PDB-7qt1: Non-obligately L8S8-complex forming RubisCO derived from ancestra...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qt1

タイトル

Non-obligately L8S8-complex forming RubisCO derived from ancestral sequence reconstruction and rational engineering in L8S8 complex with substitution e170N

要素

RubisCO large subunit
RubisCO small subunit

キーワード

LYASE / Ribulose 1 / 5-bisphosphate carboxylase/oxydase / RubisCO

機能・相同性

2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Zarzycki, J. / Schulz, L. / Erb, T.J. / Hochberg, G.K.A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Evolution of increased complexity and specificity at the dawn of form I Rubiscos.
著者: Luca Schulz / Zhijun Guo / Jan Zarzycki / Wieland Steinchen / Jan M Schuller / Thomas Heimerl / Simone Prinz / Oliver Mueller-Cajar / Tobias J Erb / Georg K A Hochberg /

要旨: The evolution of ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenases (Rubiscos) that discriminate strongly between their substrate carbon dioxide and the undesired side substrate dioxygen was an ...

履歴

登録	2022年1月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qt1.cif.gz	875.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qt1.ent.gz	727.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qt1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qt1_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qt1_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	7qt1_validation.xml.gz	91 KB	表示
CIF形式データ	7qt1_validation.cif.gz	131.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/7qt1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/7qt1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	14178C 7qsvC 7qswC 7qsxC 7qsyC 7qszC 7qviC 6uraS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#11 - 2000年11月ルビスコ (Rubisco) 類似性 (2)

登録構造単位

A: RubisCO large subunit

B: RubisCO small subunit

C: RubisCO large subunit

D: RubisCO small subunit

E: RubisCO large subunit

F: RubisCO small subunit

G: RubisCO large subunit

H: RubisCO small subunit

ヘテロ分子

256 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RubisCO large subunit

B: RubisCO small subunit

C: RubisCO large subunit

D: RubisCO small subunit

E: RubisCO large subunit

F: RubisCO small subunit

G: RubisCO large subunit

H: RubisCO small subunit

ヘテロ分子

A: RubisCO large subunit

B: RubisCO small subunit

C: RubisCO large subunit

D: RubisCO small subunit

E: RubisCO large subunit

F: RubisCO small subunit

G: RubisCO large subunit

H: RubisCO small subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, 530 kDa measured by mass photometry
512 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.942, 106.604, 191.968
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.780, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	G-822- HOH
2	1	G-911- HOH

#1: タンパク質	RubisCO large subunit 分子量: 51082.785 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) Variant (発現宿主): ArcticExpress (DE3)
#2: タンパク質	RubisCO small subunit 分子量: 12479.868 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) Variant (発現宿主): ArcticExpress (DE3)
#3: 糖	ChemComp-CAP / 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / 2-カルボキシ-D-アラビニト-ル1,5-ビスりん酸タイプ: saccharide / 分子量: 356.115 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₁₃P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1601 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.23 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.1 詳細: Purified enzyme (3.25 mg/mL) in 25 mM Tricine-NaOH, 75 mM NaCl, pH 8.0 was incubated at 3% (v/v) CO2 in air and 30 degrees C for 1 h in the presence of 0.182 mM CABP and 2.9 mM MgCl2. The ...詳細: Purified enzyme (3.25 mg/mL) in 25 mM Tricine-NaOH, 75 mM NaCl, pH 8.0 was incubated at 3% (v/v) CO2 in air and 30 degrees C for 1 h in the presence of 0.182 mM CABP and 2.9 mM MgCl2. The enzyme was then mixed in a 1:1 ratio with 0.2 M Bis-Tris propane, 20 % (w/v) polyethylene glycol 4000, pH 9.1. Before flash freezing the crystals in liquid nitrogen PEG200 was added to the mother liquor as cryoprotectant to a final concentration of 33 % (w/v).

結晶

マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.23 %

結晶化

温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.1
詳細: Purified enzyme (3.25 mg/mL) in 25 mM Tricine-NaOH, 75 mM NaCl, pH 8.0 was incubated at 3% (v/v) CO2 in air and 30 degrees C for 1 h in the presence of 0.182 mM CABP and 2.9 mM MgCl2. The ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873128 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.873128 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→29.29 Å / Num. obs: 126281 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / R_pim(I) all: 0.096 / R_rim(I) all: 0.239 / R_sym value: 0.218 / Net I/av σ(I): 3.3 / Net I/σ(I): 7.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.1-2.21	6.1	0.71	1.1	112922	18399	0.311	0.777	0.71	2.4	100
2.21-2.35	6.1	0.547	1.4	107000	17425	0.24	0.599	0.547	3.2	100
2.35-2.51	6.1	0.438	1.7	99667	16340	0.193	0.48	0.438	3.9	100
2.51-2.71	6.1	0.344	2.1	92674	15277	0.152	0.377	0.344	4.9	100
2.71-2.97	6	0.27	2.7	84063	14045	0.12	0.296	0.27	6.1	100
2.97-3.32	6.1	0.195	3.7	77183	12710	0.086	0.213	0.195	8.4	100
3.32-3.83	6	0.131	5.5	67789	11217	0.058	0.144	0.131	12.1	100
3.83-4.7	5.8	0.093	7.5	54758	9482	0.042	0.103	0.093	15.8	99.9
4.7-6.64	5.6	0.097	7.1	41651	7382	0.045	0.107	0.097	13.8	99.8
6.64-29.286	5.7	0.068	9.9	22987	4004	0.031	0.075	0.068	17.7	97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS	20210323	データ削減
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6URA

6ura

解像度: 2.1→29.29 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 位相誤差: 17.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1857	2000	1.58 %
R_work	0.1629	124265	-
obs	0.1633	126265	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 81.35 Å² / B_iso mean: 17.7926 Å² / B_iso min: 9.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→29.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17541	0	88	1601	19230
B_iso mean	-	-	11.42	25.34	-
残基数	-	-	-	-	2204

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.15	0.2286	143	0.2175	8863	9006	100
2.15-2.21	0.2321	142	0.2014	8847	8989	100
2.21-2.28	0.2273	143	0.1955	8864	9007	100
2.28-2.35	0.239	142	0.184	8821	8963	100
2.35-2.43	0.2065	142	0.1824	8848	8990	100
2.43-2.53	0.2067	143	0.1771	8875	9018	100
2.53-2.65	0.2152	143	0.173	8848	8991	100
2.65-2.78	0.1847	142	0.1629	8861	9003	100
2.78-2.96	0.1994	143	0.1652	8865	9008	100
2.96-3.19	0.1787	143	0.1623	8869	9012	100
3.19-3.51	0.1732	143	0.149	8903	9046	100
3.51-4.01	0.1509	143	0.1344	8915	9058	100
4.01-5.05	0.1335	143	0.1291	8912	9055	100
5.05-29.29	0.1813	145	0.1684	8974	9119	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -16.7404 Å / Origin y: -5.4243 Å / Origin z: 3.9278 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1094 Å²	-0.0031 Å²	0.0042 Å²	-	0.1358 Å²	0.007 Å²	-	-	0.1265 Å²
L	0.0106 °²	-0.0164 °²	0.0095 °²	-	0.1306 °²	0.0017 °²	-	-	0.0423 °²
S	-0.001 Å °	-0.0066 Å °	-0.0082 Å °	0.014 Å °	0.001 Å °	0.0382 Å °	-0.0019 Å °	-0.0153 Å °	-0.0001 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	6 - 453
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	500 - 510
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 99
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	6 - 510
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1 - 105
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	6 - 510
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	1 - 99
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	6 - 510
9	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	1 - 99
10	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 1602

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)