21
反射解像度: 4.05→29.67 Å / Num. obs: 57347 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 26.2 % / Biso Wilson estimate: 147.73 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 4.05→4.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 4625 / CC1/2: 0.263 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7d91

7d91


解像度: 4.05→29.67 Å / SU ML: 0.61 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.94 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The data has been anisotropically truncated to 4.0 A resolution
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2811 1928 4.92 %
Rwork0.2465 37220 -
obs0.2483 39148 68.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 510.79 Å2 / Biso mean: 188.1761 Å2 / Biso min: 65.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.05→29.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20734 0 274 9 21017
Biso mean--175.64 157.81 -
残基数----2638
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1100X-RAY DIFFRACTION8.043TORSIONAL
12C1100X-RAY DIFFRACTION8.043TORSIONAL
21A1286X-RAY DIFFRACTION8.043TORSIONAL
22C1286X-RAY DIFFRACTION8.043TORSIONAL
31A2984X-RAY DIFFRACTION8.043TORSIONAL
32C2984X-RAY DIFFRACTION8.043TORSIONAL
41A1116X-RAY DIFFRACTION8.043TORSIONAL
42C1116X-RAY DIFFRACTION8.043TORSIONAL
51B1454X-RAY DIFFRACTION8.043TORSIONAL
52D1454X-RAY DIFFRACTION8.043TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
4.05-4.150.295670.38951471544
4.15-4.270.3021140.330445947312
4.27-4.390.3583330.310986089322
4.39-4.530.333760.28831480155639
4.53-4.690.32331080.28071988209652
4.69-4.880.30841150.26812483259864
4.88-5.10.29481700.27162890306076
5.1-5.370.33221540.26163447360189
5.37-5.70.33781960.288337913987100
5.7-6.140.29662180.296338704088100
6.14-6.750.30792130.279538424055100
6.75-7.710.27371950.232639124107100
7.71-9.660.24821980.199439624160100
9.66-29.670.24892310.224140894320100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0926-0.31260.42272.52920.38253.7159-0.06210.07470.84270.03470.261-0.0496-0.9793-0.332-0.49630.80170.13540.29951.24850.01760.9139-5.7742-18.5987-9.409
21.14750.5009-0.55423.6568-0.10165.9892-0.5173-0.1127-0.80330.4192-0.5084-0.30251.13630.77550.81331.6056-0.14670.33951.35260.06461.367344.4381-106.1295-114.8282
30.33080.39650.20213.99080.95425.39130.2015-0.43870.0190.3824-0.0318-0.1657-0.18860.2715-0.32930.55410.03980.12291.06470.00030.917321.0267-26.7816-14.2376
43.45440.2283-2.05092.9491-0.14163.98620.2687-0.1421-0.443-1.230.0318-0.1475-0.43470.6298-0.09991.55960.30710.23240.7213-0.16391.049453.4978-79.9835-108.1642
53.20191.1183-2.00935.0493-0.06522.47440.8964-1.8824-1.18182.18480.0722-0.04480.6403-0.0543-0.36451.4852-0.09650.15242.7610.85451.60673.9202-50.26138.8453
63.812-1.4652.75092.5925-0.09682.1337-0.12212.8177-0.546-1.7639-0.51612.4725-0.20920.30240.15532.88390.1926-0.91992.7865-0.35841.959426.1849-78.7046-133.3989
71.0472-0.71370.31920.9261-0.49833.0098-0.11350.0260.3847-0.15790.13710.0434-0.25260.01740.05750.6018-0.03870.26990.78850.00790.91630.7324-31.8721-59.1004
80.67690.42571.151.42080.93283.95150.14060.1427-0.40440.2016-0.1363-0.34131.17470.6197-0.12781.35520.16420.34480.74460.0591.091651.588-71.2871-62.8455
92.2991-2.67852.27273.4008-1.56885.32790.88792.15940.8552-1.4557-0.7973-0.13960.05590.07960.04461.7687-0.01240.39291.94480.47871.33831.1321-29.1785-106.6443
100.6518-1.4353-0.84686.0240.30654.45270.0673-0.2522-0.04290.55160.0288-0.65261.30740.4451-0.0171.7539-0.0189-0.19561.47370.1231.236751.2547-74.6858-15.4448
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resseq 21:80 or resseq 155:275)A21 - 80
2X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resseq 21:80 or resseq 155:275)A155 - 275
3X-RAY DIFFRACTION2chain C and (resseq 21:80 or resseq 155:275)C21 - 80
4X-RAY DIFFRACTION2chain C and (resseq 21:80 or resseq 155:275)C155 - 275
5X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resseq 349:376 or resseq 589:746)A349 - 376
6X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resseq 349:376 or resseq 589:746)A589 - 746
7X-RAY DIFFRACTION4chain C and (resseq 349:376 or resseq 589:746)C349 - 376
8X-RAY DIFFRACTION4chain C and (resseq 349:376 or resseq 589:746)C589 - 746
9X-RAY DIFFRACTION5chain A and (resseq 377:588)A377 - 588
10X-RAY DIFFRACTION6chain C and (resseq 377:588)C377 - 588
11X-RAY DIFFRACTION7chain A and (resseq 81:154 or resseq 276:348 or resseq 747:1016) or chain B and resseq 16:62 or chain GA81 - 154
12X-RAY DIFFRACTION7chain A and (resseq 81:154 or resseq 276:348 or resseq 747:1016) or chain B and resseq 16:62 or chain GA276 - 348
13X-RAY DIFFRACTION7chain A and (resseq 81:154 or resseq 276:348 or resseq 747:1016) or chain B and resseq 16:62 or chain GA747 - 1016
14X-RAY DIFFRACTION8chain C and (resseq 81:154 or resseq 276:348 or resseq 747:1016) or chain D and resseq 19:62 or chain EC81 - 154
15X-RAY DIFFRACTION8chain C and (resseq 81:154 or resseq 276:348 or resseq 747:1016) or chain D and resseq 19:62 or chain EC276 - 348
16X-RAY DIFFRACTION8chain C and (resseq 81:154 or resseq 276:348 or resseq 747:1016) or chain D and resseq 19:62 or chain EC747 - 1016
17X-RAY DIFFRACTION9chain B and (resseq 63:303)B63 - 303
18X-RAY DIFFRACTION10chain D and (resseq 63:303)D63 - 303

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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