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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qtu | ||||||
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タイトル | Structural biology of the NS1 avian influenza protein subversion on the Scribble cell polarity module | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / Influenza A virus / bird-flu / H5N1 / cell polarity / isothermal titration calorimetry / NS1 / PDZ / scribble | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 extrinsic component of postsynaptic density membrane / neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / establishment of T cell polarity / symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / apoptotic process involved in morphogenesis / establishment of apical/basal cell polarity / cochlear nucleus development / synaptic vesicle targeting / Scrib-APC-beta-catenin complex / astrocyte cell migration ...extrinsic component of postsynaptic density membrane / neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / establishment of T cell polarity / symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / apoptotic process involved in morphogenesis / establishment of apical/basal cell polarity / cochlear nucleus development / synaptic vesicle targeting / Scrib-APC-beta-catenin complex / astrocyte cell migration / polarized epithelial cell differentiation / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / protein localization to adherens junction / myelin sheath abaxonal region / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / cell-cell contact zone / mammary gland duct morphogenesis / post-anal tail morphogenesis / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / activation of GTPase activity / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / auditory receptor cell stereocilium organization / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / positive regulation of receptor recycling / positive chemotaxis / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / receptor clustering / negative regulation of activated T cell proliferation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / CDC42 GTPase cycle / immunological synapse / synaptic vesicle endocytosis / negative regulation of mitotic cell cycle / signaling adaptor activity / Asymmetric localization of PCP proteins / neural tube closure / adherens junction / wound healing / cell-cell adhesion / positive regulation of type II interferon production / cell-cell junction / cell migration / presynapse / cell junction / lamellipodium / basolateral plasma membrane / cell population proliferation / host cell cytoplasm / postsynaptic density / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / cadherin binding / positive regulation of apoptotic process / glutamatergic synapse / host cell nucleus / protein kinase binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) H5N1 subtype (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å | ||||||
データ登録者 | Javorsky, A. / Humbert, P.O. / Kvansakul, M. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Viruses / 年: 2022 タイトル: Structural Basis of the Avian Influenza NS1 Protein Interactions with the Cell Polarity Regulator Scribble. 著者: Javorsky, A. / Humbert, P.O. / Kvansakul, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qtu.cif.gz | 156.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qtu.ent.gz | 102.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qtu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7qtu_validation.pdf.gz | 471.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7qtu_full_validation.pdf.gz | 475.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7qtu_validation.xml.gz | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7qtu_validation.cif.gz | 18.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/7qtu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/7qtu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7qtoC 7qtpC 5vwiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9872.258 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCRIB, CRIB1, KIAA0147, LAP4, SCRB1, VARTUL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14160 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1165.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) H5N1 subtype (ウイルス) / 参照: UniProt: Q6B3P2 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.47 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Sodium Cacodylate pH4.2, 40% MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95372 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.84→42.94 Å / Num. obs: 8916 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 56.7 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.84→2.99 Å / Rmerge(I) obs: 0.37 / Num. unique obs: 864 / CC1/2: 0.75 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5VWI 解像度: 2.84→42.94 Å / SU ML: 0.312 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 34.416 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.84→42.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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