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- PDB-7qta: S1 nuclease from Aspergillus oryzae in complex with uridine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qta
タイトルS1 nuclease from Aspergillus oryzae in complex with uridine
要素Nuclease S1
キーワードHYDROLASE / Nuclease / Complex / Nucleoside / Lattice translocation defect
機能・相同性
機能・相同性情報


Aspergillus nuclease S1 / nuclease activity / DNA catabolic process / endonuclease activity / nucleic acid binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
S1/P1 nuclease / S1/P1 Nuclease / Phospholipase C/P1 nuclease domain superfamily / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / URIDINE / Nuclease S1
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus oryzae RIB40 (米麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.06 Å
データ登録者Adamkova, K. / Koval, T. / Kolenko, P. / Oestergaard, L.H. / Dohnalek, J.
資金援助European Union, 4件
組織認可番号国
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLM2018127European Union
European Regional Development FundCZ.02.1.01/0.0/0.0/15_003/0000447European Union
Czech Science Foundation20-12109SEuropean Union
European Regional Development FundCZ.02.1.01/0.0/0.0/18_046/0015974European Union
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Atomic resolution studies of S1 nuclease complexes reveal details of RNA interaction with the enzyme despite multiple lattice-translocation defects.
著者: Adamkova, K. / Koval', T. / Ostergaard, L.H. / Duskova, J. / Maly, M. / Svecova, L. / Skalova, T. / Kolenko, P. / Dohnalek, J.
履歴
登録2022年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclease S1
B: Nuclease S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,56419
ポリマ－58,1672
非ポリマー2,39717
水13,872770
1
A: Nuclease S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0849
ポリマ－29,0841
非ポリマー1,0018
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nuclease S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,48010
ポリマ－29,0841
非ポリマー1,3969
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.040, 48.186, 65.232
Angle α, β, γ (deg.)107.184, 90.114, 105.618
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 AB

#1: タンパク質 Nuclease S1 / Deoxyribonuclease S1 / Endonuclease S1 / Single-stranded-nucleate endonuclease


分子量: 29083.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae RIB40 (米麹菌) / 株: ATCC 42149 / RIB 40 / 遺伝子: nucS, AO090001000075 / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: P24021, Aspergillus nuclease S1
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 783分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-URI / URIDINE / ウリジン


分子量: 244.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12N2O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 770 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M Sodium chloride, 0.05 M Calcium chloride, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350, protein concentration 10 mg/ml

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.06→44.2 Å / Num. obs: 187610 / % possible obs: 86.02 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 9.8 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 1.06→1.088 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 10422 / CC1/2: 0.373 / Rrim(I) all: 1.145 / % possible all: 64.47

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FB9

5fb9


解像度: 1.06→44.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / SU B: 0.684 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.026
詳細: Hydrogens have been added in their riding positions. Structure factors were corrected for lattice translocation defect. Last refinement cycle was performed against all reflections.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1468 9423 5 %Random
Rwork0.1181 187575 --
all0.12 ---
obs0.1205 187610 86.015 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 13.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.498 Å2-0.01 Å2-0.011 Å2
2--0.272 Å20.095 Å2
3---0.097 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.06→44.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4075 0 135 770 4980
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0134684
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.0164042
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6581.6546495
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.7161.5989463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.175637
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.33925.467225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.12815706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg4.494158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.861156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2655
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025842
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021022
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.21201
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1720.24026
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.22349
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0880.21944
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2471
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0910.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2430.228
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2070.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1420.263
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0471.1972260
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0312.5412259
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2951.8092858
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.30811.6012859
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.671.3932424
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9142.0263588
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.9142.0263589
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.49534684
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Num. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.06-1.08800.2910419X-RAY DIFFRACTION64.4541
1.088-1.11700.24913329X-RAY DIFFRACTION84.7793
1.117-1.1500.21513030X-RAY DIFFRACTION85.0189
1.15-1.18500.1912375X-RAY DIFFRACTION83.3614
1.185-1.22400.1512540X-RAY DIFFRACTION87.2045
1.224-1.26700.13612099X-RAY DIFFRACTION86.9368
1.267-1.31500.12211648X-RAY DIFFRACTION86.6989
1.315-1.36800.10711369X-RAY DIFFRACTION87.9205
1.368-1.42900.09111127X-RAY DIFFRACTION89.7339
1.429-1.49900.08110683X-RAY DIFFRACTION90.2509
1.499-1.5800.0769971X-RAY DIFFRACTION88.6469
1.58-1.67600.0739598X-RAY DIFFRACTION89.8101
1.676-1.79100.0839215X-RAY DIFFRACTION92.0855
1.791-1.93500.1018480X-RAY DIFFRACTION91.3301
1.935-2.11900.1077610X-RAY DIFFRACTION88.6327
2.119-2.36900.116791X-RAY DIFFRACTION87.1535
2.369-2.73500.1176068X-RAY DIFFRACTION89.065
2.735-3.34800.1275043X-RAY DIFFRACTION87.4155
3.348-4.72700.1193881X-RAY DIFFRACTION86.8427
4.727-44.200.172300X-RAY DIFFRACTION93.4959

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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